289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0003 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  100 
 
 
365 aa  733  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  35.47 
 
 
374 aa  218  9e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  35.68 
 
 
366 aa  214  1e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  35.04 
 
 
375 aa  214  2e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  34.77 
 
 
375 aa  213  5e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.77 
 
 
375 aa  212  8e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.5 
 
 
375 aa  211  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  33.33 
 
 
374 aa  211  1e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.23 
 
 
375 aa  209  4e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.85 
 
 
365 aa  209  5e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  33.96 
 
 
371 aa  209  6e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  33.51 
 
 
369 aa  201  1e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  32.88 
 
 
372 aa  199  4e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.91 
 
 
386 aa  197  2e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  33.15 
 
 
373 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  32.54 
 
 
370 aa  196  4e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  32.54 
 
 
370 aa  196  4e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.51 
 
 
374 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.03 
 
 
373 aa  191  2e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  32.15 
 
 
364 aa  189  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.63 
 
 
374 aa  189  6e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 
364 aa  188  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.07 
 
 
362 aa  188  1e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.99 
 
 
372 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.99 
 
 
372 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.66 
 
 
361 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.66 
 
 
361 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.05 
 
 
371 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.33 
 
 
360 aa  184  2e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.07 
 
 
376 aa  183  5e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.45 
 
 
372 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  32.7 
 
 
376 aa  180  3e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  1.32668e-05 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.42 
 
 
359 aa  179  9e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 
385 aa  176  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  31.81 
 
 
364 aa  176  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 
370 aa  175  1e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.74 
 
 
362 aa  174  2e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.59 
 
 
371 aa  173  4e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.48 
 
 
360 aa  171  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32.86 
 
 
369 aa  169  9e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.03 
 
 
382 aa  168  1e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.21 
 
 
372 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 
377 aa  167  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.62 
 
 
369 aa  166  6e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.51 
 
 
392 aa  166  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.86 
 
 
371 aa  166  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.54 
 
 
398 aa  162  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  30.08 
 
 
368 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 
375 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  30.95 
 
 
363 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.49 
 
 
390 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  30.86 
 
 
358 aa  159  5e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.69 
 
 
370 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.39 
 
 
358 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  30 
 
 
369 aa  159  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  27.6 
 
 
365 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.4 
 
 
369 aa  157  3e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.61 
 
 
365 aa  156  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  29.2 
 
 
386 aa  155  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  31.07 
 
 
371 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.51 
 
 
378 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.69 
 
 
390 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  27 
 
 
404 aa  151  2e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.89 
 
 
397 aa  151  2e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.51 
 
 
399 aa  150  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  27.78 
 
 
376 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  1.75389e-08 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  29.29 
 
 
414 aa  149  6e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  32.09 
 
 
347 aa  149  8e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  28.77 
 
 
389 aa  149  8e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  27.51 
 
 
377 aa  149  8e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  30.4 
 
 
364 aa  148  1e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.51 
 
 
363 aa  148  1e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.09 
 
 
370 aa  147  2e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  29.03 
 
 
386 aa  147  4e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  29.51 
 
 
402 aa  146  5e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  28.76 
 
 
394 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.02 
 
 
398 aa  145  8e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.02 
 
 
363 aa  145  9e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.06 
 
 
381 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.3 
 
 
401 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  29.19 
 
 
380 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  29.78 
 
 
380 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  29.19 
 
 
380 aa  144  2e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.49 
 
 
397 aa  143  4e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 
420 aa  143  5e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.1529e-05  hitchhiker  4.44236e-07 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  33.33 
 
 
390 aa  143  5e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.53 
 
 
379 aa  143  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  31.74 
 
 
357 aa  143  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.59 
 
 
363 aa  142  7e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  26 
 
 
390 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  27.89 
 
 
399 aa  141  1e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  28.35 
 
 
377 aa  141  1e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 
366 aa  141  2e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.01 
 
 
401 aa  141  2e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.71 
 
 
365 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>