More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mboo_1256 on replicon NC_009712
Organism: Candidatus Methanoregula boonei 6A8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  100 
 
 		 166 aa  337  5e-92  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  66.05 
 
 		 166 aa  223  7e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  61.25 
 
 		 174 aa  206  8e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  53.46 
 
 		 167 aa  184  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  52.44 
 
 		 169 aa  179  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  45.06 
 
 		 169 aa  162  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  46.63 
 
 		 170 aa  160  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  42.07 
 
 		 170 aa  151  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  43.31 
 
 		 171 aa  148  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  44.71 
 
 		 177 aa  147  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  42.59 
 
 		 170 aa  145  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  45.52 
 
 		 171 aa  144  8.000000000000001e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  46.9 
 
 		 179 aa  142  2e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  44.44 
 
 		 173 aa  140  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  43.4 
 
 		 169 aa  134  7.000000000000001e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  42.68 
 
 		 192 aa  127  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  39.38 
 
 		 182 aa  122  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  40 
 
 		 201 aa  118  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  35.4 
 
 		 167 aa  115  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  37.5 
 
 		 173 aa  114  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  40.62 
 
 		 173 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  39.38 
 
 		 174 aa  111  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  34.36 
 
 		 180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  37.97 
 
 		 196 aa  105  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  36.2 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  33.95 
 
 		 166 aa  103  9e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  40.85 
 
 		 172 aa  102  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  35.19 
 
 		 174 aa  101  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  37.65 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 		 462 aa  101  6e-21  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  37.87 
 
 		 172 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  40.24 
 
 		 172 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  37.75 
 
 		 183 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.04 
 
 		 180 aa  98.6  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  40.37 
 
 		 190 aa  98.6  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  36.81 
 
 		 183 aa  98.6  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 173 aa  98.2  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.8  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.04 
 
 		 172 aa  97.8  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 173 aa  97.4  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 173 aa  97.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 173 aa  97.4  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  35.5 
 
 		 173 aa  97.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.81 
 
 		 173 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.81 
 
 		 225 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 225 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  34.52 
 
 		 179 aa  96.7  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 225 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.81 
 
 		 173 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.59 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.59 
 
 		 175 aa  95.5  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  35.58 
 
 		 176 aa  93.6  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  37.5 
 
 		 172 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 172 aa  92  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  37.13 
 
 		 187 aa  92.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  33.94 
 
 		 207 aa  91.7  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  36.31 
 
 		 163 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.53 
 
 		 187 aa  91.3  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  37.8 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  34.97 
 
 		 165 aa  90.9  6e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  90.9  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000154257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  32.1 
 
 		 182 aa  91.3  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  32.34 
 
 		 180 aa  91.3  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  32.52 
 
 		 173 aa  90.9  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  36.75 
 
 		 177 aa  90.9  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  35.98 
 
 		 172 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.15 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  35.19 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000317623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000225658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000294714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4117  shikimate kinase  32.34 
 
 		 182 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.944295  hitchhiker  0.000000685723 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000040137  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  33.75 
 
 		 170 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  32.92 
 
 		 174 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  30.72 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000358948  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  34.36 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000383652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  34.32 
 
 		 190 aa  89  3e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  34.73 
 
 		 171 aa  89  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000103243  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  35.58 
 
 		 235 aa  89  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  35.58 
 
 		 235 aa  89  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  35.58 
 
 		 235 aa  89  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0472  shikimate kinase  34.97 
 
 		 172 aa  88.6  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0810879  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  35.76 
 
 		 172 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  38.36 
 
 		 172 aa  88.6  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  31.68 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>