More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0305 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0305  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 234 aa  467  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.123589  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1290  short chain dehydrogenase  82.48 
 
 		 234 aa  358  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4383  short chain dehydrogenase  84.91 
 
 		 234 aa  355  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0101  short chain dehydrogenase  83.33 
 
 		 234 aa  354  7.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451177  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6083  short chain dehydrogenase  81.9 
 
 		 234 aa  349  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2285  short chain dehydrogenase  61.74 
 
 		 233 aa  280  9e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4798  short chain dehydrogenase  60.27 
 
 		 234 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5340  short chain dehydrogenase  60.27 
 
 		 234 aa  246  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.980591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0196  short chain dehydrogenase  59.38 
 
 		 234 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.641579  normal  0.448139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5406  short chain dehydrogenase  58.93 
 
 		 234 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5455  short chain dehydrogenase  58.93 
 
 		 234 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4814  short chain dehydrogenase  58.93 
 
 		 234 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.910102 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0036  putative short chain dehydrogenase  59.82 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00856815  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0088  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0587  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3095  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2001  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0426  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0406  short chain dehydrogenase  54.22 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.603523  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 		 235 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2287  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 		 234 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0351  short chain dehydrogenase  53.3 
 
 		 332 aa  199  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.853624  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10890  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  48.65 
 
 		 235 aa  193  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1361  short chain dehydrogenase  52.61 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.338763  normal  0.94608 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.33 
 
 		 232 aa  191  7e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132567  normal  0.124295 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0234  short chain dehydrogenase  47.75 
 
 		 227 aa  191  7e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.100339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0139  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.43 
 
 		 233 aa  182  4.0000000000000006e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0817814 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.26 
 
 		 258 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.08 
 
 		 241 aa  180  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0488  short chain dehydrogenase  49.13 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6375  putative short chain dehydrogenase  47.84 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.930619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 		 276 aa  174  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.225539 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.79 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 		 243 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.666378 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0499  short chain dehydrogenase  48.7 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0510  short chain dehydrogenase  48.7 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2696  putative short-chain oxidoreductase  44.04 
 
 		 256 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0368477  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0361  short chain dehydrogenase  44.89 
 
 		 244 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000319132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0688  short chain dehydrogenase  40.79 
 
 		 237 aa  168  8e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.437388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2361  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 		 243 aa  168  8e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.73 
 
 		 237 aa  167  1e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0560826 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1857  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.960393 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37030  short-chain alcohol dehydrogenase  47.84 
 
 		 241 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.731779 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 237 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.138824 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 237 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13195  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.433482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37000  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  44.4 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.559047 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 		 237 aa  139  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.998256 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7169  short chain dehydrogenase  40.72 
 
 		 238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.169085  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0292  short chain dehydrogenase  37.33 
 
 		 243 aa  132  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.640514  hitchhiker  0.000719162 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2067  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 265 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0338341  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.38 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3502  putative oxidoreductase  34.84 
 
 		 244 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.398353 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1856  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 		 235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.21396  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0209  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 		 244 aa  112  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.665383  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0874  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 254 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 		 314 aa  99  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3255  putative short chain dehydrogenase  31.03 
 
 		 413 aa  97.4  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.695501  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 		 271 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 		 300 aa  96.3  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 		 293 aa  95.5  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  35 
 
 		 283 aa  94.4  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  34.22 
 
 		 272 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.809428  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  35 
 
 		 283 aa  94  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 272 aa  93.6  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 		 268 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 317 aa  93.2  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 		 280 aa  93.2  3e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 		 338 aa  93.2  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5157  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 		 271 aa  92  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 		 418 aa  92  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 		 245 aa  92  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 		 270 aa  91.7  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 250 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  29.78 
 
 		 271 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  34.38 
 
 		 286 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 268 aa  90.5  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.1 
 
 		 256 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.84 
 
 		 270 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 267 aa  89.4  5e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4962  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 290 aa  89  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000187582  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 		 279 aa  89  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 		 275 aa  88.6  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  32.5 
 
 		 271 aa  88.2  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.96 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 		 284 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 268 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 276 aa  87.4  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 		 273 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  30.96 
 
 		 284 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 268 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>