97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0412 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  39.07 
 
 		 173 aa  89.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  36.24 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000733414 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0443  hypothetical protein  34.75 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  33.74 
 
 		 173 aa  75.1  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  31.55 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0887  hypothetical protein  35.29 
 
 		 168 aa  74.3  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.102968  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  34.72 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1191  hypothetical protein  31.76 
 
 		 177 aa  71.6  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  37.65 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  33.83 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3186  hypothetical protein  34.33 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5098  hypothetical protein  34.33 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5181  hypothetical protein  34.33 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0229751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  29.8 
 
 		 251 aa  64.7  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  33.08 
 
 		 270 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  33.33 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  31.16 
 
 		 410 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  30 
 
 		 147 aa  58.5  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0096  hypothetical protein  39.78 
 
 		 289 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0551  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  55.1  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2781  hypothetical protein  33.06 
 
 		 291 aa  54.7  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.572225  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 346 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  34.51 
 
 		 1177 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4244  hypothetical protein  29.29 
 
 		 261 aa  53.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  40.22 
 
 		 376 aa  53.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 355 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2215  hypothetical protein  29.33 
 
 		 171 aa  52.8  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00779528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  29.33 
 
 		 378 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  34.74 
 
 		 390 aa  52.4  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2449  protein of unknown function DUF955  29.37 
 
 		 165 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5156  hypothetical protein  32.76 
 
 		 292 aa  51.6  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40571  normal  0.261763 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 283 aa  51.2  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  28.74 
 
 		 255 aa  50.8  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  30.07 
 
 		 359 aa  50.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  28.74 
 
 		 257 aa  50.1  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  33.98 
 
 		 381 aa  49.7  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1373  hypothetical protein  26.49 
 
 		 269 aa  49.3  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0476075  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  33.86 
 
 		 370 aa  49.3  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0733  hypothetical protein  25.65 
 
 		 435 aa  48.5  0.00006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0252542  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0729  hypothetical protein  28.57 
 
 		 435 aa  48.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  28.17 
 
 		 395 aa  47.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  34.31 
 
 		 375 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0204  diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 		 246 aa  47.8  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  26.17 
 
 		 388 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  32.46 
 
 		 1180 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0743  hypothetical protein  28.46 
 
 		 296 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  34.62 
 
 		 393 aa  46.6  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2661  hypothetical protein  26.77 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  33.72 
 
 		 352 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  40.28 
 
 		 416 aa  47  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4660  hypothetical protein  36 
 
 		 289 aa  47  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2613  hypothetical protein  26.77 
 
 		 216 aa  46.2  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.277347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2853  hypothetical protein  27.48 
 
 		 216 aa  45.4  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.14989  normal  0.354963 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  33.33 
 
 		 169 aa  45.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0395  hypothetical protein  30.83 
 
 		 289 aa  45.1  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.361684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4791  hypothetical protein  27.1 
 
 		 254 aa  45.1  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  38.71 
 
 		 362 aa  44.7  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0651  hypothetical protein  30.69 
 
 		 215 aa  44.7  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  29.03 
 
 		 357 aa  44.7  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2659  hypothetical protein  27.06 
 
 		 425 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00418802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 352 aa  43.9  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03130  predicted Zn peptidase  32.38 
 
 		 387 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  33.65 
 
 		 129 aa  44.7  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  32.03 
 
 		 302 aa  43.5  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0277  hypothetical protein  31.53 
 
 		 248 aa  43.5  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000415699  normal  0.688868 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0986  neutral zinc metallopeptidase  30.2 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000837307  unclonable  0.00000139166 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2203  hypothetical protein  34.52 
 
 		 282 aa  43.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655138  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2296  hypothetical protein  28.44 
 
 		 307 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  32.98 
 
 		 391 aa  43.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2705  protein of unknown function DUF955  34.04 
 
 		 186 aa  43.5  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000214852  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2878  hypothetical protein  28.37 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0229  hypothetical protein  28.37 
 
 		 271 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6832  protein of unknown function DUF955  29.32 
 
 		 257 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000166978  normal  0.022054 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1901  hypothetical protein  25.39 
 
 		 303 aa  43.5  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.5009200000000003e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  32.98 
 
 		 391 aa  43.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1743  hypothetical protein  25.98 
 
 		 236 aa  43.5  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000786691  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  29.53 
 
 		 272 aa  43.1  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0909  hypothetical protein  23.39 
 
 		 221 aa  42.7  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0915  hypothetical protein  27.5 
 
 		 341 aa  43.1  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.938831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1348  hypothetical protein  27.5 
 
 		 142 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  34.38 
 
 		 383 aa  42.4  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4678  protein of unknown function DUF955  26.38 
 
 		 184 aa  42.7  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  30.94 
 
 		 269 aa  42.4  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0024  hypothetical protein  27.74 
 
 		 295 aa  42  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.199018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  29.59 
 
 		 255 aa  42  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  26.17 
 
 		 399 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  29.59 
 
 		 255 aa  42  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  30 
 
 		 400 aa  41.6  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.48 
 
 		 366 aa  42  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  30 
 
 		 399 aa  41.6  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  26.83 
 
 		 401 aa  41.6  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 410 aa  41.2  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0609  protein of unknown function DUF955  26.81 
 
 		 454 aa  41.6  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0947915  normal  0.804601 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  34.58 
 
 		 377 aa  41.2  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  30 
 
 		 404 aa  41.2  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  28.71 
 
 		 355 aa  41.2  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>