More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2557 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  51.4 
 
 
773 aa  773    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  51.06 
 
 
759 aa  728    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  44.43 
 
 
881 aa  643    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  50.2 
 
 
773 aa  756    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  51.4 
 
 
773 aa  773    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  50.2 
 
 
773 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  45.21 
 
 
827 aa  665    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  52.34 
 
 
774 aa  778    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  51.57 
 
 
775 aa  769    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  100 
 
 
778 aa  1587    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  46.67 
 
 
830 aa  663    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  51.26 
 
 
773 aa  772    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  48.91 
 
 
732 aa  677    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  51.53 
 
 
773 aa  777    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  47.82 
 
 
780 aa  678    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  53.28 
 
 
777 aa  803    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  45.34 
 
 
827 aa  665    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  49.6 
 
 
772 aa  714    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  53.24 
 
 
748 aa  751    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  48.96 
 
 
776 aa  691    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  52.34 
 
 
780 aa  758    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  51.43 
 
 
774 aa  770    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  52.55 
 
 
772 aa  788    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  41.37 
 
 
781 aa  600  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  41.49 
 
 
742 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  41.55 
 
 
774 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  41.55 
 
 
774 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  41.41 
 
 
791 aa  568  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  41.05 
 
 
790 aa  566  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  41.41 
 
 
774 aa  568  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  41.11 
 
 
768 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  41.27 
 
 
764 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  40.59 
 
 
768 aa  559  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  41.23 
 
 
789 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  41.15 
 
 
779 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  41.27 
 
 
764 aa  561  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  39.45 
 
 
766 aa  561  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  41.27 
 
 
764 aa  561  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  40.53 
 
 
787 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  40.56 
 
 
826 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  40.87 
 
 
779 aa  555  1e-156  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  40.44 
 
 
826 aa  553  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  40.45 
 
 
790 aa  551  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  40.31 
 
 
824 aa  551  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  38.98 
 
 
796 aa  541  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  39.52 
 
 
790 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  37.22 
 
 
769 aa  536  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  38.64 
 
 
791 aa  537  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  39.61 
 
 
827 aa  533  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  41.53 
 
 
826 aa  534  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  40.39 
 
 
826 aa  531  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  41.14 
 
 
777 aa  530  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  40.11 
 
 
833 aa  528  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  41.18 
 
 
836 aa  523  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  41.67 
 
 
813 aa  522  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  41.02 
 
 
814 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  40.58 
 
 
840 aa  512  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  40.58 
 
 
840 aa  512  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  40.58 
 
 
840 aa  512  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  40.44 
 
 
840 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  40.58 
 
 
840 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  40.13 
 
 
792 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  39.69 
 
 
792 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  39.1 
 
 
841 aa  502  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
844 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
840 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
841 aa  499  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  40 
 
 
844 aa  496  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  40 
 
 
841 aa  499  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
844 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
844 aa  496  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
844 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  40.14 
 
 
844 aa  498  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  39.67 
 
 
730 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  37.17 
 
 
754 aa  494  9.999999999999999e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  38.76 
 
 
766 aa  480  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  39.47 
 
 
757 aa  453  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  36.27 
 
 
766 aa  424  1e-117  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  33.55 
 
 
890 aa  402  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0080  1A family penicillin-binding protein  36.59 
 
 
704 aa  345  2e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  37.31 
 
 
744 aa  340  7e-92  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  36.33 
 
 
648 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  38.23 
 
 
761 aa  338  1.9999999999999998e-91  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  36.67 
 
 
701 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2430  1A family penicillin-binding protein  36.09 
 
 
667 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000145418  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1561  1A family penicillin-binding protein  35.63 
 
 
662 aa  330  6e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  37.25 
 
 
720 aa  328  3e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1671  penicillin-binding protein 1A  34.93 
 
 
693 aa  326  1e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000343648  normal  0.536303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5168  1A family penicillin-binding protein  33.92 
 
 
683 aa  319  1e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  37.88 
 
 
714 aa  317  5e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  37.7 
 
 
732 aa  317  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5071  penicillin-binding protein  33.44 
 
 
683 aa  317  7e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5504  penicillin-binding protein  33.6 
 
 
683 aa  317  8e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5467  penicillin-binding protein  33.66 
 
 
683 aa  316  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5223  penicillin-binding protein  33.66 
 
 
683 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5055  penicillin-binding protein  33.66 
 
 
683 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5623  penicillin-binding protein  33.66 
 
 
683 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2797  penicillin-binding protein, 1A family  36.86 
 
 
677 aa  315  2.9999999999999996e-84  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5553  penicillin-binding protein  33.44 
 
 
683 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3888  1A family penicillin-binding protein  33.17 
 
 
683 aa  313  1e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.318045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>