More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3266 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 		 220 aa  447  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 208 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  51.53 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  51.02 
 
 		 229 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  51.02 
 
 		 229 aa  198  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  50.51 
 
 		 229 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  48.04 
 
 		 229 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  47.55 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  44.64 
 
 		 227 aa  185  6e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  47.5 
 
 		 231 aa  181  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 268 aa  176  2e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.2 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 222 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  44.62 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.62 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  39.38 
 
 		 215 aa  145  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.59 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 227 aa  145  6e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 227 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.88 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.41 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 220 aa  134  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 226 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  42.47 
 
 		 211 aa  125  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  40.86 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.27 
 
 		 246 aa  118  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.6 
 
 		 239 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 239 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 237 aa  116  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 262 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  39.13 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  38.71 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  38.46 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 242 aa  108  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.5 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  37.97 
 
 		 250 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.5 
 
 		 242 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.43 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.82 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 249 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 		 254 aa  105  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2037  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441781 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.02 
 
 		 250 aa  104  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 256 aa  104  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40 
 
 		 238 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.35 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.32 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.79 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.05 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.05 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.64 
 
 		 249 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 230 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  35.4 
 
 		 243 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 235 aa  99.4  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.73 
 
 		 250 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  32.63 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3788  transcriptional regulator Anr  31.02 
 
 		 244 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.620164  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44490  transcriptional regulator Anr  31.02 
 
 		 244 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.24 
 
 		 254 aa  95.5  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 263 aa  95.5  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 244 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2378  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.69 
 
 		 248 aa  95.1  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  32.79 
 
 		 244 aa  94.7  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1951  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  26.94 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80493  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  25.76 
 
 		 249 aa  94.4  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.18 
 
 		 250 aa  94.4  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 230 aa  94.4  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0660  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 249 aa  94.4  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0931  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.23 
 
 		 249 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2615  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 244 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00240538  normal  0.855877 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.95 
 
 		 244 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.69 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  29.57 
 
 		 244 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2212  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000942023  normal  0.178468 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.13 
 
 		 250 aa  92.4  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3345  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 247 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.797997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19910  Fnr-like negative transcriptional regulator of CydAB  30.05 
 
 		 244 aa  91.7  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2018  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.46 
 
 		 252 aa  91.7  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  27.18 
 
 		 248 aa  91.7  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  31.79 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 248 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1850  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>