More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0056 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  100 
 
 
302 aa  613  1e-175  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  47.3 
 
 
300 aa  282  6e-75  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  43.85 
 
 
305 aa  270  2e-71  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  43.38 
 
 
307 aa  267  1e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  45.54 
 
 
304 aa  256  3e-67  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  41.12 
 
 
304 aa  248  1e-64  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  40.54 
 
 
300 aa  239  3e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  39.53 
 
 
300 aa  236  5e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  39.53 
 
 
300 aa  232  7e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1818  RNA pseudouridine synthase  39.87 
 
 
319 aa  220  2e-56  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  30.5 
 
 
547 aa  118  1e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  31.68 
 
 
323 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.08 
 
 
311 aa  114  2e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  41.08 
 
 
311 aa  114  2e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  30.92 
 
 
323 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  27.48 
 
 
299 aa  112  7e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  30.53 
 
 
318 aa  112  8e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.22 
 
 
438 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.85 
 
 
211 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.66 
 
 
250 aa  110  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  28.77 
 
 
323 aa  109  5e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  29.39 
 
 
350 aa  109  5e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  31.28 
 
 
402 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  31.28 
 
 
402 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.28 
 
 
402 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  28.57 
 
 
578 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
360 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  30.84 
 
 
407 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  27.52 
 
 
436 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  30.84 
 
 
405 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0447  pseudouridine synthase  35.81 
 
 
244 aa  107  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  36.45 
 
 
326 aa  107  3e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  32.9 
 
 
233 aa  106  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.52 
 
 
298 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.34 
 
 
558 aa  106  6e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  34.43 
 
 
218 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
400 aa  106  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.35 
 
 
302 aa  105  7e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  30.17 
 
 
431 aa  105  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  31.16 
 
 
235 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  29.58 
 
 
273 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
320 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.01915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  30.29 
 
 
298 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
320 aa  105  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.97428e-06  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.51 
 
 
300 aa  103  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.14 
 
 
300 aa  104  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  34.23 
 
 
364 aa  104  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.93 
 
 
250 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  35.1 
 
 
225 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  28.03 
 
 
369 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  31.6 
 
 
319 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.59 
 
 
298 aa  103  3e-21  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  33.19 
 
 
245 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.57 
 
 
339 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  36.15 
 
 
315 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  33.04 
 
 
258 aa  103  3e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
541 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.7 
 
 
320 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17495e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.12 
 
 
309 aa  103  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0998  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  30.43 
 
 
250 aa  103  5e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.39 
 
 
391 aa  102  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  38.21 
 
 
318 aa  102  7e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  34.47 
 
 
293 aa  102  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 
329 aa  102  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.22 
 
 
320 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.84108e-09  hitchhiker  5.01686e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  37.02 
 
 
313 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.99 
 
 
308 aa  102  9e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  36.93 
 
 
215 aa  102  9e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.36 
 
 
308 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.1 
 
 
306 aa  101  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.2 
 
 
315 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.73 
 
 
318 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.92786e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  30.93 
 
 
396 aa  101  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 
305 aa  101  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.84 
 
 
222 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  34.07 
 
 
247 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
395 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
389 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3150  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.71 
 
 
239 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0942685  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  32.66 
 
 
585 aa  100  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.49 
 
 
223 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.24 
 
 
395 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  28.63 
 
 
277 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  2.85246e-06 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
389 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.24 
 
 
395 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
389 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 
389 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 
420 aa  100  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  32.73 
 
 
347 aa  100  3e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  28.22 
 
 
525 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  35.14 
 
 
339 aa  100  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.4 
 
 
360 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.48 
 
 
318 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.68 
 
 
314 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.12 
 
 
329 aa  99.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.63 
 
 
330 aa  99.8  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.29 
 
 
331 aa  99.4  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  28.57 
 
 
246 aa  99.4  6e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  34.08 
 
 
222 aa  99.4  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.76 
 
 
308 aa  99.4  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>