More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3894 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  45.96 
 
 		 791 aa  667    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  45.73 
 
 		 796 aa  686    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  75.8 
 
 		 791 aa  1210    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  74.42 
 
 		 768 aa  1216    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  75.67 
 
 		 774 aa  1209    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  47.42 
 
 		 777 aa  697    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  46.61 
 
 		 742 aa  667    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  85.44 
 
 		 790 aa  1387    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  75.8 
 
 		 774 aa  1209    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  75.8 
 
 		 774 aa  1211    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  68.98 
 
 		 779 aa  1133    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  79.72 
 
 		 789 aa  1306    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  100 
 
 		 787 aa  1619    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  75.64 
 
 		 768 aa  1196    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  80.38 
 
 		 790 aa  1319    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  46.04 
 
 		 781 aa  682    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  44.53 
 
 		 790 aa  683    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  76.34 
 
 		 764 aa  1211    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  76.34 
 
 		 764 aa  1209    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  76.31 
 
 		 766 aa  1234    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  76.06 
 
 		 779 aa  1216    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  76.21 
 
 		 764 aa  1207    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  42.89 
 
 		 769 aa  632  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  45.44 
 
 		 826 aa  620  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  43.7 
 
 		 826 aa  618  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  43.4 
 
 		 824 aa  609  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  43.52 
 
 		 826 aa  609  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  43.38 
 
 		 826 aa  607  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  44.13 
 
 		 840 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  44.13 
 
 		 840 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  44.13 
 
 		 840 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  43.99 
 
 		 840 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  44.13 
 
 		 840 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  43.23 
 
 		 836 aa  597  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  40.89 
 
 		 772 aa  595  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  43.93 
 
 		 827 aa  595  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  44.31 
 
 		 841 aa  594  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  41.48 
 
 		 774 aa  592  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  41.59 
 
 		 773 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  44.18 
 
 		 833 aa  595  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  41.32 
 
 		 773 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  43.78 
 
 		 730 aa  587  1e-166  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  40.93 
 
 		 773 aa  588  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  41.91 
 
 		 774 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  40.79 
 
 		 773 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  41.86 
 
 		 775 aa  579  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  40.62 
 
 		 780 aa  580  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 841 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  44.49 
 
 		 844 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 844 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  44.49 
 
 		 841 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 844 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 844 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 840 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 844 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  44.49 
 
 		 844 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  40.53 
 
 		 773 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  40.53 
 
 		 773 aa  568  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  42.11 
 
 		 754 aa  562  1.0000000000000001e-159  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  40.4 
 
 		 772 aa  560  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  41.32 
 
 		 776 aa  559  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  40.53 
 
 		 778 aa  556  1e-157  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  40.63 
 
 		 830 aa  550  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  41.79 
 
 		 881 aa  543  1e-153  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  39.14 
 
 		 777 aa  540  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  39.18 
 
 		 759 aa  527  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  39.97 
 
 		 827 aa  528  1e-148  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  40.11 
 
 		 827 aa  528  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  38.67 
 
 		 780 aa  522  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  42.19 
 
 		 748 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  38.96 
 
 		 732 aa  505  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  36.4 
 
 		 813 aa  449  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  36.34 
 
 		 792 aa  444  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  35.65 
 
 		 766 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.2 
 
 		 792 aa  435  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  35.99 
 
 		 814 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  34.07 
 
 		 757 aa  394  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  31.4 
 
 		 766 aa  360  7e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  28.29 
 
 		 890 aa  318  2e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35 
 
 		 618 aa  308  3e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  34.27 
 
 		 806 aa  292  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  34.39 
 
 		 640 aa  291  5.0000000000000004e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  34.45 
 
 		 751 aa  286  8e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  35.16 
 
 		 625 aa  286  1.0000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  33.09 
 
 		 643 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  33.58 
 
 		 811 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  32.44 
 
 		 643 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  32.44 
 
 		 643 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  32.6 
 
 		 649 aa  283  6.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  32.47 
 
 		 776 aa  282  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  32.6 
 
 		 654 aa  281  4e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0983  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a) (penicillin-bindingprotein A)  33.76 
 
 		 638 aa  280  9e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  32.71 
 
 		 640 aa  276  8e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  34.45 
 
 		 648 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  33.02 
 
 		 824 aa  275  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  34.2 
 
 		 712 aa  273  6e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  34.26 
 
 		 648 aa  273  7e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  35.77 
 
 		 732 aa  273  8.000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  33.09 
 
 		 824 aa  273  9e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  35.14 
 
 		 741 aa  272  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.244077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>