More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0489 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  45.44 
 
 
769 aa  679    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  44.64 
 
 
774 aa  662    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  45.38 
 
 
768 aa  678    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  62.13 
 
 
742 aa  957    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  43.73 
 
 
779 aa  651    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  44.64 
 
 
774 aa  661    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  45.25 
 
 
779 aa  666    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  46.04 
 
 
790 aa  686    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  46.1 
 
 
787 aa  683    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  44.5 
 
 
774 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  44.77 
 
 
791 aa  662    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  45.91 
 
 
789 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  45.31 
 
 
768 aa  687    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  46.89 
 
 
790 aa  690    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  42.93 
 
 
772 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  100 
 
 
781 aa  1611    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  47.4 
 
 
827 aa  639    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  45.59 
 
 
764 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  45.72 
 
 
764 aa  675    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  43.61 
 
 
766 aa  677    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  45.72 
 
 
764 aa  674    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  45.49 
 
 
833 aa  633  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  46.5 
 
 
826 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  46.65 
 
 
826 aa  632  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  46.36 
 
 
826 aa  630  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  46.5 
 
 
826 aa  631  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  46.5 
 
 
824 aa  632  1e-179  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  46.5 
 
 
836 aa  625  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  41.02 
 
 
773 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  41.84 
 
 
773 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  41.7 
 
 
773 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  42.28 
 
 
775 aa  620  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  41.97 
 
 
774 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  40.47 
 
 
774 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  41.3 
 
 
773 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  43.21 
 
 
777 aa  618  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  42.23 
 
 
790 aa  615  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
840 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
840 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  41.52 
 
 
796 aa  611  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  44.8 
 
 
840 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
840 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  41.7 
 
 
791 aa  612  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
840 aa  611  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  40.74 
 
 
773 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  40.6 
 
 
773 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  44.82 
 
 
730 aa  600  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  41.37 
 
 
778 aa  600  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  41.68 
 
 
772 aa  599  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  42.28 
 
 
780 aa  600  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  44.79 
 
 
841 aa  595  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  40.66 
 
 
776 aa  595  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
841 aa  585  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  44.8 
 
 
844 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  44.8 
 
 
844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  44.8 
 
 
844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  44.8 
 
 
844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  44.8 
 
 
844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  44.65 
 
 
840 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  44.94 
 
 
841 aa  585  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  44.94 
 
 
844 aa  585  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  40.13 
 
 
830 aa  575  1.0000000000000001e-163  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  39.19 
 
 
780 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  41.79 
 
 
777 aa  575  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  40.27 
 
 
759 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  40.62 
 
 
732 aa  547  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  41.38 
 
 
748 aa  548  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  39.59 
 
 
754 aa  540  9.999999999999999e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  38.74 
 
 
827 aa  537  1e-151  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  38.74 
 
 
827 aa  538  1e-151  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  38.34 
 
 
881 aa  525  1e-147  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  36.14 
 
 
766 aa  476  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  36.25 
 
 
792 aa  472  1e-132  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  35.97 
 
 
792 aa  466  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  36.4 
 
 
814 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  35.28 
 
 
813 aa  455  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  34.61 
 
 
757 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  32.7 
 
 
766 aa  378  1e-103  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  30.71 
 
 
890 aa  355  2e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  32.89 
 
 
646 aa  306  9.000000000000001e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  34.42 
 
 
625 aa  299  1e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  34.33 
 
 
770 aa  298  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  35.92 
 
 
714 aa  298  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  36.11 
 
 
714 aa  296  8e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.35 
 
 
618 aa  293  7e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  32.85 
 
 
654 aa  292  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0983  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a) (penicillin-bindingprotein A)  33.33 
 
 
638 aa  291  3e-77  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  32.07 
 
 
701 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  31.96 
 
 
744 aa  288  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3835  penicillin-binding protein 1F (PBP-1F)  33.76 
 
 
680 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.288255  hitchhiker  0.000000000138665 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1510  penicillin-binding protein  33.76 
 
 
680 aa  285  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00148274  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  34.56 
 
 
727 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1180  1A family penicillin-binding protein  34.23 
 
 
679 aa  284  5.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000474619  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  34.56 
 
 
727 aa  284  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1337  penicillin-binding protein 2A  33.39 
 
 
680 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1547  penicillin-binding protein  33.39 
 
 
667 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000544476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  33.22 
 
 
734 aa  283  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1578  penicillin-binding protein  33.21 
 
 
680 aa  282  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00315585  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1336  penicillin-binding protein 2A  33.21 
 
 
680 aa  282  1e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000691863  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  34.86 
 
 
728 aa  282  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>