More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_35780 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 406 aa  801    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  68.43 
 
 		 399 aa  482  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  59.7 
 
 		 412 aa  427  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  63.64 
 
 		 427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  57.51 
 
 		 402 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  57.25 
 
 		 402 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  57.25 
 
 		 402 aa  403  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  58.59 
 
 		 404 aa  401  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  55.44 
 
 		 389 aa  399  9.999999999999999e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  58.96 
 
 		 407 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  58.52 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.74 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  61.88 
 
 		 424 aa  378  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.06 
 
 		 431 aa  374  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.7 
 
 		 406 aa  351  2e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  54.45 
 
 		 390 aa  346  5e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  52.79 
 
 		 390 aa  341  2e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.64 
 
 		 378 aa  332  8e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  51.02 
 
 		 394 aa  331  1e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  50.77 
 
 		 393 aa  330  2e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  46.8 
 
 		 378 aa  317  2e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.05 
 
 		 390 aa  311  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  49.5 
 
 		 395 aa  308  6.999999999999999e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  50.97 
 
 		 418 aa  301  2e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.85 
 
 		 381 aa  300  4e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  43.99 
 
 		 385 aa  297  3e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  51.47 
 
 		 414 aa  290  3e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  47.84 
 
 		 392 aa  286  2.9999999999999996e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  45.06 
 
 		 387 aa  285  8e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  43.54 
 
 		 380 aa  278  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  44.42 
 
 		 394 aa  270  5e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.53 
 
 		 385 aa  268  1e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.86 
 
 		 442 aa  266  4e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  44.64 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  46.29 
 
 		 394 aa  247  2e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  42.17 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  35.57 
 
 		 383 aa  209  6e-53  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  31.44 
 
 		 392 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.12 
 
 		 358 aa  143  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.34 
 
 		 329 aa  143  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.81 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.83 
 
 		 383 aa  136  8e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.73 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  26.02 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  29.36 
 
 		 382 aa  126  7e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.4 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  32.44 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.96 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.1 
 
 		 327 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.87 
 
 		 320 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.14 
 
 		 322 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.5 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  27.91 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.94 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.13 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.1 
 
 		 391 aa  114  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.23 
 
 		 588 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.15 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 		 365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  27.96 
 
 		 389 aa  113  5e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.51 
 
 		 558 aa  113  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.51 
 
 		 338 aa  113  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.98 
 
 		 553 aa  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.05 
 
 		 363 aa  113  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.25 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.87 
 
 		 543 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.48 
 
 		 567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.87 
 
 		 601 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.89 
 
 		 559 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  30.41 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.78 
 
 		 930 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.03 
 
 		 681 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.81 
 
 		 517 aa  109  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.03 
 
 		 701 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.46 
 
 		 698 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.68 
 
 		 595 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.203757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.64 
 
 		 914 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.51 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.42 
 
 		 627 aa  107  3e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.16 
 
 		 501 aa  107  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  30.36 
 
 		 537 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  32.43 
 
 		 548 aa  107  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.32 
 
 		 737 aa  107  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.69 
 
 		 337 aa  107  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 		 529 aa  106  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.83 
 
 		 344 aa  106  8e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1328  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, programmed frameshift  35.87 
 
 		 547 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1557  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.95 
 
 		 543 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.311213  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  35.9 
 
 		 579 aa  105  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  33.5 
 
 		 580 aa  105  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1457  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.98 
 
 		 647 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.52 
 
 		 632 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.05 
 
 		 589 aa  104  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.67 
 
 		 612 aa  104  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.91 
 
 		 318 aa  104  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  32.96 
 
 		 499 aa  104  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.35 
 
 		 560 aa  104  3e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.65 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>