More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4188 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1180 aa  2367    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  75.44 
 
 
1177 aa  1735    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  29.9 
 
 
1143 aa  335  2e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  30.03 
 
 
1141 aa  335  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 
1142 aa  306  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  31.96 
 
 
1112 aa  300  8e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  37.45 
 
 
1143 aa  244  9e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.61 
 
 
831 aa  235  4.0000000000000004e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.68 
 
 
857 aa  232  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  29 
 
 
1019 aa  231  6e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.32 
 
 
729 aa  231  8e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.58 
 
 
715 aa  226  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.08 
 
 
833 aa  226  3e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  30.99 
 
 
742 aa  225  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.68 
 
 
718 aa  224  6e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.97 
 
 
773 aa  223  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.82 
 
 
732 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 
724 aa  224  9.999999999999999e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.36 
 
 
837 aa  222  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  28.67 
 
 
765 aa  222  3.9999999999999997e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.64 
 
 
858 aa  221  6e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.89 
 
 
763 aa  221  7.999999999999999e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.96 
 
 
829 aa  219  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 
735 aa  219  2.9999999999999998e-55  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.97 
 
 
806 aa  218  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.03 
 
 
830 aa  218  4e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  30.34 
 
 
706 aa  218  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.07 
 
 
765 aa  217  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  27.97 
 
 
739 aa  217  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.56 
 
 
851 aa  215  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.69 
 
 
755 aa  215  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 
787 aa  215  4.9999999999999996e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.75 
 
 
858 aa  215  4.9999999999999996e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.6 
 
 
785 aa  215  4.9999999999999996e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.51 
 
 
786 aa  214  5.999999999999999e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  28.19 
 
 
741 aa  214  7e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.29 
 
 
745 aa  214  9e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.09 
 
 
753 aa  214  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.05 
 
 
838 aa  213  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.06 
 
 
753 aa  214  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 
751 aa  213  1e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 
747 aa  213  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  26.95 
 
 
751 aa  213  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1415  DNA helicase II  29.32 
 
 
743 aa  213  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 
747 aa  213  2e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.37 
 
 
802 aa  213  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  25.53 
 
 
666 aa  213  2e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0674  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.11 
 
 
734 aa  213  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.15 
 
 
795 aa  213  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  26.95 
 
 
753 aa  212  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.32 
 
 
625 aa  212  3e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  31.22 
 
 
726 aa  212  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.95 
 
 
751 aa  212  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.4 
 
 
671 aa  211  7e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.81 
 
 
751 aa  210  1e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.81 
 
 
747 aa  210  1e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.63 
 
 
766 aa  210  1e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.13 
 
 
737 aa  209  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.83 
 
 
741 aa  209  2e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 
742 aa  209  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  29.31 
 
 
771 aa  210  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.53 
 
 
725 aa  209  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1202  UvrD/REP helicase  27.65 
 
 
1112 aa  209  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 
743 aa  210  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.31 
 
 
748 aa  209  2e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
786 aa  210  2e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.07 
 
 
781 aa  209  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.43 
 
 
828 aa  209  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.23 
 
 
741 aa  209  3e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0142  UvrD/REP helicase  29.68 
 
 
751 aa  209  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.750575  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.14 
 
 
730 aa  208  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.57 
 
 
754 aa  208  6e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  29.81 
 
 
685 aa  207  8e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 
757 aa  207  1e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.49 
 
 
1016 aa  206  1e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 
794 aa  207  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5824  UvrD/REP helicase  29.8 
 
 
1052 aa  206  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.101502 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.59 
 
 
730 aa  206  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.59 
 
 
730 aa  206  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  26.7 
 
 
668 aa  205  4e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 
707 aa  205  4e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.09 
 
 
673 aa  205  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.25 
 
 
751 aa  205  5e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  28.71 
 
 
678 aa  204  6e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  29.02 
 
 
762 aa  204  8e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 
729 aa  204  9e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  28.59 
 
 
723 aa  204  9.999999999999999e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.47 
 
 
762 aa  204  9.999999999999999e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 
735 aa  203  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  27.99 
 
 
741 aa  204  9.999999999999999e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 
769 aa  203  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.08 
 
 
781 aa  203  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00076  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.39 
 
 
671 aa  203  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  30.84 
 
 
671 aa  203  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.05 
 
 
817 aa  202  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  25.75 
 
 
677 aa  202  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  28.59 
 
 
723 aa  202  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  29.19 
 
 
1128 aa  202  3e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  30.71 
 
 
671 aa  202  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1325  UvrD/REP helicase  27.41 
 
 
678 aa  202  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00634324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>