90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3109 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3109  hypothetical protein  100 
 
 		 289 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0746  DMT family permease  61.03 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2087  LysR family transcriptional regulator  57.76 
 
 		 283 aa  286  4e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  hitchhiker  0.0000000953173 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1975  hypothetical protein  57.52 
 
 		 283 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0979714  hitchhiker  0.00214562 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2935  hypothetical protein  58.27 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2000  hypothetical protein  57.14 
 
 		 283 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389336  decreased coverage  0.00000000377823 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.43 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01739  hypothetical protein  54.77 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4266  hypothetical protein  48.38 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  55.56 
 
 		 285 aa  241  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3816  hypothetical protein  56.18 
 
 		 307 aa  239  4e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4790  membrane protein  46.64 
 
 		 285 aa  234  9e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.278325  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0646  hypothetical protein  45.58 
 
 		 288 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00955347  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4102  hypothetical protein  47.46 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1774  hypothetical protein  43.94 
 
 		 297 aa  222  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1416  hypothetical protein  41.39 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3521  hypothetical protein  51.12 
 
 		 290 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1850  sensor protein GLPS  46.35 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.829384 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2406  hypothetical protein  52.24 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1656  hypothetical protein  49.1 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0479067  normal  0.122332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38950  hypothetical protein  52.35 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001148  permease  44.91 
 
 		 289 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270511  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1446  hypothetical protein  39.46 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2254  hypothetical protein  51.87 
 
 		 290 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1891  hypothetical protein  42.97 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06636  hypothetical protein  43.51 
 
 		 289 aa  189  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  41.39 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3318  hypothetical protein  51.45 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2916  hypothetical protein  50 
 
 		 282 aa  182  8.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.264108  normal  0.862431 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0600  hypothetical protein  44.25 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.172684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46360  hypothetical protein  53.93 
 
 		 285 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206778  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1068  hypothetical protein  38.57 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.82 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1087  hypothetical protein  54.79 
 
 		 281 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.647653 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02132  permease of the drug/metabolite transporter superfamily protein  49.48 
 
 		 194 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259073  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1051  DMT superfamily efflux pump  40 
 
 		 254 aa  166  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.226473  normal  0.464817 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0856  hypothetical protein  48.28 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0559005  normal  0.228089 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1689  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.75 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112167  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3356  hypothetical protein  40.29 
 
 		 287 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1613  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.81 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76207  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6146  hypothetical protein  38.46 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2262  hypothetical protein  50.78 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.099345  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6439  hypothetical protein  40.33 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.719443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.96 
 
 		 293 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4430  putative transporter  28.29 
 
 		 304 aa  52.8  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.568191 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  28.68 
 
 		 301 aa  52.8  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  28.29 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.532448 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  28.64 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1865  hypothetical protein  29.54 
 
 		 328 aa  51.2  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  28.64 
 
 		 293 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  28.64 
 
 		 292 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  29.1 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  27.67 
 
 		 321 aa  49.7  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0925  hypothetical protein  25 
 
 		 304 aa  49.7  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.986628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  28.16 
 
 		 343 aa  49.7  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1309  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.59 
 
 		 299 aa  49.3  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.511844  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0882  transporter, EamA family  28.81 
 
 		 303 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0755337  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  32.24 
 
 		 299 aa  48.1  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4453  transporter, EamA family  28.81 
 
 		 303 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0045987  normal  0.86451 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1606  hypothetical protein  27.27 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.627423 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0518  hypothetical protein  25.97 
 
 		 293 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2647  hypothetical protein  27.69 
 
 		 298 aa  45.8  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  27.12 
 
 		 298 aa  45.8  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0993  transporter, EamA family  27.59 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00144449  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0739  hypothetical protein  27.62 
 
 		 303 aa  45.4  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0924  transporter, EamA family  27.59 
 
 		 303 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.64365e-45 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0725  DMT family permease  27.01 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.123032  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0738  DMT family permease  27.01 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000110425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0789  EamA family protein  27.01 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000376936  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.5 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0829  eama family protein  27.01 
 
 		 303 aa  44.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000248571  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0679  hypothetical protein  27.67 
 
 		 302 aa  44.3  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0169  hypothetical protein  26.29 
 
 		 311 aa  43.9  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.06 
 
 		 292 aa  43.1  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1448  hypothetical protein  26.8 
 
 		 310 aa  42.7  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0721  hypothetical protein  27.14 
 
 		 294 aa  42.7  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0361886  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0199  hypothetical protein  24.81 
 
 		 298 aa  42.7  0.007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0441  hypothetical protein  24.71 
 
 		 301 aa  42.7  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0919  EamA family protein  26.4 
 
 		 303 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.23491  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2617  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.03 
 
 		 301 aa  42.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2401  hypothetical protein  21.39 
 
 		 296 aa  42.4  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  27.05 
 
 		 293 aa  42.4  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0837  threonine and homoserine efflux system  29.88 
 
 		 295 aa  42.4  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0124814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5882  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.88 
 
 		 299 aa  42.4  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>