111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0600 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0600  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  560  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.172684 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2087  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 283 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  hitchhiker  0.0000000953173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4266  hypothetical protein  42.71 
 
 		 295 aa  188  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1975  hypothetical protein  42.8 
 
 		 283 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0979714  hitchhiker  0.00214562 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2000  hypothetical protein  42.8 
 
 		 283 aa  185  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389336  decreased coverage  0.00000000377823 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3356  hypothetical protein  46.38 
 
 		 287 aa  183  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0746  DMT family permease  45.49 
 
 		 297 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2916  hypothetical protein  51.1 
 
 		 282 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.264108  normal  0.862431 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1850  sensor protein GLPS  44.09 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.829384 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3109  hypothetical protein  44.25 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1416  hypothetical protein  36.07 
 
 		 304 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_003296  RS01739  hypothetical protein  44.68 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2935  hypothetical protein  44.67 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.66 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0646  hypothetical protein  38.01 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00955347  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1068  hypothetical protein  36.49 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1774  hypothetical protein  36.58 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1656  hypothetical protein  44.16 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0479067  normal  0.122332 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4102  hypothetical protein  36.4 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576037  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4790  membrane protein  37.5 
 
 		 285 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.278325  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06636  hypothetical protein  38.23 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3521  hypothetical protein  41.48 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  39.4 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1446  hypothetical protein  33.23 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001148  permease  36.64 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270511  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  40.07 
 
 		 285 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1891  hypothetical protein  39.77 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3816  hypothetical protein  44.93 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38950  hypothetical protein  46.93 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6146  hypothetical protein  36.11 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6439  hypothetical protein  36.56 
 
 		 275 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.719443 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.65 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2254  hypothetical protein  42.96 
 
 		 290 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1051  DMT superfamily efflux pump  40 
 
 		 254 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.226473  normal  0.464817 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2406  hypothetical protein  42.59 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3318  hypothetical protein  45.16 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02132  permease of the drug/metabolite transporter superfamily protein  42.05 
 
 		 194 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259073  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1689  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1613  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.39 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1087  hypothetical protein  44.57 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.647653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2262  hypothetical protein  43.51 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.099345  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0856  hypothetical protein  41.51 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0559005  normal  0.228089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46360  hypothetical protein  49.17 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206778  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  29.75 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  28.1 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.39 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  29.72 
 
 		 298 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3305  catalase  42.86 
 
 		 169 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831237  normal  0.371892 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5126  hypothetical protein  28.75 
 
 		 289 aa  52.8  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0428934  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06582  hypothetical protein  43.08 
 
 		 295 aa  52.4  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2872  hypothetical protein  29.39 
 
 		 326 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2817  hypothetical protein  29.39 
 
 		 294 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.813656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0184  integral membrane protein  37.23 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0996996  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1099  hypothetical protein  37.5 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.241539 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1105  hypothetical protein  28.83 
 
 		 334 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2617  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.83 
 
 		 301 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3728  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.49 
 
 		 324 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.952098  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0050  hypothetical protein  32.94 
 
 		 297 aa  49.7  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2910  hypothetical protein  28.98 
 
 		 294 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.743017  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1731  hypothetical protein  36.25 
 
 		 379 aa  48.9  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3308  drug/metabolite exporter (DME) family protein  36.05 
 
 		 307 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  26.72 
 
 		 289 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4041  hypothetical protein  36.05 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2061  hypothetical protein  29.34 
 
 		 305 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359774  normal  0.0842357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0878  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.02 
 
 		 306 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.754226  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2311  hypothetical protein  26.39 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000443541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6523  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.8 
 
 		 313 aa  46.6  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  25.64 
 
 		 343 aa  46.6  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5882  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.38 
 
 		 299 aa  45.8  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0882  hypothetical protein  24.08 
 
 		 296 aa  45.8  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000008536  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3261  hypothetical protein  27.6 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.923223 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  26.5 
 
 		 321 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0243  hypothetical protein  30.05 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100372  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  28.11 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  28.11 
 
 		 292 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2562  hypothetical protein  29.34 
 
 		 298 aa  45.8  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0693579 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 306 aa  45.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  28.11 
 
 		 293 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0392  ABC transporter membrane spanning protein  27.24 
 
 		 301 aa  45.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2587  membrane protein  35.06 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1763  hypothetical protein  32.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4075  hypothetical protein  40.32 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1524  DMT family permease  32.52 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1194  hypothetical protein  32.52 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00865316  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0675  hypothetical protein  32.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00975957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1392  multidrug ABC transporter permease  32.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1398  hypothetical protein  32.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0477  hypothetical protein  32.52 
 
 		 310 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3091  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.76 
 
 		 309 aa  45.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0568  DMT superfamily drug/metabolite efflux pump  27.27 
 
 		 311 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0349448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2376  hypothetical protein  27.98 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0860299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8212  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.19 
 
 		 303 aa  44.3  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4328  hypothetical protein  31.97 
 
 		 308 aa  43.5  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0905  putative transporter  26.47 
 
 		 294 aa  43.5  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0908  putative transporter  26.47 
 
 		 294 aa  43.5  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36480  DMT(drug/metabolite transporter) superfamily permease  26.77 
 
 		 316 aa  43.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.171631  normal  0.909358 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2967  hypothetical protein  41.82 
 
 		 293 aa  43.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105288  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3249  hypothetical protein  35.71 
 
 		 290 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.538989  normal  0.94029 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4527  hypothetical protein  29.08 
 
 		 308 aa  42.7  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3004  hypothetical protein  37.7 
 
 		 308 aa  42.7  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.119499 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>