80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1148 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  100 
 
 
282 aa  582  1e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  62.37 
 
 
281 aa  359  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  49.8 
 
 
284 aa  279  5e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  42.7 
 
 
295 aa  247  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  45.97 
 
 
337 aa  241  7e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  45.45 
 
 
279 aa  239  5e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  46.18 
 
 
283 aa  238  6e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  45.28 
 
 
279 aa  238  7e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  44.57 
 
 
292 aa  238  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  46.85 
 
 
279 aa  237  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  45.8 
 
 
272 aa  236  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  44.66 
 
 
279 aa  235  5e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  45.78 
 
 
375 aa  232  4e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  41.81 
 
 
295 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  45.78 
 
 
326 aa  230  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  43.45 
 
 
309 aa  227  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  42.75 
 
 
282 aa  227  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  43.82 
 
 
315 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  44.32 
 
 
315 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  43.07 
 
 
315 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  45.64 
 
 
288 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  44.81 
 
 
309 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  41.47 
 
 
306 aa  222  5e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  38.46 
 
 
311 aa  221  1e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  42.5 
 
 
304 aa  221  1e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  41.34 
 
 
302 aa  220  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  41.22 
 
 
306 aa  219  3e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  40.94 
 
 
302 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  43.09 
 
 
290 aa  216  3e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  41.67 
 
 
291 aa  211  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  41.29 
 
 
298 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  42.63 
 
 
270 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  41.18 
 
 
281 aa  209  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  42.15 
 
 
303 aa  209  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  38.87 
 
 
275 aa  208  8e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.36 
 
 
317 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  42.68 
 
 
302 aa  206  3e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  40.85 
 
 
272 aa  205  7e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  41.06 
 
 
266 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  37.37 
 
 
298 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  40.6 
 
 
271 aa  196  4e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  38.89 
 
 
312 aa  194  2e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  44.49 
 
 
282 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  34.41 
 
 
282 aa  187  2e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  39.02 
 
 
269 aa  186  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  34.82 
 
 
282 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  34.82 
 
 
282 aa  186  4e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  37.25 
 
 
275 aa  182  5e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  24.52 
 
 
306 aa  75.5  9e-13  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  29.72 
 
 
845 aa  72.4  9e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  30.17 
 
 
847 aa  61.6  1e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.86 
 
 
828 aa  56.2  6e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  24.58 
 
 
432 aa  55.5  9e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  29.13 
 
 
831 aa  55.1  1e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  28.57 
 
 
321 aa  55.5  1e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.4 
 
 
797 aa  54.7  2e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.33 
 
 
588 aa  54.3  2e-06  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  28.39 
 
 
437 aa  52.4  7e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  29.03 
 
 
437 aa  52.8  7e-06  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  26.05 
 
 
350 aa  52.4  8e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.39 
 
 
437 aa  52.4  8e-06  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.36 
 
 
871 aa  50.8  3e-05  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  28.24 
 
 
816 aa  50.1  4e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  26.18 
 
 
358 aa  50.1  4e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  27.1 
 
 
412 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  28.27 
 
 
852 aa  47.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  26.19 
 
 
354 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3103  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  30.09 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  24.24 
 
 
328 aa  46.6  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  24.71 
 
 
895 aa  45.8  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  28.23 
 
 
365 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.49 
 
 
858 aa  44.3  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  27.35 
 
 
351 aa  43.9  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  25.81 
 
 
346 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  26.64 
 
 
865 aa  43.9  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.17 
 
 
603 aa  43.9  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  27.18 
 
 
864 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2396  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  26.22 
 
 
349 aa  43.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.788698 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  24.12 
 
 
847 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  23.68 
 
 
350 aa  42.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>