59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1988 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_1988  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  100 
 
 		 323 aa  647    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  0.436452 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1992  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  77.6 
 
 		 336 aa  461  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.303251 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  45 
 
 		 1621 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  40.23 
 
 		 1245 aa  77  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  31.09 
 
 		 1162 aa  73.6  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  36.36 
 
 		 1273 aa  72.4  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  39.19 
 
 		 1482 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  29.81 
 
 		 1454 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  24.29 
 
 		 945 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  24.77 
 
 		 806 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  35.38 
 
 		 1359 aa  63.9  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  23.53 
 
 		 822 aa  63.9  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  34.62 
 
 		 1247 aa  60.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  29.35 
 
 		 888 aa  60.8  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  23.56 
 
 		 1057 aa  60.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  23.76 
 
 		 937 aa  59.7  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  25.35 
 
 		 946 aa  59.3  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  42.86 
 
 		 1135 aa  58.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  25.53 
 
 		 895 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  31.08 
 
 		 957 aa  55.8  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  26.97 
 
 		 819 aa  55.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2837  hypothetical protein  41.82 
 
 		 1149 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00137938  hitchhiker  0.00529506 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1616  hypothetical protein  41.82 
 
 		 1148 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000783547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  34.33 
 
 		 914 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2760  hypothetical protein  41.82 
 
 		 1143 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000120005  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2743  hypothetical protein  41.82 
 
 		 1147 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000711361  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  39.66 
 
 		 1761 aa  55.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  40 
 
 		 1115 aa  53.1  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  40 
 
 		 1124 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  39.29 
 
 		 1110 aa  53.1  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  40 
 
 		 1129 aa  53.1  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  39.29 
 
 		 1097 aa  53.1  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  23.41 
 
 		 927 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  29.11 
 
 		 1408 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  40.38 
 
 		 948 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  40.38 
 
 		 947 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  38.81 
 
 		 744 aa  49.7  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.31 
 
 		 931 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  22.98 
 
 		 924 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3355  hypothetical protein  36.21 
 
 		 307 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  23.7 
 
 		 883 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  22.33 
 
 		 911 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  22.33 
 
 		 911 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  29.63 
 
 		 969 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  29.63 
 
 		 968 aa  45.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3494  hypothetical protein  32.2 
 
 		 386 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0458  hypothetical protein  32.2 
 
 		 384 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  35.19 
 
 		 681 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  29.63 
 
 		 962 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  22.59 
 
 		 640 aa  43.9  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  22.55 
 
 		 640 aa  43.5  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  36.36 
 
 		 683 aa  43.9  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  28.17 
 
 		 870 aa  43.5  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  23.19 
 
 		 896 aa  43.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  26.87 
 
 		 1036 aa  43.1  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  25.23 
 
 		 912 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3671  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 391 aa  43.1  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.78 
 
 		 458 aa  43.1  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  32.73 
 
 		 673 aa  42.7  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>