More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0825 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  43.52 
 
 
773 aa  659    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  45.65 
 
 
759 aa  667    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  43.41 
 
 
773 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  46.37 
 
 
772 aa  682    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  44.73 
 
 
775 aa  665    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  43.39 
 
 
773 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  43.8 
 
 
773 aa  656    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  43.26 
 
 
773 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  44.81 
 
 
780 aa  660    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  44.23 
 
 
774 aa  654    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  53.28 
 
 
778 aa  802    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  44.56 
 
 
830 aa  637    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  47.33 
 
 
772 aa  678    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  100 
 
 
777 aa  1602    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  46.96 
 
 
748 aa  659    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  42.88 
 
 
773 aa  649    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  45.74 
 
 
774 aa  659    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  44.05 
 
 
881 aa  626  1e-178  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  44.93 
 
 
776 aa  626  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  42.42 
 
 
827 aa  622  1e-177  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  42.42 
 
 
827 aa  620  1e-176  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  46.12 
 
 
732 aa  610  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  41.07 
 
 
780 aa  597  1e-169  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  40.73 
 
 
781 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  41.43 
 
 
742 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  40.36 
 
 
789 aa  569  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  39.45 
 
 
791 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  39.32 
 
 
774 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  39.07 
 
 
768 aa  559  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  39.45 
 
 
774 aa  561  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  39.32 
 
 
774 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  40.36 
 
 
790 aa  553  1e-156  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  40.16 
 
 
796 aa  551  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  39.78 
 
 
791 aa  549  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  38.38 
 
 
768 aa  543  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  40.53 
 
 
777 aa  539  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  38.49 
 
 
787 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  39.15 
 
 
779 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  38.93 
 
 
764 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  39.06 
 
 
764 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  37.8 
 
 
766 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  38.92 
 
 
790 aa  539  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  39.06 
 
 
764 aa  538  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  39.97 
 
 
826 aa  526  1e-148  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  38.39 
 
 
790 aa  526  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  40 
 
 
826 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  37.55 
 
 
769 aa  522  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  38.8 
 
 
826 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  38.8 
 
 
826 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  38.88 
 
 
824 aa  519  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  37.66 
 
 
779 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  38.95 
 
 
827 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  39.78 
 
 
833 aa  511  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  38.65 
 
 
813 aa  502  1e-141  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  40.6 
 
 
836 aa  502  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  38.28 
 
 
792 aa  501  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  38.26 
 
 
814 aa  496  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  38.21 
 
 
792 aa  495  9.999999999999999e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  37.31 
 
 
754 aa  492  9.999999999999999e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  39.26 
 
 
840 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  39.12 
 
 
840 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  39.12 
 
 
840 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  39.12 
 
 
840 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  38.99 
 
 
840 aa  485  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  39.2 
 
 
730 aa  482  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  39.21 
 
 
841 aa  476  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
841 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  35.68 
 
 
766 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  39.3 
 
 
841 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
844 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  39.3 
 
 
844 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
844 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
844 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  39.44 
 
 
840 aa  469  9.999999999999999e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
844 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  39.3 
 
 
844 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  37.03 
 
 
757 aa  433  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  33.19 
 
 
766 aa  374  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  32.4 
 
 
890 aa  375  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  38.33 
 
 
732 aa  323  6e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0214  penicillin-binding protein 1A  34.58 
 
 
707 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  37.02 
 
 
735 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  36.92 
 
 
739 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  36.64 
 
 
734 aa  311  2e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  37.17 
 
 
720 aa  312  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  34.62 
 
 
618 aa  310  6.999999999999999e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  34.12 
 
 
709 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  34.12 
 
 
709 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  34.12 
 
 
709 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4779  1A family penicillin-binding protein  33.55 
 
 
705 aa  307  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.819685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  36.55 
 
 
734 aa  306  8.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1578  penicillin-binding protein  33.33 
 
 
680 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00315585  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  34.16 
 
 
744 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1832  1A family penicillin-binding protein  34.7 
 
 
713 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.421648  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1616  penicillin-binding protein  33.16 
 
 
680 aa  305  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866869  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1123  1A family penicillin-binding protein  34.7 
 
 
713 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438177  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0832  1A family penicillin-binding protein  34.7 
 
 
713 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313161  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1547  penicillin-binding protein  33.33 
 
 
667 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000544476 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1337  penicillin-binding protein 2A  33.33 
 
 
680 aa  303  7.000000000000001e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5322  1A family penicillin-binding protein  34.45 
 
 
714 aa  303  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>