More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4527 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4527  hypothetical protein  100 
 
 		 308 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1383  hypothetical protein  98.7 
 
 		 308 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4034  hypothetical protein  98.7 
 
 		 308 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3820  hypothetical protein  90.91 
 
 		 308 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1448  hypothetical protein  73.7 
 
 		 310 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3927  hypothetical protein  70.63 
 
 		 303 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46200  hypothetical protein  70.3 
 
 		 303 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0349407  normal  0.0243238 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2135  hypothetical protein  64.69 
 
 		 314 aa  342  5e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0459408  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0395  protein of unknown function DUF6 transmembrane  56.12 
 
 		 301 aa  285  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0410  protein of unknown function DUF6 transmembrane  55.78 
 
 		 301 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0410  hypothetical protein  56.81 
 
 		 313 aa  277  1e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0519  hypothetical protein  53.61 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0144274 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4020  DMT family permease  54.22 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000861601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1076  hypothetical protein  56.44 
 
 		 304 aa  275  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.529368 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0441  hypothetical protein  53.08 
 
 		 301 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3388  hypothetical protein  50.66 
 
 		 321 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0679  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.68 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6431  hypothetical protein  50.49 
 
 		 315 aa  259  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.275967  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0502  hypothetical protein  51.03 
 
 		 301 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.643088  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2759  hypothetical protein  49.02 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0579  integral membrane protein  49.51 
 
 		 426 aa  242  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.431063  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2095  hypothetical protein  50.33 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.734352  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2707  hypothetical protein  50.33 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0696  hypothetical protein  49.51 
 
 		 376 aa  236  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0710  hypothetical protein  49.51 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2734  hypothetical protein  50 
 
 		 311 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  47.16 
 
 		 307 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0875  integral membrane protein  49.19 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6034  hypothetical protein  50.16 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0592  hypothetical protein  47.96 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0318  hypothetical protein  44.07 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2733  multidrug ABC transporter permease  51.53 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2345  hypothetical protein  51.53 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0490  hypothetical protein  43.51 
 
 		 315 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1123  hypothetical protein  48.64 
 
 		 312 aa  192  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0523  hypothetical protein  42.96 
 
 		 305 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.599851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0642  RhaT family protein  42.21 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2295  hypothetical protein  42.56 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.364933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0138  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.24 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0519  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.21 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0122  hypothetical protein  44.24 
 
 		 299 aa  178  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.86551 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0515  hypothetical protein  41.42 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0578  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.11 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7634  DMT family permease  40.69 
 
 		 317 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.48827 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3160  hypothetical protein  40.34 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0572  hypothetical protein  41.6 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.638735 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2084  hypothetical protein  34.67 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1001  hypothetical protein  32.08 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0967  hypothetical protein  32.85 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2139  puative integral membrane protein  35.79 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.217486 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1801  hypothetical protein  31.47 
 
 		 297 aa  99  8e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.655687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1729  hypothetical protein  24.41 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.520137  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  31.48 
 
 		 311 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3363  hypothetical protein  27.52 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.298579  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1877  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.6 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.307574  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1215  hypothetical protein  28.36 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  26.26 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1606  hypothetical protein  32.26 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.627423 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5146  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.49 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4618  hypothetical protein  25 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2873  hypothetical protein  27.72 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604973  normal  0.0800404 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  29.31 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1258  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.49 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.559477  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.11 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4050  hypothetical protein  29.41 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4316  hypothetical protein  29.41 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.99 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1843  hypothetical protein  28.77 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1850  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.48 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.152184  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3217  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.55 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.182093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1447  hypothetical protein  29.45 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.23861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0568  DMT superfamily drug/metabolite efflux pump  26.41 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0349448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.51 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.59 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0301  hypothetical protein  26.16 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000637282  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1468  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.76 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1615  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2592  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.57 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0684948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  26.94 
 
 		 311 aa  60.1  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2354  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.8 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.165015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  28.18 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3033  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.88 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0835297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2911  hypothetical protein  28.08 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.100063 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10380  permease of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily  23.3 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000142725  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0771  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.5 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12940  membrane protein  21.78 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000993304  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0739  hypothetical protein  28.71 
 
 		 294 aa  59.3  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.354242  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  26.64 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  27.23 
 
 		 314 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55720  hypothetical protein  28.91 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2409  hypothetical protein  27.89 
 
 		 288 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.517139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2616  hypothetical protein  26.57 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0513326  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  26.67 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4921  hypothetical protein  25.56 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.876528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3441  hypothetical protein  26.36 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0018566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2203  hypothetical protein  26.47 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.129513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2043  hypothetical protein  20.56 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2106  hypothetical protein  30.41 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.535846  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2045  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.88 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0682839  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4853  hypothetical protein  26.46 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0128243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>