More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2388 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  100 
 
 		 508 aa  1040    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  67.48 
 
 		 491 aa  625  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  58.24 
 
 		 558 aa  624  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  60.46 
 
 		 537 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  63.58 
 
 		 493 aa  598  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  64.31 
 
 		 494 aa  591  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  44.58 
 
 		 483 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  44.7 
 
 		 483 aa  414  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  43.1 
 
 		 483 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1562  formate/nitrite transporter  72.16 
 
 		 324 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1556  methionine gamma-lyase  72.53 
 
 		 324 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.331691  normal  0.232428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2911  formate transporter, putative  71.02 
 
 		 324 aa  368  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1495  formate/nitrite transporter  72.16 
 
 		 324 aa  368  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.299399  normal  0.115317 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1695  formate/nitrite transporter  61.54 
 
 		 330 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.472094  hitchhiker  0.00102766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2670  formate/nitrite transporter  67.59 
 
 		 330 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2689  formate/nitrite transporter  67.59 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2768  formate/nitrite transporter  67.59 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.213068 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1500  formate transporter  40.67 
 
 		 547 aa  340  4e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  59.47 
 
 		 286 aa  316  5e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  53.21 
 
 		 303 aa  279  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  53.76 
 
 		 286 aa  279  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  51.66 
 
 		 285 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  51.66 
 
 		 285 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  51.66 
 
 		 285 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  52.26 
 
 		 286 aa  269  8.999999999999999e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  47.1 
 
 		 275 aa  265  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  50 
 
 		 285 aa  261  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  49.06 
 
 		 286 aa  262  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1998  formate transporter  50.38 
 
 		 286 aa  262  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2242  formate/nitrite transporter  49.43 
 
 		 285 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.57128  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1038  putative formate transporter FocA  50.2 
 
 		 271 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.263222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  48.31 
 
 		 285 aa  259  9e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1087  putative formate transporter FocA  50.2 
 
 		 271 aa  259  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0979  putative formate transporter FocA  50.2 
 
 		 271 aa  259  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.377209  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1007  putative formate transporter FocA  50.2 
 
 		 271 aa  259  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1072  putative formate transporter FocA  50.2 
 
 		 271 aa  259  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.4998  normal  0.491294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00908  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.839413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2739  formate/nitrite transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.851182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1065  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00915  hypothetical protein  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2217  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2424  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.307423  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1001  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.304412  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1010  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00439262  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2692  formate transporter  47.94 
 
 		 285 aa  258  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.514456 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  52.36 
 
 		 289 aa  254  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1730  formate transporter  48.86 
 
 		 286 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373125  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2639  putative formate transporter  37.79 
 
 		 282 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.501611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2774  putative formate transporter  37.4 
 
 		 282 aa  197  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0138397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3714  putative formate transporter  37.4 
 
 		 282 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.854705  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1177  formate/nitrite transporter  37.4 
 
 		 282 aa  196  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2626  putative formate transporter  37.4 
 
 		 282 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1184  putative formate transporter  37.4 
 
 		 282 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0550252 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02384  predicted formate transporter  37.4 
 
 		 282 aa  196  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330245  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02346  hypothetical protein  37.4 
 
 		 282 aa  196  9e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.378468  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  36.82 
 
 		 296 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  38.49 
 
 		 301 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2100  formate/nitrite transporter  39.64 
 
 		 316 aa  171  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  40.6 
 
 		 269 aa  168  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2707  formate/nitrite transporter  37.17 
 
 		 313 aa  167  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  35.18 
 
 		 310 aa  162  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2864  formate/nitrite transporter  36.74 
 
 		 234 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.666076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1691  formate/nitrite transporter  34.17 
 
 		 318 aa  153  5.9999999999999996e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.516822 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  38.5 
 
 		 278 aa  149  8e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  37.59 
 
 		 287 aa  149  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01040  formate/nitrite transporter family protein  34.91 
 
 		 279 aa  147  6e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.281121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  35.89 
 
 		 293 aa  146  9e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0884  response regulator receiver protein  36 
 
 		 425 aa  145  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  35.25 
 
 		 270 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4565  formate/nitrite transporter  37.72 
 
 		 301 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 282 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1838  putative formate transporter FdhC  38.1 
 
 		 292 aa  139  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17934e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  36.22 
 
 		 269 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  35.16 
 
 		 280 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  35.06 
 
 		 271 aa  127  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0018  formate/nitrate transporter  35.5 
 
 		 265 aa  126  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135457  normal  0.535359 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2194  formate/nitrite transporter  32.85 
 
 		 301 aa  123  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0306752  normal  0.415669 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  32.06 
 
 		 271 aa  117  6e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  33.08 
 
 		 261 aa  115  2.0000000000000002e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  32.06 
 
 		 271 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  31.3 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  30.34 
 
 		 276 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  31.3 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  32.3 
 
 		 269 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1504  hypothetical protein  29.84 
 
 		 251 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.870795  normal  0.369594 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  31.68 
 
 		 271 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3326  formate/nitrite transporter  31.56 
 
 		 259 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.669254  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  31.6 
 
 		 273 aa  111  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3583  formate transporter, putative  31.56 
 
 		 273 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3593  putative formate transporter  31.56 
 
 		 273 aa  111  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3362  formate transporter  31.56 
 
 		 259 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.495857  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46427  predicted protein  31.8 
 
 		 315 aa  111  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.215207  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3276  formate/nitrite transporter  31.56 
 
 		 259 aa  111  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.55771  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3625  formate transporter  31.56 
 
 		 259 aa  111  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1503  hypothetical protein  28.87 
 
 		 284 aa  111  3e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.48908  normal  0.406493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>