More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_0004 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
378 aa  748    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  64.72 
 
 
377 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  65.16 
 
 
376 aa  438  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  58.82 
 
 
390 aa  424  1e-117  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  58.24 
 
 
371 aa  415  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.54 
 
 
381 aa  401  1e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  55.01 
 
 
390 aa  403  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.04 
 
 
397 aa  396  1e-109  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.93 
 
 
377 aa  393  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  57.98 
 
 
377 aa  388  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  55.28 
 
 
399 aa  390  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  57.59 
 
 
380 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  56.57 
 
 
389 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  56.03 
 
 
386 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  51.33 
 
 
414 aa  382  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  51.91 
 
 
420 aa  382  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  56.68 
 
 
390 aa  381  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  55.24 
 
 
380 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.11 
 
 
401 aa  378  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.73 
 
 
379 aa  380  1e-104  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  54.97 
 
 
380 aa  378  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  54.01 
 
 
401 aa  377  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  54.97 
 
 
380 aa  378  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.88 
 
 
399 aa  370  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.75 
 
 
398 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.81 
 
 
391 aa  360  3e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  48.37 
 
 
401 aa  350  2e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  53.23 
 
 
385 aa  347  2e-94  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.48 
 
 
397 aa  344  2e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  48.14 
 
 
402 aa  343  2.9999999999999997e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  50.4 
 
 
371 aa  331  1e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  46.73 
 
 
414 aa  311  1e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.22 
 
 
415 aa  297  2e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0004  DNA replication and repair protein RecF  51.18 
 
 
485 aa  295  1e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  46.03 
 
 
404 aa  269  5e-71  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.16 
 
 
457 aa  234  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.470302 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 
375 aa  206  7e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  33.61 
 
 
395 aa  196  6e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  27.89 
 
 
361 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  27.89 
 
 
361 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  29.92 
 
 
375 aa  192  9e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  30.36 
 
 
375 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0043  DNA replication and repair protein RecF  29.01 
 
 
433 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  30.51 
 
 
375 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  30.51 
 
 
375 aa  189  5e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  30.23 
 
 
375 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  34.6 
 
 
398 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  28.65 
 
 
373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.95 
 
 
392 aa  184  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.5 
 
 
360 aa  182  9.000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  30.47 
 
 
369 aa  182  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 
371 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.14 
 
 
376 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.39 
 
 
371 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.86 
 
 
364 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  29.12 
 
 
374 aa  179  8e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.23 
 
 
374 aa  179  9e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.9 
 
 
370 aa  179  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.67 
 
 
365 aa  178  2e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.31 
 
 
386 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  30.5 
 
 
372 aa  176  6e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.04 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  29.17 
 
 
370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  29.17 
 
 
370 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  29.55 
 
 
371 aa  173  3.9999999999999995e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  28.38 
 
 
374 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.89 
 
 
387 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.78 
 
 
365 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.42 
 
 
384 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.94 
 
 
362 aa  169  6e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.08 
 
 
374 aa  169  7e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.66 
 
 
366 aa  168  2e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.07 
 
 
372 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.11 
 
 
365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 
373 aa  166  8e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.07 
 
 
382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.68 
 
 
370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.51 
 
 
371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  29.03 
 
 
359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  28.22 
 
 
374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  34.48 
 
 
394 aa  165  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.79 
 
 
360 aa  164  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.1 
 
 
363 aa  160  5e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.64 
 
 
363 aa  159  7e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.18 
 
 
386 aa  159  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.21 
 
 
385 aa  157  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  32.51 
 
 
376 aa  156  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  34.45 
 
 
387 aa  155  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.58 
 
 
359 aa  155  1e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  29.11 
 
 
364 aa  154  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.82 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 
360 aa  153  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.23 
 
 
390 aa  153  5e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.43 
 
 
364 aa  152  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.16 
 
 
370 aa  152  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>