95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1087 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1087  hypothetical protein  100 
 
 		 281 aa  502  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.647653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2935  hypothetical protein  64.54 
 
 		 286 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4266  hypothetical protein  57.04 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2087  LysR family transcriptional regulator  55.64 
 
 		 283 aa  275  8e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  hitchhiker  0.0000000953173 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2000  hypothetical protein  56.65 
 
 		 283 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389336  decreased coverage  0.00000000377823 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1975  hypothetical protein  56.65 
 
 		 283 aa  267  1e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0979714  hitchhiker  0.00214562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  58.97 
 
 		 295 aa  266  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0746  DMT family permease  57.54 
 
 		 297 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3109  hypothetical protein  55.96 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  58.61 
 
 		 285 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3816  hypothetical protein  61.29 
 
 		 307 aa  251  8.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01739  hypothetical protein  56.63 
 
 		 303 aa  251  9.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4790  membrane protein  50.36 
 
 		 285 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.278325  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46360  hypothetical protein  73.02 
 
 		 285 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38950  hypothetical protein  68.98 
 
 		 287 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3318  hypothetical protein  69.96 
 
 		 286 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3521  hypothetical protein  56.25 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4102  hypothetical protein  46.69 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1774  hypothetical protein  45.79 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0646  hypothetical protein  46.24 
 
 		 288 aa  218  6e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00955347  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2406  hypothetical protein  56.99 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  46.15 
 
 		 314 aa  214  9e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1656  hypothetical protein  54.48 
 
 		 297 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0479067  normal  0.122332 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1850  sensor protein GLPS  47.29 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.829384 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001148  permease  46.43 
 
 		 289 aa  208  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270511  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1416  hypothetical protein  40.73 
 
 		 304 aa  205  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2254  hypothetical protein  56.25 
 
 		 290 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1446  hypothetical protein  39.93 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.47 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06636  hypothetical protein  43.55 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6146  hypothetical protein  49.4 
 
 		 302 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6439  hypothetical protein  46.82 
 
 		 275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.719443 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1068  hypothetical protein  40.4 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0600  hypothetical protein  46.52 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.172684 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1891  hypothetical protein  43.26 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02132  permease of the drug/metabolite transporter superfamily protein  52.06 
 
 		 194 aa  170  3e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259073  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2916  hypothetical protein  50.55 
 
 		 282 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.264108  normal  0.862431 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1051  DMT superfamily efflux pump  40.68 
 
 		 254 aa  162  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.226473  normal  0.464817 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3356  hypothetical protein  42.66 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0856  hypothetical protein  49.81 
 
 		 288 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0559005  normal  0.228089 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1613  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.12 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1689  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.18 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112167  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2262  hypothetical protein  49.81 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.099345  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  28.57 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.532448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4430  putative transporter  29.39 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.568191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.39 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  28.47 
 
 		 294 aa  54.7  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0075  hypothetical protein  30.48 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0367  hypothetical protein  27.42 
 
 		 310 aa  52.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198495  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  29.84 
 
 		 307 aa  51.6  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  28.3 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  31.29 
 
 		 279 aa  48.1  0.0001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  28.3 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  28.3 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3305  catalase  38.46 
 
 		 169 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831237  normal  0.371892 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.39 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.92 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  27.36 
 
 		 321 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2084  hypothetical protein  26.64 
 
 		 308 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2135  hypothetical protein  31.98 
 
 		 314 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0459408  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  30.97 
 
 		 335 aa  47  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.62 
 
 		 305 aa  46.6  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3927  hypothetical protein  30.17 
 
 		 303 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1194  hypothetical protein  28.36 
 
 		 302 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00865316  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  31.82 
 
 		 298 aa  47  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0477  hypothetical protein  28.36 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1763  hypothetical protein  28.36 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4193  hypothetical protein  28.83 
 
 		 274 aa  46.6  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.582815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0675  hypothetical protein  28.36 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00975957  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46200  hypothetical protein  30.73 
 
 		 303 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0349407  normal  0.0243238 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1392  multidrug ABC transporter permease  28.07 
 
 		 310 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1524  DMT family permease  28.07 
 
 		 310 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1398  hypothetical protein  28.07 
 
 		 310 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.974177  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  27.96 
 
 		 343 aa  45.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3820  hypothetical protein  29.63 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.11 
 
 		 310 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1069  hypothetical protein  26.83 
 
 		 305 aa  44.3  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.113736  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2038  hypothetical protein  29.89 
 
 		 301 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0925  hypothetical protein  24.64 
 
 		 304 aa  44.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.986628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  29.88 
 
 		 311 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3308  drug/metabolite exporter (DME) family protein  36.84 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4041  hypothetical protein  36.84 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4020  DMT family permease  37.68 
 
 		 330 aa  43.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000861601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2847  hypothetical protein  27.43 
 
 		 310 aa  43.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1272  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.89 
 
 		 314 aa  43.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.162759  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1192  hypothetical protein  27.51 
 
 		 308 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164294  normal  0.262505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  34.21 
 
 		 310 aa  42.7  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2900  hypothetical protein  30.28 
 
 		 308 aa  42.7  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.149951  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1099  hypothetical protein  28.45 
 
 		 296 aa  42.4  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.241539 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>