More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2971 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  640    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  72.12 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  72.44 
 
 		 341 aa  477  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 318 aa  455  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  66.99 
 
 		 313 aa  449  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  54.28 
 
 		 306 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  36.73 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 320 aa  169  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 310 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.23 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 313 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.58 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  34.08 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.67 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.85 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 323 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 319 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  32.66 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.89 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.17 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.79 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 323 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 329 aa  142  6e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 326 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  35.05 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  34.26 
 
 		 318 aa  133  5e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 355 aa  132  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  30.95 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>