294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3021 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.9 
 
 		 883 aa  781    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  47.3 
 
 		 875 aa  768    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  43.34 
 
 		 853 aa  651    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  43.12 
 
 		 853 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.91 
 
 		 863 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  43 
 
 		 853 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  46.06 
 
 		 854 aa  736    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  46.06 
 
 		 854 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.33 
 
 		 929 aa  747    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.89 
 
 		 887 aa  770    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  69.37 
 
 		 872 aa  1140    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  43 
 
 		 853 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  47.64 
 
 		 883 aa  782    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  100 
 
 		 868 aa  1748    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  43.23 
 
 		 853 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.6 
 
 		 850 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.93 
 
 		 864 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  40.14 
 
 		 901 aa  564  1.0000000000000001e-159  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.4 
 
 		 866 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.14 
 
 		 901 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.69 
 
 		 861 aa  560  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.39 
 
 		 850 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.53 
 
 		 872 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.9 
 
 		 852 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.38 
 
 		 866 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.23 
 
 		 867 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.1 
 
 		 1040 aa  522  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  39.25 
 
 		 870 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.25 
 
 		 870 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.74 
 
 		 851 aa  516  1.0000000000000001e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.33 
 
 		 930 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.48 
 
 		 852 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.7 
 
 		 880 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  36.74 
 
 		 913 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  36.74 
 
 		 914 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.32 
 
 		 856 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.5 
 
 		 884 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.58 
 
 		 886 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  36.63 
 
 		 914 aa  505  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.62 
 
 		 963 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  36.32 
 
 		 939 aa  502  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  37.02 
 
 		 844 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  37.37 
 
 		 842 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.99 
 
 		 880 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.55 
 
 		 876 aa  435  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.18 
 
 		 871 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.59 
 
 		 877 aa  433  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.55 
 
 		 819 aa  432  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.98 
 
 		 866 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  33.71 
 
 		 866 aa  425  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  33.71 
 
 		 866 aa  425  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.71 
 
 		 866 aa  426  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  33.83 
 
 		 866 aa  424  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  33.6 
 
 		 866 aa  420  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.9 
 
 		 866 aa  421  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  33.56 
 
 		 870 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  33.49 
 
 		 870 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.89 
 
 		 828 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  33.56 
 
 		 870 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  33.45 
 
 		 870 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  33.45 
 
 		 870 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  32.14 
 
 		 878 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 873 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  32.27 
 
 		 878 aa  412  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.14 
 
 		 878 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  32.35 
 
 		 863 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 888 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.3 
 
 		 839 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 888 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  32.14 
 
 		 878 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  35.61 
 
 		 839 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 888 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.9 
 
 		 851 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.63 
 
 		 837 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  32.25 
 
 		 856 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  31.9 
 
 		 869 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  33.1 
 
 		 888 aa  405  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.08 
 
 		 867 aa  403  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  31.79 
 
 		 869 aa  403  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  32.01 
 
 		 869 aa  405  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  31.9 
 
 		 869 aa  405  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.23 
 
 		 875 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  31.9 
 
 		 869 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.23 
 
 		 875 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.01 
 
 		 869 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  32.02 
 
 		 866 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.36 
 
 		 865 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  31.66 
 
 		 833 aa  399  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.78 
 
 		 890 aa  401  9.999999999999999e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  33.29 
 
 		 839 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  32.02 
 
 		 861 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  31.71 
 
 		 871 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  32.77 
 
 		 809 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.28 
 
 		 844 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  32.77 
 
 		 809 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  32.77 
 
 		 809 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  32.13 
 
 		 866 aa  399  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  32.77 
 
 		 809 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  33.71 
 
 		 866 aa  395  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 		 840 aa  393  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>