More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0033 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
412 aa  837  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  86.97 
 
 
351 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  85.76 
 
 
368 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  87.42 
 
 
366 aa  581  1e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  84.59 
 
 
366 aa  580  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  86.71 
 
 
387 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  86.42 
 
 
358 aa  570  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  64.29 
 
 
342 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  57.38 
 
 
354 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  62.15 
 
 
335 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  60.13 
 
 
363 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  64.71 
 
 
341 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  63.75 
 
 
341 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  63.75 
 
 
341 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  59.61 
 
 
299 aa  352  7e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 
310 aa  345  7e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  58.25 
 
 
310 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 
300 aa  342  9e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  55.84 
 
 
310 aa  338  1e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  57.14 
 
 
309 aa  335  6e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  55.66 
 
 
324 aa  335  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  55.66 
 
 
324 aa  335  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  55.97 
 
 
324 aa  331  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  53.42 
 
 
312 aa  325  8e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 
320 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  52.04 
 
 
318 aa  315  7e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  57.05 
 
 
307 aa  313  3e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  53.04 
 
 
310 aa  297  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  52.27 
 
 
306 aa  285  1e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  48.18 
 
 
304 aa  275  8e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  49.35 
 
 
308 aa  275  1e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  53.33 
 
 
311 aa  272  8e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
302 aa  266  6e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 
301 aa  252  8e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
301 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 
301 aa  249  5e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45.54 
 
 
301 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
301 aa  248  2e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  39.2 
 
 
296 aa  243  3e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  45.72 
 
 
298 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  44.48 
 
 
324 aa  232  8e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  45.34 
 
 
307 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 
308 aa  224  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.71 
 
 
318 aa  218  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 
305 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  45.21 
 
 
308 aa  217  3e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 
304 aa  213  7e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  40.33 
 
 
305 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
305 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  41.04 
 
 
299 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  39.16 
 
 
312 aa  206  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 
305 aa  205  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  40.71 
 
 
319 aa  203  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  39.67 
 
 
305 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 
324 aa  201  2e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 
324 aa  201  2e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.42 
 
 
324 aa  201  2e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  39.29 
 
 
304 aa  201  2e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.48729e-10  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.26 
 
 
306 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 
305 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
314 aa  199  8e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  1e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  37.26 
 
 
314 aa  198  2e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
314 aa  197  2e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 
304 aa  198  2e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  38.85 
 
 
318 aa  197  2e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  38.41 
 
 
314 aa  198  2e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 
314 aa  197  4e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  38.75 
 
 
314 aa  197  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 
314 aa  197  4e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.94 
 
 
314 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 
314 aa  196  7e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  37.18 
 
 
314 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  37.18 
 
 
314 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.1 
 
 
314 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.62 
 
 
314 aa  195  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 
304 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 
298 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.02 
 
 
304 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 
307 aa  194  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.05 
 
 
344 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  37.83 
 
 
301 aa  192  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 
317 aa  192  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  36.45 
 
 
318 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  37.42 
 
 
302 aa  191  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  37.22 
 
 
308 aa  190  3e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 
309 aa  190  4e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  39.68 
 
 
318 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 
293 aa  189  6e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40.4 
 
 
293 aa  189  6e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  39.1 
 
 
317 aa  189  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  3.01922e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  39.48 
 
 
317 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.42961e-06 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 
309 aa  189  1e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  36.2 
 
 
317 aa  188  2e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.27 
 
 
328 aa  187  3e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>