More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3964 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.8 
 
 		 607 aa  743    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  80.43 
 
 		 611 aa  1040    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  80.59 
 
 		 611 aa  1042    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.31 
 
 		 603 aa  693    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.26 
 
 		 599 aa  669    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.43 
 
 		 611 aa  1040    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.83 
 
 		 615 aa  651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.76 
 
 		 609 aa  1044    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4241  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.83 
 
 		 607 aa  746    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  66.33 
 
 		 620 aa  839    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0218  ATP-dependent DNA helicase RecQ  86.07 
 
 		 610 aa  1093    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00196  ATP-dependent DNA helicase  54.81 
 
 		 613 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.26 
 
 		 615 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0224  ATP-dependent DNA helicase RecQ  65.03 
 
 		 611 aa  818    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.28 
 
 		 608 aa  735    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0555  ATP-dependent DNA helicase RecQ  86.07 
 
 		 610 aa  1093    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.8 
 
 		 607 aa  744    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.8 
 
 		 607 aa  743    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.18 
 
 		 596 aa  678    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.09 
 
 		 610 aa  737    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.1 
 
 		 615 aa  1033    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.4 
 
 		 601 aa  690    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4296  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.12 
 
 		 715 aa  677    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0839194  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.26 
 
 		 615 aa  1037    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.1 
 
 		 615 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00344  ATP-dependent DNA helicase RecQ  64.97 
 
 		 625 aa  819    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  98.68 
 
 		 608 aa  1248    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  84.26 
 
 		 614 aa  1078    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  87.64 
 
 		 607 aa  1129    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.26 
 
 		 615 aa  1035    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  87.29 
 
 		 599 aa  1104    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  80.59 
 
 		 609 aa  1042    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  100 
 
 		 608 aa  1258    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.87 
 
 		 613 aa  738    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.59 
 
 		 611 aa  1042    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.4 
 
 		 607 aa  734    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1604  ATP-dependent DNA helicase  54.79 
 
 		 601 aa  667    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  65.31 
 
 		 611 aa  828    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0252  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.71 
 
 		 602 aa  657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.76 
 
 		 609 aa  1042    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.49 
 
 		 607 aa  747    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0579  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.96 
 
 		 601 aa  668    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  79.77 
 
 		 609 aa  1035    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1711  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.74 
 
 		 624 aa  778    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.63 
 
 		 607 aa  749    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.45 
 
 		 607 aa  743    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.43 
 
 		 615 aa  730    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3998  ATP-dependent DNA helicase RecQ  86.26 
 
 		 597 aa  1073    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0373347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.76 
 
 		 609 aa  1042    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.31 
 
 		 607 aa  745    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.02 
 
 		 599 aa  689    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.63 
 
 		 607 aa  746    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.01 
 
 		 714 aa  643    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.39 
 
 		 607 aa  744    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.3 
 
 		 607 aa  741    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0199  ATP-dependent DNA helicase RecQ  59.32 
 
 		 602 aa  740    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  80.76 
 
 		 609 aa  1044    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1996  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.01 
 
 		 629 aa  623  1e-177  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0930  hypothetical protein  50.08 
 
 		 608 aa  597  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0899  hypothetical protein  49.92 
 
 		 608 aa  594  1e-168  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1931  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.83 
 
 		 711 aa  587  1e-166  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.161576  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.43 
 
 		 715 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.43 
 
 		 715 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.75 
 
 		 715 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48 
 
 		 714 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4306  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.74 
 
 		 607 aa  569  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.99 
 
 		 709 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.22 
 
 		 633 aa  565  1e-160  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.05 
 
 		 710 aa  565  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.67 
 
 		 712 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.25 
 
 		 711 aa  568  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  47.99 
 
 		 709 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.13 
 
 		 622 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1868  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.24 
 
 		 719 aa  560  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.82 
 
 		 709 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0913  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.74 
 
 		 617 aa  559  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.631203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.13 
 
 		 621 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3103  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.15 
 
 		 601 aa  559  1e-158  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.69477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.65 
 
 		 705 aa  558  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0734  ATP-dependent DNA helicase  48.98 
 
 		 600 aa  559  1e-158  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0870  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.32 
 
 		 611 aa  559  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0649  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.98 
 
 		 600 aa  560  1e-158  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0299  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.57 
 
 		 609 aa  557  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.236448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0839  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.93 
 
 		 626 aa  555  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.305009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32800  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.47 
 
 		 707 aa  556  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1438  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.15 
 
 		 625 aa  558  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.13 
 
 		 707 aa  554  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3877  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 717 aa  554  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0896  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.24 
 
 		 598 aa  549  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2446  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.67 
 
 		 739 aa  550  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.772322  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.39 
 
 		 598 aa  550  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1489  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.14 
 
 		 603 aa  545  1e-154  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536233  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.32 
 
 		 599 aa  547  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.833511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0153  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.38 
 
 		 633 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6924  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.74 
 
 		 625 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.286849 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.9 
 
 		 709 aa  545  1e-153  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0061  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.64 
 
 		 647 aa  545  1e-153  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.73 
 
 		 709 aa  545  1e-153  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0170  ATP-dependent DNA helicase RecQ  47.21 
 
 		 633 aa  538  9.999999999999999e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.98 
 
 		 731 aa  538  9.999999999999999e-153  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>