More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4268 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 367 aa  764    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  69.5 
 
 		 345 aa  501  1e-141  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 350 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 353 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  28.05 
 
 		 330 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 337 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  28.05 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 347 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 342 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.87 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  30.7 
 
 		 335 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  26.65 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 376 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 343 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  26.73 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 345 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  26.51 
 
 		 346 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 359 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5980  transcriptional regulator, AraC family  28.01 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  25 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 343 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 352 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 347 aa  97.8  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  27.02 
 
 		 347 aa  97.8  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  26.69 
 
 		 372 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.46 
 
 		 337 aa  96.7  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 352 aa  96.3  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  25.07 
 
 		 396 aa  94.7  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 336 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 332 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2149  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 365 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1103  transcriptional regulator, AraC family  25.89 
 
 		 331 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 375 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5340  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795949  normal  0.566386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 335 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 364 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 		 365 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 337 aa  90.5  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 347 aa  90.1  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 345 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  25.46 
 
 		 344 aa  90.1  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 345 aa  89.7  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  26.4 
 
 		 390 aa  89  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1029  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 351 aa  89.4  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 362 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 348 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3918  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.798133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  22.25 
 
 		 359 aa  87.8  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 362 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 343 aa  87.8  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 336 aa  87.8  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3602  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 364 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 373 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  24.62 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 360 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0380  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 344 aa  86.3  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  24.39 
 
 		 340 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 360 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 341 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  25.08 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  24.29 
 
 		 348 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  23.03 
 
 		 339 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4573  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 350 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.44 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.46 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  24.67 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>