More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_3124 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1647  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  641    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  53.43 
 
 		 625 aa  643    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  52.27 
 
 		 637 aa  644    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4842  biosynthetic arginine decarboxylase  51.99 
 
 		 637 aa  638    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.540433  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4381  arginine decarboxylase  51.83 
 
 		 637 aa  636    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2057  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126213  normal  0.137004 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0557  arginine decarboxylase  54.55 
 
 		 629 aa  696    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.321507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0627  arginine decarboxylase  52.31 
 
 		 637 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1805  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  639    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0026532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0202  arginine decarboxylase  64.57 
 
 		 634 aa  801    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.500667  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1761  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0168893  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0106  arginine decarboxylase  52.23 
 
 		 628 aa  635    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.895522  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2517  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  639    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.977379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07050  arginine decarboxylase  54.21 
 
 		 636 aa  637    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03648  arginine decarboxylase  53.41 
 
 		 628 aa  658    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  645    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0727  arginine decarboxylase  52.4 
 
 		 637 aa  653    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.594395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3768  arginine decarboxylase  52.61 
 
 		 629 aa  649    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1768  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  639    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0174014  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  54.16 
 
 		 633 aa  638    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  52.58 
 
 		 637 aa  650    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  52.58 
 
 		 637 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0072  arginine decarboxylase  59.94 
 
 		 628 aa  723    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1698  arginine decarboxylase  51.96 
 
 		 636 aa  635    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5559  arginine decarboxylase  53.18 
 
 		 636 aa  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  100 
 
 		 627 aa  1285    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63990  arginine decarboxylase  52.86 
 
 		 636 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  52.43 
 
 		 637 aa  647    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  55.15 
 
 		 637 aa  683    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0567  arginine decarboxylase  51.83 
 
 		 637 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.390352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  52.26 
 
 		 636 aa  632  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4598  arginine decarboxylase  51.6 
 
 		 637 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0659709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2609  arginine decarboxylase  52.11 
 
 		 637 aa  632  1e-180  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.901624  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  51.95 
 
 		 636 aa  632  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0606  arginine decarboxylase  51.67 
 
 		 637 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0612  arginine decarboxylase  51.67 
 
 		 637 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0473517 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0121  arginine decarboxylase  52.23 
 
 		 628 aa  634  1e-180  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.183445  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1619  arginine decarboxylase  51.64 
 
 		 637 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000092888  normal  0.0751508 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  50.7 
 
 		 640 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  50.55 
 
 		 640 aa  620  1e-176  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  50.16 
 
 		 661 aa  611  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  50.88 
 
 		 658 aa  609  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  51.52 
 
 		 657 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2412  arginine decarboxylase  56.32 
 
 		 626 aa  610  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1186  arginine decarboxylase  52.46 
 
 		 637 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.470045 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  50.24 
 
 		 660 aa  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  51.12 
 
 		 658 aa  607  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3903  arginine decarboxylase  50.08 
 
 		 659 aa  606  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0317541  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1471  arginine decarboxylase  52.46 
 
 		 637 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  49.2 
 
 		 659 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  49.2 
 
 		 659 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  49.2 
 
 		 659 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 632 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0006  arginine decarboxylase  47.57 
 
 		 630 aa  599  1e-170  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 632 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 632 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 632 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 632 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  50.24 
 
 		 658 aa  600  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  596  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  595  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  595  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0006  arginine decarboxylase  47.41 
 
 		 630 aa  595  1e-169  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  595  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2840  arginine decarboxylase  46.88 
 
 		 634 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177287 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 632 aa  595  1e-169  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  49.76 
 
 		 658 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 658 aa  595  1e-169  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  49.76 
 
 		 632 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0254  arginine decarboxylase  48.98 
 
 		 641 aa  597  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.164965  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0861  arginine decarboxylase  49.92 
 
 		 637 aa  592  1e-168  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.221481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  45.62 
 
 		 650 aa  553  1e-156  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  43.99 
 
 		 671 aa  551  1e-155  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  43.04 
 
 		 669 aa  536  1e-151  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  44.11 
 
 		 655 aa  532  1e-150  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  41.09 
 
 		 681 aa  526  1e-148  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  40.94 
 
 		 681 aa  522  1e-147  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  42.38 
 
 		 647 aa  523  1e-147  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1119  arginine decarboxylase  41.93 
 
 		 639 aa  518  1.0000000000000001e-145  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.139662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 635 aa  514  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1658  arginine decarboxylase  42.74 
 
 		 645 aa  513  1e-144  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.944199  normal  0.0506092 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  41.51 
 
 		 679 aa  514  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  42.48 
 
 		 638 aa  509  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1964  arginine decarboxylase  41.43 
 
 		 660 aa  510  1e-143  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.015476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  41.04 
 
 		 654 aa  506  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  41.04 
 
 		 654 aa  506  9.999999999999999e-143  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  43.23 
 
 		 642 aa  504  1e-141  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  41.6 
 
 		 654 aa  504  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  40.6 
 
 		 635 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1598  arginine decarboxylase  41.23 
 
 		 639 aa  505  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0503845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  39.44 
 
 		 635 aa  502  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  39.66 
 
 		 635 aa  501  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  39.34 
 
 		 635 aa  499  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  40.75 
 
 		 635 aa  498  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  41.24 
 
 		 636 aa  496  1e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2321  arginine decarboxylase  40.94 
 
 		 655 aa  496  1e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0904  arginine decarboxylase  40.44 
 
 		 635 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000284288 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  40.03 
 
 		 693 aa  494  9.999999999999999e-139  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2517  arginine decarboxylase  41.42 
 
 		 639 aa  492  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.332138  normal  0.039824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>