163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_1460 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  100 
 
 		 328 aa  670    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  84.76 
 
 		 328 aa  578  1e-164  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  52.41 
 
 		 348 aa  340  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  52.41 
 
 		 348 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  53.52 
 
 		 346 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  52.41 
 
 		 366 aa  333  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  51.79 
 
 		 366 aa  332  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  51.81 
 
 		 371 aa  329  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  51.51 
 
 		 375 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  53.92 
 
 		 335 aa  325  9e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  52.44 
 
 		 332 aa  324  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  53.7 
 
 		 344 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  53.01 
 
 		 338 aa  318  5e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  53.31 
 
 		 338 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  54.18 
 
 		 340 aa  318  6e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  53.01 
 
 		 338 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  42.99 
 
 		 328 aa  315  5e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  46.93 
 
 		 383 aa  315  5e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  51.98 
 
 		 332 aa  315  8e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  53.01 
 
 		 338 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  47.53 
 
 		 362 aa  311  9e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  39.69 
 
 		 330 aa  311  1e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  42.04 
 
 		 328 aa  309  5e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  52.74 
 
 		 382 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  53.05 
 
 		 383 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  44.07 
 
 		 347 aa  303  2.0000000000000002e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  45.76 
 
 		 349 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  39.88 
 
 		 328 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  48.06 
 
 		 368 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  50.77 
 
 		 340 aa  295  8e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  50 
 
 		 335 aa  288  7e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  51.22 
 
 		 350 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  49.24 
 
 		 342 aa  286  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  46.81 
 
 		 344 aa  285  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  45.02 
 
 		 344 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  46.01 
 
 		 349 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  45.99 
 
 		 348 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  48.79 
 
 		 358 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  47.88 
 
 		 383 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  45.06 
 
 		 351 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  47.88 
 
 		 383 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  45.2 
 
 		 351 aa  275  8e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  43.64 
 
 		 340 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  40 
 
 		 332 aa  271  9e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  45.2 
 
 		 347 aa  271  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  44.89 
 
 		 356 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  44.48 
 
 		 348 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  45.29 
 
 		 352 aa  268  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  46.25 
 
 		 371 aa  262  6.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  43.96 
 
 		 390 aa  261  8.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  44.38 
 
 		 352 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  44.38 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  43.77 
 
 		 352 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  44.14 
 
 		 345 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  41.72 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.27 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  41.27 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  41.23 
 
 		 334 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  39.04 
 
 		 337 aa  248  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  44.84 
 
 		 337 aa  248  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  43.47 
 
 		 365 aa  246  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  39.57 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  43.97 
 
 		 354 aa  239  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  39.69 
 
 		 329 aa  239  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  40.24 
 
 		 337 aa  238  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  41.85 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  39.68 
 
 		 338 aa  235  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  44.74 
 
 		 357 aa  233  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  39.7 
 
 		 355 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  35.78 
 
 		 330 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  35.78 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  35.46 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  29.84 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  35.58 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.47 
 
 		 1017 aa  144  3e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  30.75 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  31.53 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  27.73 
 
 		 314 aa  92.8  8e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  29.91 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  23.85 
 
 		 321 aa  90.9  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  26.52 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  23.21 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  26.73 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  23.15 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  27.52 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4513  beta-lactamase domain protein  28.44 
 
 		 454 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0937857  normal  0.557779 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4381  beta-lactamase domain protein  28.44 
 
 		 454 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496128  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  31.45 
 
 		 884 aa  59.3  0.00000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  22.22 
 
 		 616 aa  58.9  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0201  hypothetical protein  41.89 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.384627 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2210  hypothetical protein  32.69 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2182  hypothetical protein  32.69 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  26.18 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5670  hypothetical protein  25.94 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0729978 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  31.32 
 
 		 337 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3291  metallo-beta-lactamase family protein  33.33 
 
 		 455 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119615  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  27.74 
 
 		 773 aa  55.1  0.000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0156  beta-lactamase-like protein  26.26 
 
 		 485 aa  55.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.215691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2467  beta-lactamase domain-containing protein  33.33 
 
 		 455 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.941259  normal  0.38784 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  30.33 
 
 		 793 aa  52.4  0.000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>