More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3547 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
477 aa  914    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  67.71 
 
 
475 aa  553  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2826  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61 
 
 
475 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.349908  normal  0.4485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2315  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  61 
 
 
475 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  50.95 
 
 
520 aa  371  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  44.95 
 
 
479 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.54 
 
 
489 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3706  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.28 
 
 
498 aa  319  6e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0175295 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.17 
 
 
493 aa  314  2.9999999999999996e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.74 
 
 
486 aa  293  5e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.68 
 
 
497 aa  288  1e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  38.07 
 
 
503 aa  287  4e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.1 
 
 
502 aa  286  8e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.3 
 
 
483 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.61 
 
 
491 aa  278  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  38.12 
 
 
479 aa  277  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.59 
 
 
492 aa  276  6e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  36.99 
 
 
512 aa  276  7e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  37.76 
 
 
479 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.18 
 
 
501 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  38.24 
 
 
504 aa  272  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.92 
 
 
494 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.8 
 
 
518 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.96 
 
 
509 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.54 
 
 
520 aa  262  8e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.39 
 
 
483 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.04 
 
 
493 aa  258  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.55 
 
 
482 aa  249  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.6 
 
 
525 aa  249  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.84 
 
 
483 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.1 
 
 
515 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.94 
 
 
569 aa  243  3.9999999999999997e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.93 
 
 
513 aa  242  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.73 
 
 
512 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.59 
 
 
529 aa  237  4e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  36.54 
 
 
470 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.76 
 
 
495 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.86 
 
 
546 aa  233  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.83 
 
 
500 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.76 
 
 
517 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  32.21 
 
 
479 aa  230  3e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.54 
 
 
517 aa  231  3e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  32 
 
 
489 aa  230  4e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.44 
 
 
547 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.73 
 
 
519 aa  230  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.68 
 
 
473 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.72 
 
 
514 aa  227  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.4 
 
 
518 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.67 
 
 
496 aa  226  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.67 
 
 
496 aa  226  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2152  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.64 
 
 
503 aa  226  8e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.16 
 
 
531 aa  226  8e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  38.77 
 
 
499 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.63 
 
 
483 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.22 
 
 
483 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
495 aa  223  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.05 
 
 
541 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.1 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.1 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.01 
 
 
495 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.1 
 
 
495 aa  221  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.68 
 
 
457 aa  218  1e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.64 
 
 
533 aa  219  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.67 
 
 
521 aa  217  5e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.88 
 
 
484 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.88 
 
 
484 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.84 
 
 
494 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.68 
 
 
512 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.67 
 
 
532 aa  213  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.7 
 
 
479 aa  213  7e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.31 
 
 
491 aa  211  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.25 
 
 
526 aa  210  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  37.68 
 
 
480 aa  209  9e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
496 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  33.33 
 
 
558 aa  208  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  37.05 
 
 
465 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
538 aa  207  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.39 
 
 
473 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.75 
 
 
504 aa  207  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.47 
 
 
465 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.83 
 
 
501 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
560 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  35.19 
 
 
565 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.61 
 
 
482 aa  205  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  35.19 
 
 
569 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  35.19 
 
 
569 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.48 
 
 
561 aa  204  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
487 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.29 
 
 
561 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.14 
 
 
486 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.07 
 
 
495 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.9 
 
 
486 aa  201  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.29 
 
 
477 aa  199  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.2 
 
 
490 aa  199  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  36.97 
 
 
487 aa  199  9e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.97 
 
 
511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.85 
 
 
462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1627  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.47 
 
 
538 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.8 
 
 
471 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  35.49 
 
 
486 aa  197  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>