More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2880 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2376  formate/nitrite transporter  65.18 
 
 		 537 aa  675    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2880  formate/nitrite transporter  100 
 
 		 494 aa  1012    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.910131  hitchhiker  0.000564584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1710  formate/nitrite transporter  76.11 
 
 		 491 aa  750    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.402769  hitchhiker  0.00135887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1674  formate/nitrite transporter  79.15 
 
 		 493 aa  763    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2388  formate/nitrite transporter  64.31 
 
 		 508 aa  599  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0694768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2470  formate/nitrite transporter  56.93 
 
 		 558 aa  600  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0519177  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05923  methionine gamma-lyase  47.33 
 
 		 483 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000193  formate efflux transporter  47.65 
 
 		 483 aa  458  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000746052  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0474  putative formate transporter 1  46.48 
 
 		 483 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000188118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1495  formate/nitrite transporter  72.73 
 
 		 324 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.299399  normal  0.115317 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1562  formate/nitrite transporter  72.73 
 
 		 324 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.141715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1556  methionine gamma-lyase  72.44 
 
 		 324 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.331691  normal  0.232428 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2911  formate transporter, putative  67.63 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2689  formate/nitrite transporter  70.24 
 
 		 330 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2670  formate/nitrite transporter  64.6 
 
 		 330 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1695  formate/nitrite transporter  67.88 
 
 		 330 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.472094  hitchhiker  0.00102766 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2768  formate/nitrite transporter  70.24 
 
 		 330 aa  395  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.213068 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1500  formate transporter  42.8 
 
 		 547 aa  360  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1956  putative formate transporter 1  58.65 
 
 		 286 aa  325  1e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1299  putative formate transporter 1  57.14 
 
 		 303 aa  300  3e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1947  formate transporter  55.64 
 
 		 285 aa  299  9e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00022093  normal  0.102506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2588  formate transporter  55.64 
 
 		 285 aa  299  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.864414  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2676  formate transporter  55.64 
 
 		 285 aa  299  9e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1998  formate transporter  53.43 
 
 		 286 aa  290  4e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00908  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.839413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2692  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.514456 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2739  formate/nitrite transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.851182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2424  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.307423  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2217  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1001  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.304412  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1065  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.187921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00915  hypothetical protein  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656334  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1010  formate transporter  52.63 
 
 		 285 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00439262  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1424  formate/nitrite transporter  52.26 
 
 		 285 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01852  hypothetical protein  51.64 
 
 		 286 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1038  putative formate transporter FocA  53.64 
 
 		 271 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.263222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0979  putative formate transporter FocA  53.64 
 
 		 271 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.377209  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1072  putative formate transporter FocA  53.64 
 
 		 271 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.4998  normal  0.491294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1007  putative formate transporter FocA  53.64 
 
 		 271 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1087  putative formate transporter FocA  53.64 
 
 		 271 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2242  formate/nitrite transporter  50.9 
 
 		 285 aa  280  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.57128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3306  formate/nitrite transporter  53.31 
 
 		 289 aa  280  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0326166  normal  0.791558 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003830  formate efflux transporter  52.36 
 
 		 286 aa  279  7e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1703  formate transporter  52.63 
 
 		 286 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1730  formate transporter  52.71 
 
 		 286 aa  276  8e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.373125  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2344  formate/nitrite transporter  50.54 
 
 		 285 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1135  formate transporter  48.33 
 
 		 275 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.258908  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0933  formate/nitrite transporter  39.35 
 
 		 296 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.91346  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02384  predicted formate transporter  40.23 
 
 		 282 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.330245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1177  formate/nitrite transporter  40.23 
 
 		 282 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02346  hypothetical protein  40.23 
 
 		 282 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.378468  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2626  putative formate transporter  40.23 
 
 		 282 aa  196  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1184  putative formate transporter  40.23 
 
 		 282 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0550252 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2639  putative formate transporter  40.23 
 
 		 282 aa  193  5e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.501611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2774  putative formate transporter  39.84 
 
 		 282 aa  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0138397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3714  putative formate transporter  39.84 
 
 		 282 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.854705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0554  formate/nitrite transporter  39.78 
 
 		 301 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2707  formate/nitrite transporter  36.97 
 
 		 313 aa  181  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.221664 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2100  formate/nitrite transporter  38.66 
 
 		 316 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0311  formate/nitrite transporter  36.55 
 
 		 310 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4565  formate/nitrite transporter  37.77 
 
 		 301 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0999  formate/nitrite transporter  35.38 
 
 		 278 aa  168  2.9999999999999998e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01040  formate/nitrite transporter family protein  36.5 
 
 		 279 aa  160  7e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.281121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25150  formate/nitrite transporter family protein  36.04 
 
 		 287 aa  159  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.796989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51110  formate,nitrite transporter  38.87 
 
 		 269 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.269845  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1691  formate/nitrite transporter  37.17 
 
 		 318 aa  156  6e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.516822 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2864  formate/nitrite transporter  38.28 
 
 		 234 aa  151  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.666076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0234  FNT family protein  35.19 
 
 		 270 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.316359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1906  formate/nitrite transporter  36.82 
 
 		 269 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0937381  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0091  formate/nitrate transporter  39.65 
 
 		 293 aa  145  2e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0884  response regulator receiver protein  37.64 
 
 		 425 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0917  formate/nitrite transporter  35.8 
 
 		 282 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45982e-32 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2194  formate/nitrite transporter  34.96 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0306752  normal  0.415669 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0151  formate/nitrite transporter  35.8 
 
 		 280 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4660  formate/nitrite transporter  38.93 
 
 		 271 aa  133  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0209  formate/nitrite transporter  36.33 
 
 		 261 aa  132  1.0000000000000001e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2402  formate/nitrite transporter  33.21 
 
 		 269 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000214776  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1621  formate/nitrite transporter  33.57 
 
 		 290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3826  putative formate transporter  34.08 
 
 		 271 aa  127  6e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000257156  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1838  putative formate transporter FdhC  36.63 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17934e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3777  putative formate transporter  34.08 
 
 		 271 aa  125  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000331666  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1450  formate/nitrite transporter  34.82 
 
 		 276 aa  124  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1475  putative formate transporter  33.71 
 
 		 271 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000668667  hitchhiker  0.0000156273 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3755  formate transporter, putative  33.33 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130548  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3573  formate transporter  32.96 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000029484  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3472  formate transporter  32.96 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000183902  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3485  formate transporter  32.96 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000339994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3857  formate transporter  32.96 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122376  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3493  formate/nitrite transporter  33.33 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000349448  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3739  putative formate transporter  32.96 
 
 		 271 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000466346 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46427  predicted protein  34.05 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.215207  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0018  formate/nitrate transporter  36.93 
 
 		 265 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135457  normal  0.535359 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1054  formate/nitrate transporter  30.85 
 
 		 267 aa  115  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000464668  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1325  formate/nitrite transporter  33.45 
 
 		 285 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3676  putative formate transporter  32.92 
 
 		 273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1811  formate/nitrite transporter  30.39 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1641  putative formate transporter  32.92 
 
 		 273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1504  hypothetical protein  34.4 
 
 		 251 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.870795  normal  0.369594 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1461  formate/nitrite transporter family protein  33.85 
 
 		 283 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0191  formate/nitrite transporter  31.73 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>