187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3579 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  61.18 
 
 		 560 aa  651    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  61.85 
 
 		 572 aa  650    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  61.85 
 
 		 562 aa  649    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  100 
 
 		 554 aa  1102    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  63.99 
 
 		 509 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  63.61 
 
 		 422 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  38.05 
 
 		 625 aa  395  1e-109  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  43.25 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  43.25 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  43.25 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  43.25 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  41.61 
 
 		 551 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  36.61 
 
 		 626 aa  351  2e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  37.31 
 
 		 616 aa  350  3e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  39.8 
 
 		 630 aa  350  3e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  37.13 
 
 		 595 aa  349  7e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  38.3 
 
 		 640 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  40.86 
 
 		 548 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  38 
 
 		 640 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  38 
 
 		 640 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  37.52 
 
 		 640 aa  332  8e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  37.5 
 
 		 611 aa  332  1e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  38.09 
 
 		 632 aa  323  6e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  31.17 
 
 		 618 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  31.17 
 
 		 618 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  37.6 
 
 		 547 aa  295  2e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  37.02 
 
 		 541 aa  293  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  37.02 
 
 		 541 aa  293  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  37.02 
 
 		 541 aa  293  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  37.02 
 
 		 541 aa  293  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  36.94 
 
 		 542 aa  286  8e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  35.49 
 
 		 536 aa  286  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  32.29 
 
 		 636 aa  286  9e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  38.75 
 
 		 547 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  39.5 
 
 		 552 aa  266  5e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  38.21 
 
 		 599 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  38.21 
 
 		 599 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  27.54 
 
 		 618 aa  260  4e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  31.13 
 
 		 614 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  34.39 
 
 		 550 aa  244  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  36.03 
 
 		 560 aa  240  5e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  41.94 
 
 		 382 aa  231  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  42.47 
 
 		 497 aa  224  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  36.29 
 
 		 291 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  32.92 
 
 		 652 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  32.92 
 
 		 652 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  32.92 
 
 		 652 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  32.92 
 
 		 677 aa  162  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  29.02 
 
 		 617 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  30.4 
 
 		 617 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  37.25 
 
 		 322 aa  147  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  31.22 
 
 		 649 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0321  TniAdelta1  57.69 
 
 		 168 aa  144  5e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.108284  normal  0.0199822 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  27.49 
 
 		 733 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  27.94 
 
 		 670 aa  134  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  27.65 
 
 		 561 aa  130  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  25.57 
 
 		 558 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  29.02 
 
 		 558 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  32.26 
 
 		 560 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  27.33 
 
 		 902 aa  126  8.000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  27.14 
 
 		 581 aa  124  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  26.77 
 
 		 704 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 		 636 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.51 
 
 		 653 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  26.9 
 
 		 567 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  26.03 
 
 		 902 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.53 
 
 		 555 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  25.47 
 
 		 900 aa  114  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  25.47 
 
 		 900 aa  114  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  23.77 
 
 		 886 aa  113  8.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  25.34 
 
 		 481 aa  110  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  26.35 
 
 		 650 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  26.15 
 
 		 481 aa  109  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 		 810 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  24.84 
 
 		 917 aa  107  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  27.1 
 
 		 785 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  26.44 
 
 		 663 aa  104  4e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  24.42 
 
 		 626 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2334  integrase, catalytic region  50 
 
 		 140 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.812874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  22.41 
 
 		 480 aa  104  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  22.41 
 
 		 480 aa  104  4e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  28.9 
 
 		 782 aa  103  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  26.18 
 
 		 721 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  25.13 
 
 		 644 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  23.5 
 
 		 905 aa  98.2  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  23.5 
 
 		 905 aa  98.2  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  23.5 
 
 		 905 aa  98.2  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  23.5 
 
 		 905 aa  98.2  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  23.5 
 
 		 905 aa  98.2  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  26.12 
 
 		 754 aa  98.6  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06222  hypothetical protein  27.55 
 
 		 300 aa  97.8  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  28.57 
 
 		 497 aa  96.3  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  28.04 
 
 		 468 aa  96.3  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  26.85 
 
 		 710 aa  96.3  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  28.57 
 
 		 497 aa  96.3  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  28.57 
 
 		 497 aa  96.3  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0183  Tn7-like transposition protein B  23.12 
 
 		 730 aa  93.6  9e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  24.23 
 
 		 575 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  24.23 
 
 		 662 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  24.23 
 
 		 662 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>