More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1254 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1254  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 799 aa  1643    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0777915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3866  FAD dependent oxidoreductase  42.38 
 
 		 843 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2290  FAD dependent oxidoreductase  39.83 
 
 		 823 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.407986 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4871  FAD dependent oxidoreductase  41.47 
 
 		 825 aa  604  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.862382  normal  0.731807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4021  FAD dependent oxidoreductase  39.66 
 
 		 816 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4350  FAD dependent oxidoreductase  39.12 
 
 		 816 aa  592  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000248836 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2197  FAD dependent oxidoreductase  38.9 
 
 		 815 aa  569  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.031847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3311  FAD dependent oxidoreductase  38.43 
 
 		 817 aa  565  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1666  dehydrogenase  39.21 
 
 		 831 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0839495 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4985  FAD dependent oxidoreductase  39.54 
 
 		 831 aa  561  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0450258 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4916  FAD dependent oxidoreductase  39.07 
 
 		 815 aa  562  1e-158  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2591  FAD dependent oxidoreductase  41.34 
 
 		 826 aa  561  1e-158  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2849  FAD dependent oxidoreductase  37.56 
 
 		 812 aa  551  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0394509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3161  FAD dependent oxidoreductase  39.35 
 
 		 827 aa  548  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0434  FAD dependent oxidoreductase  35.78 
 
 		 819 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0642  FAD dependent oxidoreductase  35.56 
 
 		 815 aa  494  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0798  glycine cleavage system T protein  36.67 
 
 		 822 aa  485  1e-135  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3838  FAD dependent oxidoreductase  37.24 
 
 		 827 aa  466  9.999999999999999e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761233  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2063  FAD dependent oxidoreductase  33.99 
 
 		 806 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2805  FAD dependent oxidoreductase  33.5 
 
 		 802 aa  426  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.898682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_56477  glycine decarboxylase t-protein  34.06 
 
 		 854 aa  417  9.999999999999999e-116  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.645348  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5112  FAD dependent oxidoreductase  31.65 
 
 		 806 aa  405  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0323529 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2727  dimethylglycine dehydrogenase  30.92 
 
 		 879 aa  395  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3310  FAD dependent oxidoreductase  30.97 
 
 		 816 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2198  FAD dependent oxidoreductase  30.89 
 
 		 815 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.138151  normal  0.0335767 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2488  FAD dependent oxidoreductase  31.45 
 
 		 806 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.255163  normal  0.0203493 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0762  FAD dependent oxidoreductase  33.45 
 
 		 812 aa  385  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.108015  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3463  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.71 
 
 		 830 aa  382  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18850  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  31.95 
 
 		 819 aa  375  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1426  FAD dependent oxidoreductase  30.19 
 
 		 805 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0785769 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2496  FAD dependent oxidoreductase  33.13 
 
 		 830 aa  371  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1596  FAD dependent oxidoreductase  31.79 
 
 		 821 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.26338 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2459  FAD dependent oxidoreductase  32.8 
 
 		 830 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.438367  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3718  FAD dependent oxidoreductase  31.17 
 
 		 835 aa  371  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2504  FAD dependent oxidoreductase  32.8 
 
 		 830 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.1116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3469  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 		 835 aa  364  4e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1485  FAD dependent oxidoreductase  30.13 
 
 		 804 aa  355  2e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.542815  normal  0.236172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2879  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.75 
 
 		 821 aa  353  5e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0939  FAD dependent oxidoreductase  31.05 
 
 		 797 aa  347  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1481  FAD dependent oxidoreductase  29.13 
 
 		 801 aa  347  5e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3855  dimethylglycine dehydrogenase precursor  31.22 
 
 		 808 aa  345  1e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.235355  decreased coverage  0.00899155 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.79 
 
 		 850 aa  344  5e-93  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.449188  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3155  hypothetical protein  30.28 
 
 		 831 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0919  FAD dependent oxidoreductase  28.55 
 
 		 837 aa  336  9e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3566  dimethylglycine dehydrogenase  29.63 
 
 		 831 aa  332  2e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3249  FAD dependent oxidoreductase  29.63 
 
 		 831 aa  330  8e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0784832  normal  0.220016 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4740  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.71 
 
 		 857 aa  327  7e-88  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.38185  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1822  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.1 
 
 		 838 aa  322  1.9999999999999998e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0328882 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3080  FAD dependent oxidoreductase  29.9 
 
 		 816 aa  322  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.202627 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08654  N,N-dimethylglycine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06470)  30.22 
 
 		 948 aa  320  1e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.12835  normal  0.470294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1940  FAD dependent oxidoreductase  30.1 
 
 		 830 aa  317  5e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239261  normal  0.0111129 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0486  FAD dependent oxidoreductase  27.94 
 
 		 835 aa  317  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0493808  normal  0.0384194 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2967  bifunctional enzyme involved in glycine degradation  28.45 
 
 		 831 aa  316  8e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.782343 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19690  glycine cleavage system T protein (aminomethyltransferase)  30.13 
 
 		 840 aa  274  4.0000000000000004e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0416659  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1864  FAD dependent oxidoreductase  28.19 
 
 		 853 aa  268  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.731866  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2430  FAD dependent oxidoreductase  27.93 
 
 		 853 aa  265  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6885  FAD dependent oxidoreductase  28.01 
 
 		 853 aa  263  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.820475 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5914  FAD dependent oxidoreductase  27.89 
 
 		 853 aa  261  5.0000000000000005e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194637  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1945  aminomethyltransferase  31.91 
 
 		 366 aa  178  3e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000285507 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0713  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.33 
 
 		 364 aa  176  1.9999999999999998e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1595  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.3 
 
 		 363 aa  174  9e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0825414  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1628  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  27.3 
 
 		 363 aa  174  9e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0892  sarcosine oxidase, alpha subunit, truncation  31.33 
 
 		 889 aa  172  3e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1952  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  31.33 
 
 		 1002 aa  172  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0393  putative sarcosine oxidase alpha subunit  31.33 
 
 		 1002 aa  172  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1598  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  30.81 
 
 		 1000 aa  172  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.898229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1860  sarcosine oxidase, alpha subunit  31.33 
 
 		 1002 aa  172  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769627  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3808  FAD dependent oxidoreductase  31.12 
 
 		 385 aa  169  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.876353 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0998  sarcosine oxidase, alpha subunit  30.83 
 
 		 1002 aa  169  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3120  FAD dependent oxidoreductase  29.47 
 
 		 385 aa  170  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1756  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.28 
 
 		 362 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.971274  normal  0.141351 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5050  sarcosine oxidase, alpha subunit family  30.3 
 
 		 1000 aa  169  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.268825 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0737  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  26.67 
 
 		 364 aa  169  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5130  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.17 
 
 		 1003 aa  167  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.907469 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3218  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.17 
 
 		 1003 aa  167  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.6611  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5149  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.17 
 
 		 1003 aa  167  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.685714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  29.38 
 
 		 365 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3506  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.67 
 
 		 1003 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1073  FAD dependent oxidoreductase  31.54 
 
 		 385 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5067  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  30.42 
 
 		 1003 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0488  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  29.1 
 
 		 1003 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.61 
 
 		 364 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1730  FAD dependent oxidoreductase  31.66 
 
 		 382 aa  165  3e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0961  glycine cleavage system T protein  31.2 
 
 		 364 aa  165  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.132468  normal  0.780252 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04340  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  30.36 
 
 		 386 aa  165  4.0000000000000004e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.704442 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  28.68 
 
 		 381 aa  164  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2915  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  30.79 
 
 		 366 aa  164  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.75153  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  26.56 
 
 		 357 aa  164  9e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3184  aminomethyltransferase  31.5 
 
 		 372 aa  163  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000207434  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.3 
 
 		 363 aa  162  2e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  28.5 
 
 		 371 aa  162  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.68 
 
 		 366 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4544  sarcosine oxidase alpha subunit family protein  29.93 
 
 		 1003 aa  161  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1102  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  25.54 
 
 		 363 aa  160  6e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.547647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  31.75 
 
 		 364 aa  161  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1274  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  29.97 
 
 		 362 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0243326  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0595  FAD dependent oxidoreductase  25.66 
 
 		 390 aa  159  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.140462  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  30.16 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3364  glycine cleavage system T protein  32.56 
 
 		 369 aa  159  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4828  sarcosine oxidase, alpha subunit, heterotetrameric  29.07 
 
 		 1003 aa  159  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.527733  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>