More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2388 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  57.14 
 
 		 613 aa  673    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.98 
 
 		 613 aa  671    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.26 
 
 		 616 aa  694    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.89 
 
 		 618 aa  673    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.49 
 
 		 620 aa  673    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.3 
 
 		 616 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.54 
 
 		 664 aa  659    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.13 
 
 		 612 aa  673    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  56.15 
 
 		 599 aa  660    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.42 
 
 		 631 aa  682    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.35 
 
 		 755 aa  781    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.62 
 
 		 616 aa  682    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  59.12 
 
 		 616 aa  692    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.85 
 
 		 647 aa  671    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.06 
 
 		 685 aa  802    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 		 613 aa  673    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  59.48 
 
 		 616 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  57.23 
 
 		 616 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.35 
 
 		 602 aa  669    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 680 aa  795    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.03 
 
 		 627 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 680 aa  795    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.81 
 
 		 621 aa  659    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.81 
 
 		 621 aa  658    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.4 
 
 		 616 aa  690    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1260  putative sigma-70 factor (RpoD)  55.08 
 
 		 647 aa  659    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.53 
 
 		 657 aa  857    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  53.32 
 
 		 624 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.19 
 
 		 783 aa  773    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  51.45 
 
 		 653 aa  665    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.12 
 
 		 616 aa  660    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  100 
 
 		 656 aa  1344    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.03 
 
 		 612 aa  664    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 800 aa  797    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  59.01 
 
 		 602 aa  693    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.14 
 
 		 611 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.54 
 
 		 615 aa  665    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.01 
 
 		 612 aa  678    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.18 
 
 		 615 aa  683    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  54.22 
 
 		 677 aa  699    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 808 aa  793    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  54.37 
 
 		 698 aa  647    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.19 
 
 		 617 aa  671    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  62.09 
 
 		 746 aa  744    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.11 
 
 		 616 aa  677    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.65 
 
 		 707 aa  908    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.3 
 
 		 616 aa  655    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 736 aa  795    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.44 
 
 		 800 aa  799    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.79 
 
 		 616 aa  659    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  58.73 
 
 		 620 aa  683    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.23 
 
 		 623 aa  653    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 		 613 aa  673    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.64 
 
 		 619 aa  692    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.87 
 
 		 627 aa  690    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.05 
 
 		 754 aa  733    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  59.87 
 
 		 783 aa  714    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  57.21 
 
 		 613 aa  661    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.44 
 
 		 623 aa  657    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  71.15 
 
 		 644 aa  897    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  60.93 
 
 		 784 aa  736    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  53.71 
 
 		 647 aa  646    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.39 
 
 		 623 aa  656    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  54.34 
 
 		 665 aa  691    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.18 
 
 		 680 aa  798    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  58.52 
 
 		 617 aa  691    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.29 
 
 		 612 aa  676    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  56.72 
 
 		 614 aa  668    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.37 
 
 		 698 aa  647    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.89 
 
 		 808 aa  741    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.25 
 
 		 855 aa  793    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 		 613 aa  673    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  56.6 
 
 		 612 aa  663    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.25 
 
 		 805 aa  792    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 		 613 aa  673    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.41 
 
 		 683 aa  792    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.72 
 
 		 621 aa  677    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.41 
 
 		 805 aa  793    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.4 
 
 		 613 aa  681    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.78 
 
 		 804 aa  795    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.23 
 
 		 736 aa  716    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.88 
 
 		 797 aa  738    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.57 
 
 		 595 aa  647    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.8 
 
 		 619 aa  694    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.8 
 
 		 619 aa  694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.9 
 
 		 598 aa  682    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.81 
 
 		 614 aa  687    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  57.17 
 
 		 617 aa  681    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.13 
 
 		 612 aa  673    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.1 
 
 		 805 aa  790    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.04 
 
 		 678 aa  707    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.35 
 
 		 617 aa  669    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.05 
 
 		 781 aa  738    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.66 
 
 		 635 aa  723    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 736 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 680 aa  795    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.29 
 
 		 736 aa  796    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.41 
 
 		 805 aa  794    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.87 
 
 		 627 aa  690    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.6 
 
 		 900 aa  718    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>