More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0946 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  87.96 
 
 
382 aa  676  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  99.21 
 
 
406 aa  756  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
382 aa  760  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  70.43 
 
 
382 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  60.27 
 
 
376 aa  447  1e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  60.88 
 
 
375 aa  439  1e-122  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  60.89 
 
 
381 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  41.92 
 
 
380 aa  284  2e-75  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  38.48 
 
 
381 aa  263  6e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  40.84 
 
 
371 aa  259  5e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.06 
 
 
380 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  38.24 
 
 
373 aa  254  2e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.85 
 
 
372 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  41.67 
 
 
365 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  36.75 
 
 
366 aa  245  1e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.24 
 
 
383 aa  243  4e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  39.34 
 
 
376 aa  243  5e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.08 
 
 
397 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 
383 aa  236  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  36.29 
 
 
367 aa  235  8e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  39.32 
 
 
397 aa  234  2e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  37.6 
 
 
365 aa  234  2e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  37.36 
 
 
403 aa  234  2e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  37.07 
 
 
376 aa  234  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  37.67 
 
 
397 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  40.53 
 
 
383 aa  233  4e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  36.86 
 
 
403 aa  233  4e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  38.38 
 
 
379 aa  233  6e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  40 
 
 
397 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  39.59 
 
 
377 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  36.31 
 
 
372 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  38.24 
 
 
396 aa  230  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  37.5 
 
 
372 aa  230  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  36.75 
 
 
394 aa  229  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  38.99 
 
 
376 aa  229  4e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  39.7 
 
 
378 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  36.53 
 
 
368 aa  229  9e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.55433e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 
372 aa  228  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  35.2 
 
 
372 aa  228  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  34.56 
 
 
372 aa  227  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  36.53 
 
 
369 aa  226  5e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  3.71819e-11  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  35.73 
 
 
368 aa  226  6e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.55 
 
 
387 aa  226  6e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.01 
 
 
377 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.01 
 
 
377 aa  226  7e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  37.9 
 
 
394 aa  225  9e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  35.69 
 
 
368 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 
372 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  35.96 
 
 
372 aa  222  1e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  39.88 
 
 
370 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  34.29 
 
 
420 aa  220  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  34.29 
 
 
420 aa  219  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.22 
 
 
370 aa  218  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  37.28 
 
 
382 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.18 
 
 
363 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.18 
 
 
363 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  1.5248e-07 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  31.55 
 
 
372 aa  209  9e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  36.39 
 
 
366 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.31728e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.98 
 
 
365 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 
365 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 
365 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 
365 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 
365 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  38.3 
 
 
365 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.57 
 
 
370 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 
365 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 
365 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 
374 aa  202  7e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  33.92 
 
 
405 aa  202  8e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  32.7 
 
 
373 aa  199  8e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.41 
 
 
365 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  36.41 
 
 
360 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  36.48 
 
 
390 aa  185  9e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  38.11 
 
 
365 aa  184  2e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  38.72 
 
 
365 aa  184  2e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01922  RND efflux membrane fusion protein  35.26 
 
 
318 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  37.57 
 
 
370 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  35.03 
 
 
391 aa  181  3e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  35.03 
 
 
391 aa  181  3e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  34.01 
 
 
361 aa  180  3e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  2.48395e-06  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 
375 aa  179  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 
356 aa  179  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 
368 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 
375 aa  175  1e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 
340 aa  174  3e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  33.63 
 
 
360 aa  174  3e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 
360 aa  173  4e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  33.33 
 
 
375 aa  173  5e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 
360 aa  172  6e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.83 
 
 
360 aa  172  6e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  32.51 
 
 
374 aa  172  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  34.67 
 
 
360 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  7.07575e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  31.62 
 
 
385 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  2.32808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.06 
 
 
368 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 
360 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  1.41161e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 
360 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  33.82 
 
 
361 aa  170  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  33.72 
 
 
360 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  31.53 
 
 
361 aa  169  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  33.85 
 
 
360 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>