More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1986 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.33 
 
 
734 aa  669    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  67.46 
 
 
716 aa  953    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
697 aa  653    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.5 
 
 
743 aa  860    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.41 
 
 
714 aa  736    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.41 
 
 
735 aa  792    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.65 
 
 
721 aa  676    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.97 
 
 
734 aa  677    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  53.6 
 
 
741 aa  738    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
708 aa  1447    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 
732 aa  682    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.13 
 
 
728 aa  702    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.23 
 
 
713 aa  1018    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.68 
 
 
697 aa  645    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.58 
 
 
696 aa  666    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.42 
 
 
772 aa  690    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 
749 aa  674    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 
696 aa  649    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.51 
 
 
736 aa  668    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.92 
 
 
713 aa  866    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.49 
 
 
728 aa  686    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
696 aa  657    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.37 
 
 
717 aa  1005    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.65 
 
 
721 aa  676    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.72 
 
 
793 aa  834    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.02 
 
 
722 aa  665    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
699 aa  639    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
706 aa  638    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.59 
 
 
732 aa  678    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.25 
 
 
703 aa  634  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.22 
 
 
711 aa  634  1e-180  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.45 
 
 
735 aa  628  1e-178  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
721 aa  624  1e-177  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.45 
 
 
699 aa  621  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.57 
 
 
714 aa  616  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
710 aa  613  9.999999999999999e-175  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.39 
 
 
777 aa  614  9.999999999999999e-175  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.45 
 
 
701 aa  610  1e-173  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
729 aa  611  1e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
729 aa  609  1e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 
714 aa  610  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.18 
 
 
700 aa  610  1e-173  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.59 
 
 
698 aa  607  9.999999999999999e-173  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 
718 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.37 
 
 
692 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 
714 aa  605  9.999999999999999e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.37 
 
 
690 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
714 aa  603  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.83 
 
 
717 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
718 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 
722 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
722 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.28 
 
 
721 aa  603  1.0000000000000001e-171  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.05 
 
 
771 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.72 
 
 
715 aa  603  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
698 aa  601  1e-170  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.86 
 
 
699 aa  602  1e-170  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
752 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.89 
 
 
715 aa  600  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.43 
 
 
712 aa  601  1e-170  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
745 aa  600  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 
715 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.44 
 
 
725 aa  602  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.03 
 
 
714 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 
715 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.03 
 
 
714 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.36 
 
 
712 aa  600  1e-170  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 
715 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.14 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.48 
 
 
700 aa  597  1e-169  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.3 
 
 
700 aa  598  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.1 
 
 
714 aa  596  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
705 aa  596  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.22 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.22 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.22 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.87 
 
 
695 aa  596  1e-169  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.75 
 
 
712 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.22 
 
 
712 aa  597  1e-169  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
720 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
772 aa  595  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.67 
 
 
774 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.34 
 
 
702 aa  596  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.07 
 
 
712 aa  596  1e-169  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.93 
 
 
712 aa  595  1e-168  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.85 
 
 
717 aa  593  1e-168  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.38 
 
 
698 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.8 
 
 
755 aa  595  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.94 
 
 
715 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.38 
 
 
698 aa  593  1e-168  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
713 aa  594  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
712 aa  593  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.07 
 
 
712 aa  594  1e-168  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.77 
 
 
715 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.25 
 
 
815 aa  593  1e-168  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.87 
 
 
710 aa  592  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
713 aa  593  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.19 
 
 
700 aa  594  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
699 aa  594  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>