265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_6192 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
492 aa  964    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  51.27 
 
 
350 aa  336  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.89 
 
 
517 aa  230  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.66 
 
 
466 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  38.28 
 
 
483 aa  205  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.54 
 
 
484 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.54 
 
 
484 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.84 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.54 
 
 
484 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.18 
 
 
474 aa  197  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.51 
 
 
486 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.71 
 
 
477 aa  194  4e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  37.23 
 
 
517 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.59 
 
 
529 aa  187  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.98 
 
 
486 aa  183  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.84 
 
 
510 aa  176  7e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.01 
 
 
484 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.19 
 
 
479 aa  174  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.04 
 
 
486 aa  174  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.92 
 
 
492 aa  171  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.03 
 
 
497 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.67 
 
 
470 aa  172  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.69 
 
 
480 aa  171  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.92 
 
 
491 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.47 
 
 
484 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.78 
 
 
507 aa  167  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  34.44 
 
 
492 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.92 
 
 
502 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.38 
 
 
470 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.7 
 
 
515 aa  160  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.7 
 
 
515 aa  160  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.06 
 
 
505 aa  159  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  28.7 
 
 
515 aa  159  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.04 
 
 
489 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.7 
 
 
486 aa  157  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.26 
 
 
530 aa  155  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.52 
 
 
476 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.34 
 
 
496 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.76 
 
 
474 aa  152  2e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.89 
 
 
503 aa  151  2e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.87 
 
 
495 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.79 
 
 
479 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.53 
 
 
515 aa  147  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.39 
 
 
495 aa  147  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.98 
 
 
459 aa  146  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.45 
 
 
552 aa  145  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.36 
 
 
474 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.51 
 
 
490 aa  143  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.52 
 
 
527 aa  143  6e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.03 
 
 
475 aa  143  9e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.27 
 
 
488 aa  143  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 
480 aa  142  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.48 
 
 
490 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.18 
 
 
489 aa  140  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.61 
 
 
486 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 
552 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.98 
 
 
529 aa  140  6e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.79 
 
 
529 aa  139  8.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.52 
 
 
460 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.07 
 
 
486 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.46 
 
 
470 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.96 
 
 
544 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.46 
 
 
478 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.67 
 
 
471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.89 
 
 
483 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.7 
 
 
479 aa  137  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  26.25 
 
 
548 aa  137  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.06 
 
 
466 aa  136  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.61 
 
 
482 aa  136  9e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.12 
 
 
549 aa  136  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.02 
 
 
488 aa  136  9e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  26.87 
 
 
533 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.12 
 
 
549 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.49 
 
 
549 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.09 
 
 
494 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.48 
 
 
549 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.33 
 
 
549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.54 
 
 
549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.25 
 
 
560 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.48 
 
 
549 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  27.78 
 
 
522 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.52 
 
 
511 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.26 
 
 
476 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.44 
 
 
471 aa  134  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.68 
 
 
474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.46 
 
 
470 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.32 
 
 
467 aa  133  6.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.92 
 
 
538 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.32 
 
 
464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.83 
 
 
550 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.48 
 
 
464 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.1 
 
 
549 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.05 
 
 
475 aa  130  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10619  glutamate decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G11120)  27.03 
 
 
577 aa  130  6e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0303168  normal  0.118033 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.78 
 
 
466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.41 
 
 
467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1707  group II decarboxylase  32.01 
 
 
552 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.47 
 
 
551 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.04 
 
 
470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>