More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1263 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1263  MATE efflux family protein  100 
 
 		 467 aa  909    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0813234  normal  0.914064 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2967  MATE efflux family protein  61.84 
 
 		 467 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0284207 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2708  MATE efflux family protein  62.28 
 
 		 467 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3112  multidrug efflux protein  57.11 
 
 		 465 aa  499  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1736  MATE efflux family protein  46.84 
 
 		 472 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.282832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2423  MATE efflux family protein  47.39 
 
 		 451 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0441886  normal  0.25868 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0764  MATE family efflux pump NorM  47.17 
 
 		 451 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0411  MATE efflux family protein  47.36 
 
 		 453 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0755  MATE efflux family protein  47.37 
 
 		 456 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0124459  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1930  MATE efflux family protein  45.19 
 
 		 460 aa  366  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.135248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0650  MATE efflux family protein  45.12 
 
 		 458 aa  359  6e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0440  MATE efflux family protein  40.92 
 
 		 470 aa  348  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.589921  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0355  putative multidrug resistance protein NorM  41.1 
 
 		 471 aa  346  4e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.277827  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0339  multidrug resistance protein NorM, putative  41.1 
 
 		 471 aa  346  6e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1709  MATE efflux family protein  45.6 
 
 		 470 aa  333  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1935  MATE efflux family protein  41.61 
 
 		 460 aa  323  5e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.18016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0697  multi anti extrusion protein MatE  41.43 
 
 		 468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.596572  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0664  MATE efflux family protein  40.83 
 
 		 472 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.253686 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3141  MATE efflux family protein  40.31 
 
 		 472 aa  302  7.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565795  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0643  MATE efflux family protein  40.09 
 
 		 477 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0676  MATE efflux family protein  41.18 
 
 		 472 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.441843  normal  0.0136882 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4308  MATE efflux family protein  40.13 
 
 		 470 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1298  MATE efflux family protein  41.03 
 
 		 467 aa  288  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4462  MATE efflux family protein  39.52 
 
 		 470 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2521  multi anti extrusion protein MatE  40.85 
 
 		 490 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0454  MATE efflux family protein  39.91 
 
 		 477 aa  279  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0033  MATE efflux family protein  38.7 
 
 		 463 aa  274  3e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0259659  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1146  MATE efflux family protein  40.04 
 
 		 469 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.890459  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1019  MATE efflux family protein  38.27 
 
 		 474 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0014  putative multidrug resistance protein norM  38.6 
 
 		 460 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5314  multidrug efflux protein NorA  38.85 
 
 		 462 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133881 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1050  MATE efflux family protein  37.67 
 
 		 462 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0612  MATE efflux family protein  37.67 
 
 		 462 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1091  MATE efflux family protein  37.67 
 
 		 462 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427191  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1041  multi anti extrusion protein MatE  37.58 
 
 		 470 aa  252  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2943  MATE efflux family protein  36.97 
 
 		 470 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5517  multidrug efflux protein NorA  38.17 
 
 		 464 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4204  multi anti extrusion protein MatE  37.64 
 
 		 462 aa  247  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0638116  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5262  multidrug efflux protein NorA  39.02 
 
 		 462 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00407645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2939  multidrug resistance protein  37.07 
 
 		 468 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000251457  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1686  multidrug resistance protein NorM, putative  37.3 
 
 		 464 aa  246  6e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.712622  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2212  MATE efflux family protein  37.39 
 
 		 462 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.520618  normal  0.988059 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0967  MATE efflux family protein  36.73 
 
 		 462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.932307  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2511  multidrug efflux pump NorM  36.84 
 
 		 468 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0112614  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0502  multidrug resistance protein NorM, putative  36.84 
 
 		 468 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00841305  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1835  multidrug efflux pump NorM  36.84 
 
 		 468 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.143849  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2770  multidrug efflux pump NorM  36.84 
 
 		 468 aa  243  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00327808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2885  multidrug efflux pump NorM  36.84 
 
 		 468 aa  243  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132426  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0971  MATE efflux family protein  36.5 
 
 		 462 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2824  Na+-driven multidrug efflux pump  36.61 
 
 		 468 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.338684  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5172  multidrug efflux protein NorA  38.8 
 
 		 462 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.204458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0255  multidrug efflux protein NorA  37.44 
 
 		 461 aa  237  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0797  MATE efflux family protein  35.43 
 
 		 463 aa  236  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158372 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0208  multidrug efflux protein NorA  38.03 
 
 		 462 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0521775 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  32.24 
 
 		 457 aa  232  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  34.38 
 
 		 466 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0073  multidrug efflux protein NorA  35.81 
 
 		 460 aa  226  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  32.66 
 
 		 457 aa  223  7e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6069  multidrug efflux protein NorA  37 
 
 		 462 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  31.71 
 
 		 457 aa  219  7.999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  31.71 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  32.24 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  31.71 
 
 		 457 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  32.31 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  34.57 
 
 		 457 aa  216  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  32.82 
 
 		 457 aa  216  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  32.82 
 
 		 457 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0115  multidrug resistance protein NorM, putative  35.44 
 
 		 460 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6519  MATE efflux family protein  34.15 
 
 		 466 aa  215  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.510371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  30.91 
 
 		 458 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  32.6 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  32.6 
 
 		 457 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  32.6 
 
 		 457 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1699  MATE efflux family protein  34.75 
 
 		 462 aa  213  3.9999999999999995e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.4571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69890  multidrug efflux protein NorA  38.26 
 
 		 488 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1767  MATE efflux family protein  29.15 
 
 		 462 aa  212  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  33.71 
 
 		 477 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  33.71 
 
 		 477 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  31.73 
 
 		 457 aa  211  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  32.17 
 
 		 457 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0723  multidrug resistance protein  28.96 
 
 		 454 aa  209  6e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  32.17 
 
 		 457 aa  209  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  31.38 
 
 		 460 aa  208  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  31.87 
 
 		 457 aa  208  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  30.26 
 
 		 460 aa  207  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  32.51 
 
 		 456 aa  206  9e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  32.92 
 
 		 453 aa  205  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  30.41 
 
 		 457 aa  204  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5025  MATE efflux family protein  29.11 
 
 		 461 aa  203  5e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.274377  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  32.43 
 
 		 453 aa  203  6e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7238  MATE efflux family protein  28.22 
 
 		 450 aa  202  9e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.866766  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1295  multidrug efflux protein  29.54 
 
 		 453 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0578421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  29.54 
 
 		 453 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2515  MATE efflux family protein  33.26 
 
 		 442 aa  202  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>