More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3101 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  78.28 
 
 
471 aa  712  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  94.62 
 
 
465 aa  859  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  100 
 
 
465 aa  918  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  75.11 
 
 
462 aa  674  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  78.8 
 
 
473 aa  741  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  77.63 
 
 
471 aa  706  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  79.31 
 
 
471 aa  696  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  77.63 
 
 
471 aa  707  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  77.04 
 
 
472 aa  634  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  76.38 
 
 
472 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.22 
 
 
482 aa  402  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.11 
 
 
473 aa  400  1e-110  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  43.13 
 
 
470 aa  313  4e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.86 
 
 
460 aa  295  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  39.82 
 
 
503 aa  284  2e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  39.2 
 
 
480 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  39.06 
 
 
487 aa  272  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  40.21 
 
 
499 aa  271  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  37.1 
 
 
512 aa  271  2e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  36.25 
 
 
479 aa  269  6e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.53 
 
 
479 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.7 
 
 
494 aa  262  8e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.41 
 
 
501 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  36.82 
 
 
479 aa  259  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.8 
 
 
497 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.15 
 
 
489 aa  255  1e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.06 
 
 
496 aa  255  1e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.703187  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.12 
 
 
489 aa  253  4e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.83 
 
 
503 aa  252  8e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.83 
 
 
503 aa  252  8e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  33.12 
 
 
479 aa  252  9e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.83 
 
 
503 aa  251  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  34.66 
 
 
496 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  38.58 
 
 
479 aa  246  8e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.06 
 
 
507 aa  244  2e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.66 
 
 
486 aa  244  2e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.96 
 
 
504 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.16 
 
 
529 aa  243  4e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.59 
 
 
491 aa  243  4e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.51 
 
 
509 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.05 
 
 
495 aa  243  7e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.03 
 
 
483 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.7 
 
 
493 aa  239  5e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.49 
 
 
502 aa  239  7e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.68 
 
 
495 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.02 
 
 
493 aa  239  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.68 
 
 
495 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.94 
 
 
493 aa  239  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.69 
 
 
483 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.14 
 
 
473 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  36.56 
 
 
491 aa  236  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.9 
 
 
483 aa  234  2e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  34.78 
 
 
477 aa  233  5e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.57 
 
 
477 aa  233  5e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.12 
 
 
520 aa  233  8e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.62 
 
 
499 aa  232  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.98 
 
 
483 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.59 
 
 
499 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.79 
 
 
495 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
531 aa  230  5e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.38 
 
 
499 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.8 
 
 
508 aa  229  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.48 
 
 
518 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.07 
 
 
538 aa  228  1e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
525 aa  227  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.12 
 
 
494 aa  226  5e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  1.21747e-09 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.61 
 
 
502 aa  224  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
484 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.75 
 
 
569 aa  224  4e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
541 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  36.38 
 
 
512 aa  223  5e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
500 aa  223  5e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32 
 
 
558 aa  223  5e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000656  putative outer membrane protein  32.12 
 
 
500 aa  223  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
533 aa  223  6e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1626  putative outer membrane efflux protein  37.36 
 
 
495 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  33.66 
 
 
547 aa  223  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
495 aa  222  1e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.99 
 
 
495 aa  222  1e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.99 
 
 
495 aa  222  1e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.15 
 
 
490 aa  221  1e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.19 
 
 
484 aa  221  2e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
457 aa  221  3e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
495 aa  220  4e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
501 aa  220  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.24 
 
 
483 aa  220  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.11 
 
 
511 aa  219  6e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
493 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  34.36 
 
 
510 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.18 
 
 
486 aa  219  8e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.05 
 
 
517 aa  219  9e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.69 
 
 
492 aa  218  1e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.93 
 
 
517 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.36 
 
 
517 aa  219  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3212  putative outer membrane protein  30.67 
 
 
494 aa  219  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.99 
 
 
501 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.62 
 
 
496 aa  217  3e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.52 
 
 
470 aa  218  3e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.63 
 
 
521 aa  217  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.54 
 
 
487 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>