More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0047 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0047  UbiA prenyltransferase  100 
 
 		 258 aa  498  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0046  UbiA prenyltransferase  87.21 
 
 		 272 aa  411  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000129053 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0253  UbiA prenyltransferase  49.22 
 
 		 271 aa  223  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0707527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0223  protoheme IX farnesyl transferase, putative  52.61 
 
 		 270 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.468009  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0503  protoheme IX farnesyltransferase  36.87 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0532  UbiA prenyltransferase  41.82 
 
 		 346 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.249862 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3468  protoheme IX farnesyltransferase  35.96 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2955  protoheme IX farnesyltransferase  39.53 
 
 		 326 aa  113  4.0000000000000004e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3315  protoheme IX farnesyltransferase  39.74 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000327669 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0728  protoheme IX farnesyltransferase  37.57 
 
 		 321 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.147557 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0901  protoheme IX farnesyltransferase  40.94 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0391219  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0946  protoheme IX farnesyltransferase  44.52 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.660231 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0950  protoheme IX farnesyltransferase  40.94 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2423  protoheme IX farnesyltransferase  37.31 
 
 		 341 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.516292 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0952  protoheme IX farnesyltransferase  40.94 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2530  polyprenyltransferase (cytochrome oxidase assembly factor)  39.37 
 
 		 276 aa  109  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4320  protoheme IX farnesyltransferase  37.21 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1827  protoheme IX farnesyltransferase, putative  38.16 
 
 		 282 aa  108  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000128435  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2218  protoheme IX farnesyltransferase  36.53 
 
 		 310 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.446862  normal  0.810917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4646  protoheme IX farnesyltransferase  40.27 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.372407  normal  0.111817 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0521  protoheme IX farnesyltransferase  36.07 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2204  polyprenyltransferase (cytochrome oxidase assembly factor)  36.81 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000348808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0623  protoheme IX farnesyltransferase  29.13 
 
 		 302 aa  106  3e-22  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0491007  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15280  protoheme IX farnesyltransferase  37.37 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0625707  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0319  protoheme IX farnesyltransferase  35.91 
 
 		 315 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0628217  normal  0.314061 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0816  protoheme IX farnesyltransferase  36.59 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1658  protoheme IX farnesyltransferase  35.45 
 
 		 315 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0830  protoheme IX farnesyltransferase  36.36 
 
 		 312 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0147164  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13220  protoheme IX farnesyltransferase  37.34 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.670624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2098  protoheme IX farnesyltransferase  37.5 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.562695  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3003  protoheme IX farnesyltransferase  40.35 
 
 		 302 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2263  protoheme IX farnesyltransferase  36.18 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000348066  normal  0.0917465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2075  protoheme IX farnesyltransferase  36.42 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.126082  normal  0.501538 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1839  protoheme IX farnesyltransferase  36.9 
 
 		 319 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000154836 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5185  protoheme IX farnesyltransferase  35 
 
 		 307 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3088  protoheme IX farnesyltransferase  39.1 
 
 		 342 aa  102  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.604618  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01175  cytochrome c oxidase assembly factor (CtaA) + protoheme IXfarnesyltransferase (CtaB)  36.05 
 
 		 297 aa  102  7e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3154  protoheme IX farnesyltransferase  37.11 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0918  protoheme IX farnesyltransferase  36.32 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0743  protoheme IX farnesyltransferase  36.52 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.120936  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1908  protoheme IX farnesyltransferase  35.63 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1349  UbiA prenyltransferase  36.61 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0257  protoheme IX farnesyltransferase  36.67 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3461  protoheme IX farnesyltransferase  36.67 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0297  protoheme IX farnesyltransferase  39.47 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116054 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0225  protoheme IX farnesyltransferase  36.52 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0763  protoheme IX farnesyltransferase  36.52 
 
 		 353 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.467386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2921  protoheme IX farnesyltransferase  37.17 
 
 		 339 aa  101  1e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87130  predicted protein  37.91 
 
 		 363 aa  101  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000907307  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2521  protoheme IX farnesyltransferase  39.87 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.352077  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0475  protoheme IX farnesyltransferase  34.44 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3571  protoheme IX farnesyltransferase  30.2 
 
 		 317 aa  100  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.882357  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1827  protoheme IX farnesyltransferase  34.44 
 
 		 310 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0766556  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11440  protoheme IX farnesyltransferase  34.22 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0124066  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0150  protoheme IX farnesyltransferase  35.58 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1046  protoheme IX farnesyltransferase  36.75 
 
 		 302 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4120  protoheme IX farnesyltransferase  30.73 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2060  protoheme IX farnesyltransferase  37.1 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1689  protoheme IX farnesyltransferase  29.57 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.575941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3828  protoheme IX farnesyltransferase  31.78 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47985 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1505  protoheme IX farnesyltransferase  33.74 
 
 		 622 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0147  protoheme IX farnesyltransferase  30.73 
 
 		 301 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4188  protoheme IX farnesyltransferase  30.73 
 
 		 301 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4586  protoheme IX farnesyltransferase  35.37 
 
 		 313 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0583  protoheme IX farnesyltransferase  38.04 
 
 		 315 aa  99.8  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000491835  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4319  protoheme IX farnesyltransferase  30.73 
 
 		 301 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2165  protoheme IX farnesyltransferase  38.1 
 
 		 317 aa  99.4  5e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0071  protoheme IX farnesyltransferase  34.47 
 
 		 296 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15990  protoheme IX farnesyltransferase  33.87 
 
 		 326 aa  99.4  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.37638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2160  protoheme IX farnesyltransferase  37.84 
 
 		 293 aa  99  7e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_32550  predicted protein  31.2 
 
 		 393 aa  98.6  9e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2850  protoheme IX farnesyltransferase  29.52 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4614  protoheme IX farnesyltransferase  28.95 
 
 		 300 aa  97.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0615  protoheme IX farnesyltransferase  34.44 
 
 		 310 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3527  protoheme IX farnesyltransferase  29.52 
 
 		 306 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.153236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2375  protoheme IX farnesyltransferase  37.16 
 
 		 335 aa  98.2  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1537  UbiA prenyltransferase  36.51 
 
 		 274 aa  98.2  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.626554  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0901  protoheme IX farnesyltransferase  35.57 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110093  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3877  protoheme IX farnesyltransferase  37.04 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1403  protoheme IX farnesyltransferase  42.07 
 
 		 308 aa  97.1  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4238  protoheme IX farnesyltransferase  31.46 
 
 		 305 aa  97.1  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1933  protoheme IX farnesyltransferase  38.22 
 
 		 342 aa  97.4  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3799  protoheme IX farnesyltransferase  28.95 
 
 		 300 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3872  protoheme IX farnesyltransferase  29.63 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3585  protoheme IX farnesyltransferase  36.84 
 
 		 317 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0250  protoheme IX farnesyltransferase  28.7 
 
 		 303 aa  96.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0520  protoheme IX farnesyltransferase  32.89 
 
 		 286 aa  97.1  3e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.62584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001557  heme O synthase protoheme IX farnesyltransferase COX10-CtaB  33.02 
 
 		 290 aa  97.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0671  protoheme IX farnesyltransferase  34.08 
 
 		 318 aa  96.3  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613215 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0253  protoheme IX farnesyltransferase  31.73 
 
 		 323 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0548443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0255  protoheme IX farnesyltransferase  31.73 
 
 		 323 aa  96.3  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3457  protoheme IX farnesyltransferase  36.84 
 
 		 317 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0302  protoheme IX farnesyltransferase  32.45 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00437405  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04005  protoheme IX farnesyltransferase  30.18 
 
 		 305 aa  95.5  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3789  protoheme IX farnesyltransferase  28.7 
 
 		 301 aa  95.5  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1946  protoheme IX farnesyltransferase  41.78 
 
 		 279 aa  95.5  7e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0590  protoheme IX farnesyltransferase  37.63 
 
 		 292 aa  95.5  8e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2075  protoheme IX farnesyltransferase  37.33 
 
 		 313 aa  95.1  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0259319  normal  0.255924 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3261  protoheme IX farnesyltransferase  36.84 
 
 		 317 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.116788 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3771  protoheme IX farnesyltransferase  35.59 
 
 		 307 aa  95.1  9e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.953397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>