More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4478 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 297 aa  394  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1107  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 297 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1746  HTH-type transcriptional regulator  58.02 
 
 		 297 aa  331  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.747991 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  58.05 
 
 		 300 aa  312  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 301 aa  242  7e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  44.84 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 308 aa  215  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 293 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 293 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  40.29 
 
 		 303 aa  208  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 300 aa  205  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 293 aa  205  9e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 339 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 318 aa  202  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 329 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 319 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  198  7.999999999999999e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  38.46 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  39.11 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 		 295 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 316 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  41.9 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 314 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 319 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.1 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 295 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  31.72 
 
 		 289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 324 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  32.54 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  33.45 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 332 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 315 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>