More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3468 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3468  protoheme IX farnesyltransferase  100 
 
 		 297 aa  595  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5673  protoheme IX farnesyltransferase  59.59 
 
 		 292 aa  352  4e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2204  polyprenyltransferase (cytochrome oxidase assembly factor)  59.21 
 
 		 300 aa  332  5e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000348808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0521  protoheme IX farnesyltransferase  49.33 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.043939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01175  cytochrome c oxidase assembly factor (CtaA) + protoheme IXfarnesyltransferase (CtaB)  45.88 
 
 		 297 aa  241  9e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0297  protoheme IX farnesyltransferase  41.52 
 
 		 300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1658  protoheme IX farnesyltransferase  42.66 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2955  protoheme IX farnesyltransferase  36.05 
 
 		 326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2218  protoheme IX farnesyltransferase  34.49 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.446862  normal  0.810917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4646  protoheme IX farnesyltransferase  37.17 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.372407  normal  0.111817 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0255  protoheme IX farnesyltransferase  35.46 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0253  protoheme IX farnesyltransferase  35.11 
 
 		 323 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0548443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0319  protoheme IX farnesyltransferase  34.62 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0628217  normal  0.314061 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0671  protoheme IX farnesyltransferase  35.47 
 
 		 318 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613215 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2165  protoheme IX farnesyltransferase  35.99 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4304  protoheme IX farnesyltransferase  39.83 
 
 		 535 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0503  protoheme IX farnesyltransferase  33.21 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0224  protoheme IX farnesyltransferase  40.09 
 
 		 534 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.478514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2075  protoheme IX farnesyltransferase  34.78 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.126082  normal  0.501538 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3039  Protoheme IX farnesyltransferase  34.55 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000858907  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3003  protoheme IX farnesyltransferase  32.49 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4064  protoheme IX farnesyltransferase  33.57 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.298465  normal  0.322583 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1787  protoheme IX farnesyltransferase  32.39 
 
 		 304 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50189  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0031  protoheme IX farnesyltransferase  35.32 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.823652  normal  0.697538 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0623  protoheme IX farnesyltransferase  34.05 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0491007  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0950  protoheme IX farnesyltransferase  34.53 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.386888  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0952  protoheme IX farnesyltransferase  34.18 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0901  protoheme IX farnesyltransferase  33.82 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0391219  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3688  protoheme IX farnesyltransferase  31.54 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87130  predicted protein  32.26 
 
 		 363 aa  141  9.999999999999999e-33  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000907307  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3899  protoheme IX farnesyltransferase  32.23 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4382  protoheme IX farnesyltransferase  33 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3828  protoheme IX farnesyltransferase  33.11 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.47985 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1781  protoheme IX farnesyltransferase  33.45 
 
 		 328 aa  139  4.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.641415  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0062  protoheme IX farnesyltransferase  33 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.291941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1463  protoheme IX farnesyltransferase  33.45 
 
 		 298 aa  138  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0830  protoheme IX farnesyltransferase  32.11 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0147164  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2710  protoheme IX farnesyltransferase  31.33 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.242296  normal  0.192859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0604  protoheme IX farnesyltransferase  33.81 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1254  protoheme IX farnesyltransferase  32.76 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4586  protoheme IX farnesyltransferase  36.13 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3877  protoheme IX farnesyltransferase  37.95 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0257  protoheme IX farnesyltransferase  35.04 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.430018  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3461  protoheme IX farnesyltransferase  35.04 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4238  protoheme IX farnesyltransferase  33.83 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1209  protoheme IX farnesyltransferase  31.79 
 
 		 324 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.444038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0644  protoheme IX farnesyltransferase  33.33 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.211966 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0763  protoheme IX farnesyltransferase  34.07 
 
 		 353 aa  135  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.467386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3173  protoheme IX farnesyltransferase  35.77 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0955942  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3527  protoheme IX farnesyltransferase  32.87 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.153236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04005  protoheme IX farnesyltransferase  31.2 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0225  protoheme IX farnesyltransferase  34.07 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0554  protoheme IX farnesyltransferase  31.93 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.175384  normal  0.802361 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2850  protoheme IX farnesyltransferase  32.87 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0816  protoheme IX farnesyltransferase  37.44 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.566736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0946  protoheme IX farnesyltransferase  32.36 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.660231 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1931  protoheme IX farnesyltransferase  32.2 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0044  protoheme IX farnesyltransferase  32.38 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3571  protoheme IX farnesyltransferase  30.36 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.882357  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4320  protoheme IX farnesyltransferase  33.33 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0469  protoheme IX farnesyltransferase  30.82 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.362812  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0247  protoheme IX farnesyltransferase  32.73 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0187276 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0475  protoheme IX farnesyltransferase  30.82 
 
 		 312 aa  132  5e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100765  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0583  protoheme IX farnesyltransferase  31.84 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.0000491835  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1908  protoheme IX farnesyltransferase  34.05 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0070  protoheme IX farnesyltransferase  33.57 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.915118  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0286  protoheme IX farnesyltransferase  31.58 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2754  protoheme IX farnesyltransferase  31.93 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0228  protoheme IX farnesyltransferase  32.37 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0110  protoheme IX farnesyltransferase  33.46 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  0.446802 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1636  protoheme IX farnesyltransferase  32.77 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.156009  normal  0.433074 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2894  protoheme IX farnesyltransferase  31.93 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0887  protoheme IX farnesyltransferase  33.33 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0323  protoheme IX farnesyltransferase  31.06 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0270  protoheme IX farnesyltransferase  30.2 
 
 		 312 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.80654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0125  protoheme IX farnesyltransferase  33.21 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.350123  normal  0.0256302 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0682  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392263  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0499  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4504  protoheme IX farnesyltransferase  33.59 
 
 		 345 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.569688 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0517  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1051  protoheme IX farnesyltransferase  37.44 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.305544  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0127  protoheme IX farnesyltransferase  33.46 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0943  protoheme IX farnesyltransferase  37.44 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.449877  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3998  protoheme IX farnesyltransferase  29.93 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1505  protoheme IX farnesyltransferase  34.16 
 
 		 622 aa  129  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0160  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3188  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1432  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0071  protoheme IX farnesyltransferase  32.62 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2859  protoheme IX farnesyltransferase  31.8 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0191  protoheme IX farnesyltransferase  31.39 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0435  protoheme IX farnesyltransferase  31.45 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605923  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1689  protoheme IX farnesyltransferase  32.18 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.575941  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3799  protoheme IX farnesyltransferase  29.93 
 
 		 300 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1388  protoheme IX farnesyltransferase  31.75 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.454478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3789  protoheme IX farnesyltransferase  29.86 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6167  protoheme IX farnesyltransferase  31.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.455458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0915  protoheme IX farnesyltransferase  32.96 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.010873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2848  protoheme IX farnesyltransferase  31.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.273412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3872  protoheme IX farnesyltransferase  30.29 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>