202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2025 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1557  nuclease SbcCD, D subunit  97.82 
 
 		 412 aa  812    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.436101  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2025  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 412 aa  827    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  77.54 
 
 		 414 aa  644    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3717  nuclease SbcCD, D subunit  99.27 
 
 		 412 aa  825    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1585  nuclease SbcCD, D subunit  93.45 
 
 		 412 aa  778    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583238  hitchhiker  0.000717764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3765  exonuclease SbcD  75.6 
 
 		 414 aa  634  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0831731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1715  exonuclease SbcD  75.6 
 
 		 414 aa  634  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.425872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  67.23 
 
 		 409 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  67.48 
 
 		 409 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1150  exodeoxyribonuclease I subunit D  56.57 
 
 		 418 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4885  nuclease SbcCD, D subunit  36.28 
 
 		 414 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.158027  normal  0.788581 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1822  nuclease SbcCD, D subunit  38.22 
 
 		 467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.449676  normal  0.314842 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0468  nuclease SbcCD, D subunit  40.34 
 
 		 417 aa  279  5e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0434  exodeoxyribonuclease I subunit D  40.72 
 
 		 428 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0609998  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0463  nuclease SbcCD, D subunit  40.87 
 
 		 419 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.165432  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  39.13 
 
 		 407 aa  267  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  34.84 
 
 		 425 aa  210  5e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  35.82 
 
 		 423 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  37.01 
 
 		 404 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  34.58 
 
 		 415 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  37.71 
 
 		 406 aa  196  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  35.57 
 
 		 414 aa  196  8.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  34.17 
 
 		 515 aa  195  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  36.31 
 
 		 415 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  34 
 
 		 415 aa  194  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  39.4 
 
 		 506 aa  193  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  31.62 
 
 		 414 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  32.91 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1319  nuclease SbcCD, D subunit  33.6 
 
 		 411 aa  189  9e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1302  exonuclease subunit SbcD  32.54 
 
 		 408 aa  188  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.315565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  35.73 
 
 		 425 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  34.34 
 
 		 442 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0203  nuclease SbcCD, D subunit  34.72 
 
 		 409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.738096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1731  exonuclease  33.1 
 
 		 408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1371  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.42 
 
 		 416 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  34.5 
 
 		 414 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  34.5 
 
 		 414 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  34.5 
 
 		 414 aa  183  5.0000000000000004e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  35.1 
 
 		 410 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0567  nuclease SbcCD, D subunit  34.6 
 
 		 414 aa  182  9.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.152201  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0703  exonuclease SbcD  33.42 
 
 		 418 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  34.47 
 
 		 410 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  35.01 
 
 		 410 aa  180  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  32.09 
 
 		 412 aa  180  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3442  exonuclease subunit SbcD  30.41 
 
 		 483 aa  179  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  33.76 
 
 		 400 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  33.59 
 
 		 400 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  33.59 
 
 		 400 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  33.59 
 
 		 400 aa  176  6e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1100  nuclease SbcCD, D subunit  35.92 
 
 		 537 aa  176  7e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1979  nuclease SbcCD, D subunit  31.31 
 
 		 409 aa  176  8e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2541  nuclease SbcCD, D subunit  30 
 
 		 498 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  32.21 
 
 		 408 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2569  nuclease SbcCD, D subunit  30.47 
 
 		 410 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  33.24 
 
 		 401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  33.43 
 
 		 400 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  34.17 
 
 		 400 aa  166  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  33.43 
 
 		 400 aa  166  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1159  nuclease SbcCD, D subunit  30.47 
 
 		 410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.067261  normal  0.815946 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  33.15 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1064  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.16 
 
 		 528 aa  164  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1398  nuclease SbcCD, D subunit  35.34 
 
 		 517 aa  163  6e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  32.87 
 
 		 400 aa  162  9e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  35.49 
 
 		 406 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  31.82 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  33.45 
 
 		 392 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  35.66 
 
 		 393 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  33.65 
 
 		 390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  35.2 
 
 		 392 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.57 
 
 		 381 aa  137  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  32.91 
 
 		 381 aa  136  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  35.49 
 
 		 390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  36.97 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  31.91 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  29.3 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  36.3 
 
 		 389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.43 
 
 		 418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  34.13 
 
 		 366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  31.91 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  31.61 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  34.01 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  31.61 
 
 		 385 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 380 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  32.83 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  34.06 
 
 		 379 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  31.7 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  30.35 
 
 		 381 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  34.25 
 
 		 400 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  33.64 
 
 		 381 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>