119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0892 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0892  AsmA  100 
 
 		 655 aa  1273    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  81.01 
 
 		 649 aa  932    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  57.39 
 
 		 602 aa  618  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  50.3 
 
 		 640 aa  599  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  46.12 
 
 		 705 aa  568  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  48.92 
 
 		 649 aa  542  1e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  29.5 
 
 		 599 aa  189  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  35.25 
 
 		 677 aa  185  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  30.31 
 
 		 1013 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  27.73 
 
 		 611 aa  163  9e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  32.22 
 
 		 709 aa  146  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  35.58 
 
 		 675 aa  134  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  33.33 
 
 		 660 aa  128  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  33.33 
 
 		 660 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3951  AsmA  24.91 
 
 		 649 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2566  asmA protein  22.85 
 
 		 606 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  24.33 
 
 		 645 aa  114  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  27.55 
 
 		 893 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  25.24 
 
 		 604 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  29.18 
 
 		 648 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  29.57 
 
 		 654 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  22.56 
 
 		 606 aa  104  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  24.62 
 
 		 719 aa  104  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1245  AsmA  23.55 
 
 		 643 aa  103  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.350704  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  28.48 
 
 		 614 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1433  AsmA  28.4 
 
 		 655 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  24.53 
 
 		 703 aa  102  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  22.36 
 
 		 606 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  22.71 
 
 		 606 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  26.85 
 
 		 612 aa  97.8  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  28.13 
 
 		 699 aa  97.8  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  25.19 
 
 		 695 aa  96.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  26.91 
 
 		 608 aa  95.9  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  26.82 
 
 		 607 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1009  hypothetical protein  26.85 
 
 		 656 aa  95.1  4e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  29.55 
 
 		 656 aa  94.7  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  27.69 
 
 		 606 aa  94.4  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  26.79 
 
 		 712 aa  94  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  27.47 
 
 		 611 aa  94  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  28.08 
 
 		 812 aa  92  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  27 
 
 		 607 aa  91.7  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  27 
 
 		 607 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  27.76 
 
 		 606 aa  89.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  25.09 
 
 		 695 aa  89.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  25.72 
 
 		 614 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  28.71 
 
 		 682 aa  85.1  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  26.64 
 
 		 640 aa  84.7  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  27.37 
 
 		 797 aa  82  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  27.74 
 
 		 826 aa  81.6  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  27.47 
 
 		 607 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  20.78 
 
 		 611 aa  80.5  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  29.86 
 
 		 742 aa  77.4  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  28.51 
 
 		 732 aa  74.7  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  30.93 
 
 		 696 aa  74.3  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  25.22 
 
 		 646 aa  73.9  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  21.5 
 
 		 611 aa  71.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  23.42 
 
 		 611 aa  70.9  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3762  AsmA family protein  22.76 
 
 		 654 aa  68.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  21.54 
 
 		 615 aa  68.2  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  26.82 
 
 		 741 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  22.38 
 
 		 604 aa  64.3  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  20.95 
 
 		 617 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  26.05 
 
 		 741 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  20.95 
 
 		 617 aa  63.2  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  22.37 
 
 		 618 aa  63.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  22.18 
 
 		 618 aa  62.4  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  22.18 
 
 		 618 aa  61.6  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  20.73 
 
 		 617 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  22.18 
 
 		 618 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  20.95 
 
 		 617 aa  61.6  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  20.77 
 
 		 617 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  20.77 
 
 		 617 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  20.77 
 
 		 617 aa  60.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  22.18 
 
 		 618 aa  60.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  20.58 
 
 		 617 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  20.58 
 
 		 617 aa  59.3  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  23.28 
 
 		 762 aa  58.9  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  23.37 
 
 		 740 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  23.6 
 
 		 750 aa  57.8  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  26.83 
 
 		 741 aa  57  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  25.57 
 
 		 741 aa  57  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  24.06 
 
 		 747 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  19.69 
 
 		 618 aa  56.2  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  19.69 
 
 		 618 aa  56.2  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  19.69 
 
 		 618 aa  56.2  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5855  AsmA family protein  30.59 
 
 		 580 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1199  putative assembly protein  19.89 
 
 		 599 aa  56.2  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0883  AsmA  24.81 
 
 		 664 aa  55.5  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0924  AsmA family protein  26.32 
 
 		 670 aa  55.8  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4106  AsmA family protein  24.28 
 
 		 669 aa  55.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.850545  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  23.22 
 
 		 750 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1552  AsmA family protein  21.09 
 
 		 645 aa  54.3  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4258  AsmA family protein  23.7 
 
 		 791 aa  54.3  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0521449  normal  0.0888136 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  24.18 
 
 		 701 aa  53.9  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1608  AsmA family protein  21.25 
 
 		 645 aa  53.1  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0438435  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  24.69 
 
 		 745 aa  53.5  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0379  AsmA family protein  23.25 
 
 		 630 aa  53.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0432846  hitchhiker  0.00179462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2673  AsmA family protein  23.53 
 
 		 762 aa  52  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.583753  normal  0.123003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  22.81 
 
 		 748 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0411  AsmA family protein  22.58 
 
 		 630 aa  50.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0513288  hitchhiker  0.0000211549 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>