More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1818 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1818  RNA pseudouridine synthase  100 
 
 		 319 aa  656    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  53.47 
 
 		 305 aa  328  7e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  51.32 
 
 		 307 aa  318  9e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  50.95 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  47.77 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  47.45 
 
 		 300 aa  296  3e-79  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  47.77 
 
 		 300 aa  293  3e-78  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  45.77 
 
 		 304 aa  275  5e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  39.87 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  38.18 
 
 		 304 aa  202  6e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  32.56 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  29.25 
 
 		 585 aa  107  3e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  27.51 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  26.51 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  27.81 
 
 		 369 aa  102  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  27.78 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  30.16 
 
 		 235 aa  102  8e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  29.61 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  27.97 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  32.53 
 
 		 240 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  29.93 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  29.23 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 		 305 aa  100  5e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.62 
 
 		 306 aa  99.4  7e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.67 
 
 		 325 aa  98.2  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.23 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  29.09 
 
 		 547 aa  99  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  29.29 
 
 		 290 aa  98.6  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  27.74 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  33.51 
 
 		 520 aa  97.4  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 327 aa  97.1  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  27.47 
 
 		 405 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  27.47 
 
 		 407 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.63 
 
 		 222 aa  96.3  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  26.87 
 
 		 329 aa  95.9  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  28.06 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.44 
 
 		 391 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.01 
 
 		 223 aa  95.1  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  27.9 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  27.84 
 
 		 360 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.47 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 222 aa  94.7  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.73 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  27.47 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  31.2 
 
 		 225 aa  94.7  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  28.25 
 
 		 305 aa  95.1  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  29.44 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  27.47 
 
 		 402 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  27.13 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  26.67 
 
 		 319 aa  94.4  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  30.31 
 
 		 240 aa  94  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  30.41 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  28.62 
 
 		 358 aa  93.6  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  33.48 
 
 		 217 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.58 
 
 		 438 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28.57 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.86 
 
 		 298 aa  93.6  4e-18  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  27.03 
 
 		 400 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.8 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  28.86 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  27 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  28.38 
 
 		 431 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  26 
 
 		 326 aa  92.8  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  28.84 
 
 		 436 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  28.47 
 
 		 344 aa  92.8  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.38 
 
 		 356 aa  92.8  6e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  27.69 
 
 		 318 aa  92.8  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  27.54 
 
 		 333 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  29.91 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28.74 
 
 		 290 aa  92.8  7e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.2 
 
 		 333 aa  92.4  8e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 389 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 389 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 389 aa  92.4  9e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  27.27 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.77 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  26.69 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.58 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.77 
 
 		 395 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.06 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  28.71 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  25.45 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  27.54 
 
 		 333 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  33.07 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 389 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  28.77 
 
 		 395 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  29.22 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  27.6 
 
 		 315 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  29.66 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  26.73 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  26.72 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  32.23 
 
 		 242 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  25.43 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  27 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  32.06 
 
 		 648 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  25.56 
 
 		 325 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.89 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>