More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3567 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3567  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.346329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2207  LysR family transcriptional regulator  97.34 
 
 		 301 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2354  LysR family transcriptional regulator  93.6 
 
 		 301 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.373464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2478  LysR family transcriptional regulator  82.49 
 
 		 299 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.695229 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03790  Transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 301 aa  348  6e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2450  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 305 aa  348  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6347  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 301 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.264946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1482  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 301 aa  315  8e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7013  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5829  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 301 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.581333 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5612  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 301 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0432905  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 308 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1984  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.74358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0686  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0593  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 303 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2390  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 323 aa  246  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  45.76 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5499  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 306 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0853142 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5764  LysR family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 316 aa  238  8e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.33 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 324 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  36.61 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 305 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 328 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 290 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 324 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 300 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 296 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 300 aa  177  3e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 312 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 309 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 294 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.88 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 292 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 291 aa  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 399 aa  171  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>