284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02013 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  100 
 
 
478 aa  1003    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.86 
 
 
495 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  45.45 
 
 
504 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.7 
 
 
493 aa  368  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  45.15 
 
 
493 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.62 
 
 
517 aa  361  2e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.69 
 
 
504 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.84 
 
 
561 aa  307  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.75 
 
 
505 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
507 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  35.15 
 
 
515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.53 
 
 
493 aa  261  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.51 
 
 
496 aa  249  1e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.9 
 
 
493 aa  248  2e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  32.59 
 
 
498 aa  245  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  32.37 
 
 
498 aa  243  5e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.89 
 
 
526 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.67 
 
 
514 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  33.11 
 
 
503 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.09 
 
 
517 aa  219  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.86 
 
 
389 aa  201  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.19 
 
 
526 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.58 
 
 
488 aa  125  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.9 
 
 
477 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.73 
 
 
497 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.43 
 
 
470 aa  120  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.28 
 
 
431 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.94 
 
 
488 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.73 
 
 
481 aa  117  5e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.84 
 
 
490 aa  113  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.73 
 
 
511 aa  113  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.67 
 
 
493 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.55 
 
 
484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
518 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.43 
 
 
518 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.48 
 
 
505 aa  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.88 
 
 
492 aa  108  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.68 
 
 
499 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.12 
 
 
470 aa  108  2e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.39 
 
 
498 aa  107  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  21.33 
 
 
431 aa  106  8e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.22 
 
 
482 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.13 
 
 
487 aa  106  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.06 
 
 
475 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
434 aa  104  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
492 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.69 
 
 
478 aa  104  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.21 
 
 
497 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.65 
 
 
483 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.1 
 
 
474 aa  103  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.49 
 
 
515 aa  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  23.81 
 
 
434 aa  103  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.77 
 
 
476 aa  103  8e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.05 
 
 
471 aa  103  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  24.95 
 
 
469 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.33 
 
 
481 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.03 
 
 
486 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.54 
 
 
481 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  23.99 
 
 
433 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.13 
 
 
479 aa  100  4e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.11 
 
 
484 aa  100  4e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30 
 
 
449 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.37 
 
 
478 aa  100  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.75 
 
 
519 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.75 
 
 
519 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  23.78 
 
 
488 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.3 
 
 
434 aa  100  5e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.78 
 
 
525 aa  100  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.04 
 
 
486 aa  100  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.74 
 
 
477 aa  100  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  24.5 
 
 
478 aa  100  7e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.4 
 
 
483 aa  100  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  21.85 
 
 
454 aa  99.8  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.51 
 
 
434 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.7 
 
 
501 aa  99.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.96 
 
 
476 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.96 
 
 
469 aa  99.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.22 
 
 
463 aa  99.4  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.91 
 
 
513 aa  99.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.95 
 
 
452 aa  99.4  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.4 
 
 
476 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.61 
 
 
477 aa  99.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  23.53 
 
 
476 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.1 
 
 
438 aa  98.6  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.44 
 
 
477 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.96 
 
 
476 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.24 
 
 
467 aa  99  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.73 
 
 
499 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.52 
 
 
476 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.52 
 
 
476 aa  98.2  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.62 
 
 
483 aa  97.8  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.79 
 
 
487 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.52 
 
 
476 aa  98.2  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
469 aa  98.2  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.67 
 
 
476 aa  98.2  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.79 
 
 
462 aa  97.8  4e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.49 
 
 
493 aa  97.8  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.35 
 
 
504 aa  97.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.25 
 
 
476 aa  97.1  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.71 
 
 
445 aa  96.7  7e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>