More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3421 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 154 aa  314  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  88.31 
 
 		 154 aa  281  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 76 aa  94.4  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00126  predicted transcriptional regulator  53.52 
 
 		 283 aa  78.2  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4798  hypothetical protein  52.94 
 
 		 72 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.862286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3768  hypothetical protein  48 
 
 		 326 aa  75.1  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.689278  normal  0.921006 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 230 aa  73.2  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 78 aa  73.6  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 72 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 77 aa  71.2  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 76 aa  65.5  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  43.48 
 
 		 75 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 70 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 79 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 78 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  45.9 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  45.9 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 77 aa  57  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  45 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0800  helix-turn-helix domain protein  31.34 
 
 		 192 aa  55.1  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.860069  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  40 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  45 
 
 		 196 aa  53.1  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 68 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.67 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 79 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 76 aa  51.6  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 76 aa  51.2  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35.05 
 
 		 129 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 105 aa  51.2  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 256 aa  51.2  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 197 aa  50.8  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  36.11 
 
 		 107 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 91 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 151 aa  50.4  0.000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  41.43 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  41.43 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 212 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 90 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  39.39 
 
 		 70 aa  50.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 84 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 190 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 57 aa  48.9  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  48.08 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 193 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 209 aa  49.7  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 74 aa  49.7  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  34.72 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 207 aa  48.9  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  35.19 
 
 		 178 aa  48.9  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 207 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  41.27 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>