More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1846 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  100 
 
 		 167 aa  321  3e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  89.1 
 
 		 167 aa  256  8e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  65.03 
 
 		 171 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  65.24 
 
 		 519 aa  194  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  60 
 
 		 165 aa  189  2e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  58.79 
 
 		 172 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  56.89 
 
 		 167 aa  179  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  57.58 
 
 		 172 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  59.63 
 
 		 166 aa  174  6e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  60.13 
 
 		 171 aa  168  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  57.32 
 
 		 577 aa  167  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  59.51 
 
 		 173 aa  164  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  57.67 
 
 		 183 aa  164  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  57.96 
 
 		 192 aa  160  8.000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  51.22 
 
 		 176 aa  157  7e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  54.32 
 
 		 180 aa  156  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1335  shikimate kinase  50.89 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.89172  normal  0.76234 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  59.24 
 
 		 179 aa  154  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  58.71 
 
 		 225 aa  153  9e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  57.14 
 
 		 187 aa  150  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17860  shikimate kinase  54.82 
 
 		 188 aa  146  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.114511  normal  0.708783 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  52.2 
 
 		 187 aa  142  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  48.19 
 
 		 220 aa  136  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  46.99 
 
 		 220 aa  134  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  50.32 
 
 		 176 aa  132  3e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  42.86 
 
 		 206 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  48.39 
 
 		 203 aa  117  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  48 
 
 		 185 aa  114  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  43.29 
 
 		 182 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  43.04 
 
 		 172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  43.04 
 
 		 172 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  43.48 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  46.21 
 
 		 184 aa  107  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  45.86 
 
 		 593 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  42.76 
 
 		 163 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  42.94 
 
 		 173 aa  105  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.75 
 
 		 181 aa  103  8e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  41.36 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40.12 
 
 		 181 aa  103  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  41.77 
 
 		 172 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  39.51 
 
 		 190 aa  102  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  40.72 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  42.11 
 
 		 163 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  36.9 
 
 		 540 aa  102  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  40.74 
 
 		 172 aa  100  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.87 
 
 		 172 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.8 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  41.14 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.89 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  34.71 
 
 		 184 aa  99.4  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.59 
 
 		 225 aa  99  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  35.8 
 
 		 187 aa  99.4  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  99  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000011554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99.4  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.59 
 
 		 225 aa  99  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.59 
 
 		 225 aa  99  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  99  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 171 aa  99  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000334252  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  40.38 
 
 		 169 aa  98.6  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12670  shikimate kinase  45.28 
 
 		 235 aa  98.2  5e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.799504  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.14 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.7  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 175 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 175 aa  96.7  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  42.94 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.62 
 
 		 190 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  45.64 
 
 		 594 aa  97.1  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  38.04 
 
 		 171 aa  96.7  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  40.38 
 
 		 163 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3064  shikimate kinase  40.88 
 
 		 195 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  42.94 
 
 		 193 aa  97.1  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  44.83 
 
 		 182 aa  96.7  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.7  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106831  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.7  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  43.71 
 
 		 190 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  40.96 
 
 		 206 aa  96.7  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  35.85 
 
 		 163 aa  96.3  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  37.42 
 
 		 171 aa  96.3  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>