74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0063 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0063  hypothetical protein  100 
 
 		 307 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01110  putative transporter (formate/nitrite transporter family) protein  52.9 
 
 		 286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.298042  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3567  hypothetical protein  51.72 
 
 		 268 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1645  hypothetical protein  44.93 
 
 		 290 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3922  transport protein, putative  46.97 
 
 		 279 aa  239  5e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.94798 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5413  transporter formate/nitrite transporter family  45.98 
 
 		 267 aa  222  8e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0209866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3392  putative inner membrane protein  38.33 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2747  inner membrane protein YfdC  39.52 
 
 		 313 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.147844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2533  inner membrane protein YfdC  39.52 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2622  inner membrane protein YfdC  39.52 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2636  hypothetical protein  39.18 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000369454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2582  inner membrane protein YfdC  39.52 
 
 		 313 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2455  formate/nitrate transporter  38.63 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2730  hypothetical protein  42.17 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1310  formate/nitrite transporter  41.77 
 
 		 310 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330595  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2507  hypothetical protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3492  hypothetical protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2644  hypothetical protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  5e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02273  predicted inner membrane protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02234  hypothetical protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2499  hypothetical protein  41.77 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1306  putative transport  41.77 
 
 		 310 aa  202  7e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.134789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28170  formate/nitrate transporter  35.29 
 
 		 318 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0065988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2886  putative transport  41.77 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4338  formate/nitrite transporter  35.64 
 
 		 269 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2513  putative transport  39.93 
 
 		 278 aa  181  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3606  hypothetical protein  36.06 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2827  formate/nitrite transporter  38.11 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5278  formate/nitrate transporter  38.01 
 
 		 295 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1210  putative transport protein, YfdC-like protein  31.86 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0373  putative transport protein, YfdC-like protein  38.84 
 
 		 295 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1173  formate/nitrate transporter  39.02 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000225808  hitchhiker  0.0010745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3296  transporter, putative  37.91 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.50461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3126  transporter, putative  37.88 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0405  formate/nitrite transporter  38.39 
 
 		 295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.841473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4258  formate/nitrate transporter  37.5 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0709  putative transport protein, YfdC-like protein  34.38 
 
 		 289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362621  normal  0.184089 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0441  putative transport protein, YfdC-like protein  35.81 
 
 		 289 aa  161  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.267412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1156  formate/nitrate transporter  37.12 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151697  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1190  formate/nitrate transporter  37.12 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000136621  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4770  putative transport protein, YfdC-like protein  36.6 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.543572 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1703  putative transport protein, YfdC-like protein  34.38 
 
 		 244 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4084  formate/nitrite transporter  28.39 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2705  formate/nitrite transporter  28.34 
 
 		 625 aa  107  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0727  formate/nitrate transporter  29.12 
 
 		 256 aa  99  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298645  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2299  formate/nitrite transporter  29.37 
 
 		 732 aa  95.5  9e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.546024 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1674  formate/nitrite transporter  28.62 
 
 		 604 aa  89.4  7e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.368591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2071  formate/nitrite transporter  26.94 
 
 		 325 aa  88.2  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1851  formate/nitrate transporter  28.94 
 
 		 346 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2139  formate/nitrate transporter  28.77 
 
 		 361 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1585  formate/nitrite transporter  27.19 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1014  formate/nitrite transporter  28.57 
 
 		 279 aa  73.2  0.000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.809249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1583  formate/nitrite transporter  24.58 
 
 		 262 aa  57  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  26.5 
 
 		 261 aa  56.2  0.0000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06260  formate/nitrite transporter family protein  32.87 
 
 		 265 aa  54.7  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  21.13 
 
 		 303 aa  53.9  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  25.59 
 
 		 287 aa  51.6  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1061  formate/nitrite transporter  28.1 
 
 		 270 aa  50.1  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134019  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  28.65 
 
 		 271 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  23.44 
 
 		 286 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  23.88 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1695  formate/nitrite transporter  23.53 
 
 		 265 aa  46.6  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0645091  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  25.43 
 
 		 293 aa  46.6  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  24.31 
 
 		 301 aa  46.2  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  26.98 
 
 		 285 aa  44.3  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1429  nitrite transporter  25.31 
 
 		 265 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0198898  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1015  formate/nitrate transporter  25.95 
 
 		 275 aa  44.7  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  22.9 
 
 		 278 aa  44.3  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3500  formate/nitrite family of transporters-like protein  24.91 
 
 		 276 aa  43.9  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.999349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  27.32 
 
 		 271 aa  43.5  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  25.31 
 
 		 271 aa  43.5  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  24.24 
 
 		 282 aa  43.5  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  27.32 
 
 		 271 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  21.65 
 
 		 508 aa  42.4  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>