More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0900 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  68.56 
 
 
748 aa  1019    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
756 aa  1540    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.42 
 
 
737 aa  882    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  60.46 
 
 
752 aa  852    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.05 
 
 
748 aa  986    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  76.6 
 
 
746 aa  1095    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  64.63 
 
 
738 aa  973    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  97.22 
 
 
756 aa  1431    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.06 
 
 
741 aa  558  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 
749 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
731 aa  483  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 
733 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
736 aa  456  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
733 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
845 aa  434  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.47 
 
 
756 aa  372  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
756 aa  360  7e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
779 aa  306  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  30.94 
 
 
712 aa  306  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.52 
 
 
760 aa  302  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
729 aa  300  5e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
736 aa  298  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.84 
 
 
734 aa  297  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.54 
 
 
710 aa  296  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.54 
 
 
736 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
742 aa  294  4e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
753 aa  294  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 
769 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
718 aa  292  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 
779 aa  291  4e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
814 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
753 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
734 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
754 aa  288  2.9999999999999996e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.12 
 
 
753 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.77 
 
 
816 aa  282  1e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  29.86 
 
 
705 aa  282  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  29.94 
 
 
759 aa  281  3e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
757 aa  279  1e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
752 aa  278  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  30.76 
 
 
767 aa  278  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
708 aa  278  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 
770 aa  276  9e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.4 
 
 
771 aa  276  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  31.28 
 
 
799 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
799 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.70723  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
799 aa  273  9e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.14 
 
 
745 aa  273  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
725 aa  271  4e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
756 aa  270  8e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
764 aa  268  2.9999999999999995e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
740 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 
759 aa  265  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
763 aa  263  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
781 aa  263  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
756 aa  263  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4001  histidine kinase  30.59 
 
 
774 aa  262  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000232996 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 
755 aa  262  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  28.87 
 
 
742 aa  261  4e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
710 aa  260  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
768 aa  259  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
784 aa  259  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  28.36 
 
 
774 aa  259  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  28.21 
 
 
774 aa  258  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 
756 aa  258  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
775 aa  257  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2607  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
747 aa  256  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.515354  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.01 
 
 
765 aa  256  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
761 aa  254  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 
763 aa  254  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  29.1 
 
 
713 aa  253  6e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
744 aa  253  7e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 
764 aa  252  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  28.79 
 
 
714 aa  252  2e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 
762 aa  250  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
762 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
753 aa  247  4.9999999999999997e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
780 aa  246  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.168108 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
772 aa  245  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0593  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
776 aa  242  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
762 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
762 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 
757 aa  241  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
827 aa  239  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
812 aa  237  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
764 aa  237  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
655 aa  232  2e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.19 
 
 
765 aa  232  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  27.79 
 
 
766 aa  231  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.71 
 
 
811 aa  230  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
804 aa  228  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.79 
 
 
817 aa  226  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
804 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
804 aa  224  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
804 aa  224  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
804 aa  224  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0041  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
803 aa  223  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  34.47 
 
 
800 aa  223  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.44 
 
 
800 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3349  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
823 aa  221  3e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>