More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1413 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1413  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
185 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.026067  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1393  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  84.53 
 
 
182 aa  328  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4683  putative PAS/PAC sensor protein  86.23 
 
 
173 aa  310  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4662  putative PAS/PAC sensor protein  80.24 
 
 
168 aa  293  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1071  putative PAS/PAC sensor protein  66.07 
 
 
178 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4977  putative PAS/PAC sensor protein  64.5 
 
 
177 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4975  putative PAS/PAC sensor protein  64.88 
 
 
178 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161434  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1312  putative PAS/PAC sensor protein  56.55 
 
 
174 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  0.171791 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.23 
 
 
174 aa  210  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4792  putative PAS/PAC sensor protein  55.36 
 
 
174 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2378  transcriptional regulator  52.91 
 
 
174 aa  205  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4009  PAS  47.4 
 
 
172 aa  181  6e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3464  transcriptional regulator  46.51 
 
 
174 aa  176  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1323  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
165 aa  172  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1204  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
165 aa  172  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0920  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3403  PAS sensor protein  46.11 
 
 
189 aa  170  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.263742  normal  0.531721 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0540  methyl-accepting chemotaxis protein  46.34 
 
 
166 aa  168  5e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1962  methyl-accepting chemotaxis protein  47.24 
 
 
166 aa  167  7e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1233  methyl-accepting chemotaxis protein  46.06 
 
 
166 aa  164  5.9999999999999996e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05500  PAS domain S-box  46.11 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.414164  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0044  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
162 aa  162  3e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0964  putative PAS domain signal transduction sensor protein  47.24 
 
 
163 aa  160  8.000000000000001e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.695373  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1206  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
164 aa  159  2e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1325  methyl-accepting chemotaxis protein  46.63 
 
 
164 aa  159  2e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0735034  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0368  PAS sensor protein  46.88 
 
 
168 aa  159  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2233  putative PAS/PAC sensor protein  46.06 
 
 
177 aa  153  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.17522 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0158  PAS sensor protein  42.94 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00559927  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1223  signal-transduction sensor protein  43.64 
 
 
189 aa  151  5.9999999999999996e-36  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.658782  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1012  methyl-accepting chemotaxis protein  41.51 
 
 
171 aa  140  9.999999999999999e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.63093  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0963  putative PAS domain signal transduction sensor protein  39.88 
 
 
163 aa  138  3.9999999999999997e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.598174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.66 
 
 
515 aa  135  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2525  putative PAS/PAC sensor protein  37.14 
 
 
208 aa  132  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0659487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2812  putative PAS/PAC sensor protein  46.97 
 
 
166 aa  131  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.494423  decreased coverage  0.000000324615 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1521  putative PAS/PAC sensor protein  39.63 
 
 
228 aa  130  7.999999999999999e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.950455  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1888  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.85 
 
 
521 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.378373  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2936  putative PAS/PAC sensor protein  36.9 
 
 
201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178135  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.85 
 
 
521 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1800  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.51 
 
 
521 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.258308  normal  0.504821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2257  aerotaxis receptor Aer-1  46.15 
 
 
521 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.215452  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2577  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.38 
 
 
524 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1648  aerotaxis receptor  41.26 
 
 
521 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1618  chemotaxis sensory transducer  48.48 
 
 
557 aa  125  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.126465 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0729  PAS  48.39 
 
 
945 aa  125  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0635035  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3735  PAS  42.52 
 
 
521 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1522  PAS sensor protein  39.29 
 
 
225 aa  122  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.533099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1520  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.97 
 
 
543 aa  122  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0995  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.03 
 
 
517 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.45 
 
 
566 aa  121  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3813  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.88 
 
 
521 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.629648  normal  0.0156802 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4027  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.09 
 
 
521 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664053  normal  0.0821551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3460  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.77 
 
 
520 aa  121  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4521  aerotaxis receptor, putative  44.09 
 
 
521 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1390  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.09 
 
 
534 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0532  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.97 
 
 
523 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0374128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  46.03 
 
 
1214 aa  120  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24380  aerotaxis receptor Aer  44.8 
 
 
567 aa  120  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0650163  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3109  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.97 
 
 
522 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4269  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.36 
 
 
556 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5601  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.86 
 
 
551 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.510218  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0659  putative PAS/PAC sensor protein  46.88 
 
 
164 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2648  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.65 
 
 
520 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2920  aerotaxis sensor receptor  47.2 
 
 
549 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1294  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.7 
 
 
575 aa  118  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00873235 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2022  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  46.77 
 
 
748 aa  118  6e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1933  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.78 
 
 
598 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0130  PAS sensor protein  45.9 
 
 
451 aa  117  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1871  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  51.28 
 
 
716 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  44.36 
 
 
565 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.57 
 
 
521 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2452  PAS  44.09 
 
 
518 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.952184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3519  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.28 
 
 
514 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1378  putative PAS/PAC sensor protein  32.14 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0064  PAS sensor protein  41.33 
 
 
456 aa  115  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106866  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4658  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  46.88 
 
 
529 aa  115  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1964  putative PAS/PAC sensor protein  38.41 
 
 
229 aa  115  3.9999999999999997e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.705516  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2159  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.97 
 
 
523 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.416992  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0805  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.54 
 
 
511 aa  115  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.84 
 
 
419 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2014  aerotaxis receptor  41.13 
 
 
521 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2113  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  41.73 
 
 
550 aa  114  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1867  chemotaxis sensory transducer  46.46 
 
 
714 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.133032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3406  PAS  43.41 
 
 
521 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.387271  normal  0.671486 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2987  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.35 
 
 
522 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1536  methyl-accepting chemotaxis protein  51.38 
 
 
716 aa  114  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566253  normal  0.284447 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0974  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.84 
 
 
532 aa  114  8.999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1385  methyl-accepting chemotaxis protein  42.74 
 
 
520 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0839  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.07 
 
 
511 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1652  putative PAS/PAC sensor protein  42.74 
 
 
127 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.129926  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2372  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.35 
 
 
579 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2726  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.23 
 
 
538 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2891  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.55 
 
 
522 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4064  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.71 
 
 
529 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3951  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  47.71 
 
 
529 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226395  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  44.17 
 
 
552 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0302709 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06258  hypothetical protein  43.18 
 
 
520 aa  113  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  40 
 
 
522 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.737349  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2808  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  43.55 
 
 
522 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3073  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  39.84 
 
 
522 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2908  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  42.96 
 
 
561 aa  112  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.07018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>